More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0260 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  100 
 
 		 243 aa  501  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  46.31 
 
 		 245 aa  231  7.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 		 270 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 245 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 		 245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  31.15 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.69 
 
 		 251 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  32.89 
 
 		 243 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  30.13 
 
 		 245 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  33.78 
 
 		 253 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  32.43 
 
 		 247 aa  143  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  31.17 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.29 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  33.63 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 		 246 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 		 269 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  30.49 
 
 		 297 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  30.04 
 
 		 262 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  30.49 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  27.27 
 
 		 253 aa  104  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  28.77 
 
 		 288 aa  102  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  26.69 
 
 		 254 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 251 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 286 aa  97.8  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.1 
 
 		 265 aa  97.8  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 258 aa  97.8  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 268 aa  95.9  5e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 262 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 		 258 aa  95.1  9e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  28.63 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  28.76 
 
 		 274 aa  94  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  27.56 
 
 		 252 aa  93.2  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  26.03 
 
 		 248 aa  92.8  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  26.78 
 
 		 259 aa  92.4  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  28.57 
 
 		 264 aa  91.7  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  28.57 
 
 		 264 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  28.57 
 
 		 264 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 		 264 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4859  putative cation efflux protein  25.82 
 
 		 292 aa  90.1  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 245 aa  89.4  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 		 262 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 270 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.79 
 
 		 263 aa  88.2  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  29.25 
 
 		 264 aa  87.4  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  28.38 
 
 		 264 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 252 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  28.12 
 
 		 259 aa  86.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 272 aa  86.3  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  29.13 
 
 		 264 aa  85.5  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.05 
 
 		 264 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 264 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  27.78 
 
 		 277 aa  84  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  28.4 
 
 		 259 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 266 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.05 
 
 		 266 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 266 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.31 
 
 		 1055 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  28.97 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 264 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 264 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 264 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  29.46 
 
 		 273 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  29.6 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 483 aa  82  0.000000000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 266 aa  82  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  27.78 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  28.26 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  28.4 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  28.98 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.52 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.52 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.52 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.52 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  27.14 
 
 		 266 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.05 
 
 		 264 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 		 272 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.52 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.52 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.31 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.31 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.52 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  33.18 
 
 		 283 aa  80.1  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 272 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 272 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.14 
 
 		 266 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  26.21 
 
 		 243 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3862  hypothetical protein  22.31 
 
 		 268 aa  79  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0114482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.77 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3796  extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.814508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.96 
 
 		 264 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  27.83 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  24.9 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 		 270 aa  75.9  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>