49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2187 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2187  hypothetical protein  100 
 
 		 275 aa  560  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1997  hypothetical protein  86.91 
 
 		 275 aa  494  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal  0.0820439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4115  extracellular solute-binding protein  62.3 
 
 		 267 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1653  amino acid ABC transporter periplasmic protein  60.94 
 
 		 273 aa  318  7e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3772  hypothetical protein  60.16 
 
 		 273 aa  318  9e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454826  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4200  hypothetical protein  60.16 
 
 		 273 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3524  extracellular solute-binding protein  59.76 
 
 		 260 aa  308  4e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  50.76 
 
 		 277 aa  264  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2252  hypothetical protein  47.99 
 
 		 282 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26540  hypothetical protein  46.67 
 
 		 282 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.171066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  43.83 
 
 		 262 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  43.04 
 
 		 271 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  41.74 
 
 		 262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  41.32 
 
 		 262 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15200  extracellular solute-binding protein  39.59 
 
 		 271 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0330  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29 
 
 		 266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  22.71 
 
 		 265 aa  70.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  26.55 
 
 		 259 aa  68.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  26.32 
 
 		 258 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  23.68 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  26.19 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 		 584 aa  57.4  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  20.73 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.18 
 
 		 2654 aa  54.7  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.71 
 
 		 264 aa  54.7  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.04 
 
 		 255 aa  50.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  22.99 
 
 		 258 aa  48.9  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  25.69 
 
 		 596 aa  48.9  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  30.13 
 
 		 1245 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  27.94 
 
 		 1245 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 270 aa  46.2  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2788  histidine kinase  27.36 
 
 		 576 aa  45.8  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  23.2 
 
 		 266 aa  45.4  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  25.68 
 
 		 608 aa  44.7  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.58 
 
 		 946 aa  44.7  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  25.25 
 
 		 596 aa  44.3  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 250 aa  43.9  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 247 aa  43.9  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  27.37 
 
 		 262 aa  43.9  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  35 
 
 		 293 aa  43.5  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.14 
 
 		 609 aa  43.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  33.78 
 
 		 285 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 		 285 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 		 285 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 		 285 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 		 276 aa  42.7  0.007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>