117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2828 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  99.61 
 
 		 258 aa  534  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2828  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 258 aa  535  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  88.33 
 
 		 258 aa  479  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  78.81 
 
 		 258 aa  395  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  65.08 
 
 		 253 aa  341  8e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  64.54 
 
 		 253 aa  338  4e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  64.14 
 
 		 253 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  63.1 
 
 		 253 aa  333  1e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  62.7 
 
 		 322 aa  331  6e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.89 
 
 		 262 aa  93.6  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0521  hypothetical protein  26.12 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.282401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 		 270 aa  68.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.11 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0556  hypothetical protein  26.12 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  21.9 
 
 		 312 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0567  hypothetical protein  25 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.230648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0574  hypothetical protein  24.79 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 262 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5012  hypothetical protein  26.09 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.414864 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 265 aa  58.9  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  21.16 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6269  hypothetical protein  22.73 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  29.86 
 
 		 736 aa  55.8  0.0000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  24.29 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  23.73 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  28.82 
 
 		 727 aa  54.7  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4072  hypothetical protein  22.32 
 
 		 241 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00123999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  21.82 
 
 		 263 aa  55.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  23.65 
 
 		 570 aa  55.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72220  hypothetical protein  22.73 
 
 		 266 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.410335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.54 
 
 		 255 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.43 
 
 		 251 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 		 277 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  26.27 
 
 		 295 aa  53.1  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  23.37 
 
 		 262 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  20.19 
 
 		 259 aa  52.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  23.2 
 
 		 257 aa  52.4  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3869  hypothetical protein  21.89 
 
 		 241 aa  52.4  0.000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.013789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3962  hypothetical protein  21.89 
 
 		 241 aa  52.4  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0307  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  23.08 
 
 		 262 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  21.97 
 
 		 245 aa  51.6  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 269 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3850  hypothetical protein  21.72 
 
 		 256 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.388139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  20.93 
 
 		 258 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 		 252 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.43 
 
 		 263 aa  51.2  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.5 
 
 		 860 aa  50.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  22.77 
 
 		 1245 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  21.43 
 
 		 257 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 258 aa  49.7  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 		 256 aa  50.1  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  36.11 
 
 		 285 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  36.11 
 
 		 285 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  36.11 
 
 		 285 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  36.11 
 
 		 285 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  21.43 
 
 		 257 aa  49.7  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0092  hypothetical protein  24.75 
 
 		 226 aa  49.3  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00199645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 		 291 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4257  hypothetical protein  21.11 
 
 		 246 aa  48.9  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.216759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 		 251 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  21.33 
 
 		 292 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 		 245 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.67 
 
 		 1410 aa  47.8  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3149  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 281 aa  48.1  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0331  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.86 
 
 		 843 aa  48.1  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0087  hypothetical protein  21.61 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.621841  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4312  hypothetical protein  21.61 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0406875  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  22.12 
 
 		 264 aa  46.6  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  22.63 
 
 		 934 aa  47  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4452  hypothetical protein  21.49 
 
 		 245 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  22.49 
 
 		 262 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2353  extracellular solute-binding protein family 3  24.12 
 
 		 286 aa  47.4  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.09811e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  20.72 
 
 		 281 aa  46.6  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.89 
 
 		 1089 aa  46.6  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  28.87 
 
 		 251 aa  46.6  0.0004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  22.73 
 
 		 274 aa  45.4  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1958  putative PAS/PAC sensor protein  24.64 
 
 		 598 aa  45.1  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2732  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 284 aa  44.7  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3270  histidine kinase  23.76 
 
 		 565 aa  45.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  27.21 
 
 		 272 aa  45.4  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2073  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  18.62 
 
 		 253 aa  44.3  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  24.86 
 
 		 255 aa  44.3  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  20.85 
 
 		 292 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  24.73 
 
 		 297 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  18.63 
 
 		 275 aa  44.3  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2311  putative transglycosylase  21.46 
 
 		 478 aa  43.9  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.736491  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2489  hypothetical protein  32.14 
 
 		 244 aa  43.9  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.525072 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.75 
 
 		 493 aa  43.9  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0639  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.32 
 
 		 960 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0713172  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 244 aa  43.5  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  23.02 
 
 		 794 aa  43.5  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2326  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  25 
 
 		 282 aa  43.1  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129152  normal  0.475007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  25.27 
 
 		 298 aa  43.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  21.74 
 
 		 245 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1118  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.85 
 
 		 277 aa  43.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0733835  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.38 
 
 		 492 aa  43.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>