63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4115 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4115  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 267 aa  544  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1653  amino acid ABC transporter periplasmic protein  65.23 
 
 		 273 aa  351  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3772  hypothetical protein  65.37 
 
 		 273 aa  351  7e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3524  extracellular solute-binding protein  66.8 
 
 		 260 aa  351  8e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4200  hypothetical protein  65.62 
 
 		 273 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1997  hypothetical protein  61.05 
 
 		 275 aa  337  8e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal  0.0820439 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2187  hypothetical protein  62.4 
 
 		 275 aa  333  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  56.3 
 
 		 277 aa  292  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26540  hypothetical protein  51.18 
 
 		 282 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.171066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2252  hypothetical protein  50 
 
 		 282 aa  257  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  42.08 
 
 		 262 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  39.83 
 
 		 262 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 		 262 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  40.34 
 
 		 271 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15200  extracellular solute-binding protein  43.15 
 
 		 271 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0330  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.05 
 
 		 266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 275 aa  128  9.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  22.18 
 
 		 265 aa  70.1  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  22.98 
 
 		 260 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  25.31 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  24.77 
 
 		 259 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  25.31 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  21.96 
 
 		 260 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3270  histidine kinase  24.75 
 
 		 565 aa  53.1  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  20.73 
 
 		 258 aa  50.1  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  34.67 
 
 		 285 aa  49.7  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 		 285 aa  49.7  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 		 285 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 		 285 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  23.89 
 
 		 295 aa  48.9  0.00009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.88 
 
 		 1322 aa  48.5  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 265 aa  48.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2788  histidine kinase  23.56 
 
 		 576 aa  48.1  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.81 
 
 		 1279 aa  47.4  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 270 aa  47  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  33.68 
 
 		 291 aa  46.6  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.46 
 
 		 584 aa  46.6  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  24.23 
 
 		 598 aa  45.8  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 274 aa  45.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  29.6 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 946 aa  44.3  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.18 
 
 		 1047 aa  43.9  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.16 
 
 		 620 aa  44.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  29.91 
 
 		 247 aa  43.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1728  histidine kinase  25.27 
 
 		 560 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.864697  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2732  extracellular solute-binding protein  32 
 
 		 284 aa  43.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  23.64 
 
 		 278 aa  43.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.15 
 
 		 264 aa  43.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  23.89 
 
 		 596 aa  42.7  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 266 aa  42.7  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1863  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 292 aa  42.7  0.006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.83 
 
 		 259 aa  42.4  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.83 
 
 		 259 aa  42.7  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.85 
 
 		 259 aa  42.4  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.83 
 
 		 259 aa  42.4  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.83 
 
 		 259 aa  42.4  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.61 
 
 		 255 aa  42.7  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.85 
 
 		 259 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0303  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1196 aa  42.4  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.723835  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2527  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.36 
 
 		 1090 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120042  normal  0.0845157 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  29.07 
 
 		 278 aa  42  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 259 aa  42  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>