More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0486 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 262 aa  540  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  72.9 
 
 		 262 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  73.28 
 
 		 262 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  72.52 
 
 		 262 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  52.96 
 
 		 270 aa  295  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  48.36 
 
 		 252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  31.22 
 
 		 483 aa  127  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  31.31 
 
 		 457 aa  101  1e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  29.86 
 
 		 259 aa  99  6e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  28.98 
 
 		 262 aa  95.1  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.74 
 
 		 243 aa  95.1  9e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.54 
 
 		 255 aa  92.8  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  27.31 
 
 		 264 aa  92.4  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  27.31 
 
 		 264 aa  92.8  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 280 aa  92.4  7e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  27.31 
 
 		 264 aa  92.4  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 258 aa  91.7  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 		 251 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  26.89 
 
 		 264 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  28.21 
 
 		 264 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  28.99 
 
 		 264 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.72 
 
 		 264 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  28.57 
 
 		 264 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  26.14 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  24.9 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  27.36 
 
 		 274 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 270 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.02 
 
 		 262 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  31.21 
 
 		 260 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  26.34 
 
 		 264 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  31.63 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  24.57 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  27.2 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.76 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  27.03 
 
 		 248 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 		 288 aa  75.9  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  27.68 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  27.27 
 
 		 254 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  29.53 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  28.68 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  23.67 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.23 
 
 		 253 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  25.68 
 
 		 263 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 245 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  30.64 
 
 		 258 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  25 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 256 aa  72.4  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  30.3 
 
 		 297 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 265 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  22.73 
 
 		 253 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 		 269 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  22.05 
 
 		 265 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  27.07 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  24.69 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1806  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  24.89 
 
 		 468 aa  68.9  0.00000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000163155  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  26.85 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  23.26 
 
 		 257 aa  68.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 		 245 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  28.57 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  20.92 
 
 		 253 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 241 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 262 aa  67  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 		 251 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  25.1 
 
 		 261 aa  66.6  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.32 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 263 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  24.49 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0526  hypothetical protein  23.38 
 
 		 268 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.18 
 
 		 265 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  23.81 
 
 		 265 aa  64.7  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  26.97 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  25.68 
 
 		 714 aa  65.1  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  25.81 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  21.43 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4742  hypothetical protein  28.34 
 
 		 250 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177685  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  20.08 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  23.04 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  21.7 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 272 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  24.88 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  24.04 
 
 		 270 aa  63.2  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 272 aa  62.8  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 272 aa  62.4  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  24.88 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3858  hypothetical protein  28.18 
 
 		 257 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  22.36 
 
 		 1301 aa  61.6  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  24.08 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  25 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  25.82 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>