More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3624 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  100 
 
 		 262 aa  540  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  96.56 
 
 		 262 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  88.55 
 
 		 262 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  71.86 
 
 		 271 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  60.46 
 
 		 277 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2252  hypothetical protein  50.76 
 
 		 282 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26540  hypothetical protein  49.62 
 
 		 282 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.171066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4115  extracellular solute-binding protein  39.84 
 
 		 267 aa  206  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147352 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  38.55 
 
 		 275 aa  205  6e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1997  hypothetical protein  39.68 
 
 		 275 aa  195  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal  0.0820439 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2187  hypothetical protein  41.63 
 
 		 275 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15200  extracellular solute-binding protein  41.25 
 
 		 271 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1653  amino acid ABC transporter periplasmic protein  38.98 
 
 		 273 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4200  hypothetical protein  39.37 
 
 		 273 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3772  hypothetical protein  38.58 
 
 		 273 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0330  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.55 
 
 		 266 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3524  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 		 260 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  33.51 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  33.51 
 
 		 258 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 260 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  26.7 
 
 		 260 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  26.61 
 
 		 265 aa  90.1  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 266 aa  87  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 258 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 		 270 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  30.98 
 
 		 597 aa  72.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 		 584 aa  72.4  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  30.43 
 
 		 599 aa  72  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  26.42 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  29.25 
 
 		 596 aa  68.9  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.23 
 
 		 609 aa  68.9  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  27.08 
 
 		 608 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 250 aa  67.4  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 		 265 aa  67.4  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  22.73 
 
 		 490 aa  67  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.44 
 
 		 620 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  26.83 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  22.04 
 
 		 259 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  27.56 
 
 		 570 aa  63.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  26.57 
 
 		 596 aa  63.9  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.55 
 
 		 1055 aa  63.2  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 258 aa  62.4  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2120  multisensor signal transduction histidine kinase  24.49 
 
 		 682 aa  62  0.000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1594  arginine-binding protein  29.12 
 
 		 269 aa  60.8  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.621127  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 		 255 aa  61.2  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0591  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  29.12 
 
 		 269 aa  60.8  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0748117  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5170  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  31.08 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.41 
 
 		 513 aa  60.1  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  28.57 
 
 		 575 aa  60.1  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  26.9 
 
 		 572 aa  59.7  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.53 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  27.38 
 
 		 590 aa  59.7  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  28.99 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  25.13 
 
 		 598 aa  59.3  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  27.54 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 246 aa  58.9  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 291 aa  58.9  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.36 
 
 		 604 aa  58.9  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.39 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2732  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 284 aa  58.2  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 265 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.52 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 256 aa  57.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  22.31 
 
 		 245 aa  57  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.82 
 
 		 259 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  29.82 
 
 		 259 aa  57  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.82 
 
 		 259 aa  57  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.82 
 
 		 259 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.69 
 
 		 259 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2788  histidine kinase  25.24 
 
 		 576 aa  57  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  29.82 
 
 		 259 aa  57  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.94 
 
 		 1165 aa  57  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.55 
 
 		 503 aa  57  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  27.75 
 
 		 572 aa  56.6  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.39 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.87 
 
 		 503 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.32 
 
 		 255 aa  56.2  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3950  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.358906 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1854  histidine kinase  28.89 
 
 		 578 aa  55.8  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  28.97 
 
 		 284 aa  55.8  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 285 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 285 aa  55.5  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 285 aa  55.5  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  24.26 
 
 		 285 aa  55.5  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 		 259 aa  54.7  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.48 
 
 		 584 aa  55.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>