266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2704 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 277 aa  567  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26540  hypothetical protein  61.17 
 
 		 282 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.171066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2252  hypothetical protein  59.14 
 
 		 282 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  62.5 
 
 		 262 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  59.7 
 
 		 262 aa  322  3e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  59.32 
 
 		 262 aa  318  5e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  60.73 
 
 		 271 aa  315  3e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4115  extracellular solute-binding protein  55.82 
 
 		 267 aa  285  7e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147352 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1997  hypothetical protein  50.19 
 
 		 275 aa  264  8.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal  0.0820439 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2187  hypothetical protein  50.8 
 
 		 275 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1653  amino acid ABC transporter periplasmic protein  48.65 
 
 		 273 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4200  hypothetical protein  48.65 
 
 		 273 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3772  hypothetical protein  47.49 
 
 		 273 aa  241  9e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3524  extracellular solute-binding protein  46.8 
 
 		 260 aa  234  8e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  42.15 
 
 		 275 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15200  extracellular solute-binding protein  46.96 
 
 		 271 aa  215  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0330  amino acid ABC transporter periplasmic protein  42.42 
 
 		 266 aa  192  7e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  27.47 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 258 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  30.9 
 
 		 258 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  30.47 
 
 		 258 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  30.53 
 
 		 260 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 260 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  27.89 
 
 		 597 aa  70.1  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  27.37 
 
 		 599 aa  69.3  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  27.89 
 
 		 596 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 266 aa  67.4  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  25.67 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  26.44 
 
 		 596 aa  65.9  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.46 
 
 		 255 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 252 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 		 1055 aa  63.2  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.63 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 		 265 aa  62  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.18 
 
 		 265 aa  61.2  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  29.17 
 
 		 830 aa  60.5  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 		 247 aa  60.8  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.14 
 
 		 243 aa  58.5  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.39 
 
 		 284 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.39 
 
 		 264 aa  57  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.39 
 
 		 264 aa  57  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.34 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.39 
 
 		 264 aa  57  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.39 
 
 		 264 aa  57  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.39 
 
 		 264 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.39 
 
 		 264 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.34 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.34 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.34 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.34 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.34 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.92 
 
 		 604 aa  55.8  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.21 
 
 		 490 aa  55.5  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  25.26 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.34 
 
 		 946 aa  55.5  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24 
 
 		 259 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.59 
 
 		 620 aa  54.7  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 264 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 264 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 		 261 aa  54.7  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 264 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 264 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 264 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  23.96 
 
 		 598 aa  53.5  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 		 253 aa  53.1  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2828  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 		 258 aa  53.1  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3742  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 261 aa  52.8  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.22 
 
 		 259 aa  52.8  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 262 aa  52.8  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.1 
 
 		 264 aa  52.8  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1907  histidine kinase  24.74 
 
 		 560 aa  52.4  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.649995 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0384  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 		 290 aa  52.4  0.000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0825987 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4984  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 		 276 aa  52.4  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0182902 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  26.74 
 
 		 266 aa  52  0.000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 		 272 aa  52.4  0.000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 258 aa  52.4  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 285 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1431  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.96 
 
 		 268 aa  52  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000284109  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.1 
 
 		 264 aa  52  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1150  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 281 aa  52  0.00001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.23 
 
 		 1244 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  25.1 
 
 		 255 aa  51.6  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  26.2 
 
 		 570 aa  51.6  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.66 
 
 		 258 aa  51.6  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  30 
 
 		 285 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 285 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.88 
 
 		 272 aa  52  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 285 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 260 aa  51.2  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 247 aa  51.2  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  24.46 
 
 		 502 aa  50.8  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>