More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4984 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4984  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 276 aa  567  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0182902 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3515  extracellular solute-binding protein family 3  54.51 
 
 		 275 aa  293  3e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.821579  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2855  extracellular solute-binding protein  50.74 
 
 		 274 aa  277  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6167  extracellular solute-binding protein  52.99 
 
 		 277 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6460  extracellular solute-binding protein  52.99 
 
 		 237 aa  259  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.112663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1982  extracellular solute-binding protein  54.39 
 
 		 276 aa  250  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2099  ABC transporter substrate-binding protein  49 
 
 		 273 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2096  ABC transporter substrate-binding protein  49.21 
 
 		 273 aa  238  8e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5578  extracellular solute-binding protein family 3  33.46 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  31.62 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  30.94 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  30 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1775  extracellular solute-binding protein family 3  30.51 
 
 		 312 aa  110  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.848081  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1135  extracellular solute-binding protein  32.56 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3683  extracellular solute-binding protein family 3  29.46 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4595  amino acid ABC transporter  31.89 
 
 		 317 aa  106  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0391985 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  29.75 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  29.1 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1224  extracellular solute-binding protein family 3  28.45 
 
 		 322 aa  100  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.324397  decreased coverage  0.00201805 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5237  protein kinase  26.74 
 
 		 583 aa  99  8e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.307839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1033  protein kinase  27.91 
 
 		 586 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.431531 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 		 266 aa  97.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0087  extracellular solute-binding protein family 3  31.12 
 
 		 294 aa  95.5  8e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  27.04 
 
 		 290 aa  95.5  8e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 		 277 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 		 265 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3583  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.0200078 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0936  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  25.84 
 
 		 313 aa  92.8  5e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.019687  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3034  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 311 aa  92  8e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.181787  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3093  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 311 aa  92  8e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.635892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3050  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 311 aa  92  8e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.247578 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1316  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.45 
 
 		 296 aa  92  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5223  extracellular solute-binding protein family 3  27.34 
 
 		 296 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.170331 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5128  extracellular solute-binding protein family 3  27.65 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0388  extracellular solute-binding protein family 3  27.02 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.312775  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5376  extracellular solute-binding protein family 3  28.35 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.64943  normal  0.50897 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0439  extracellular solute-binding protein  30.15 
 
 		 280 aa  90.9  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.501254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2832  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 		 306 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0782  serine/threonine protein kinase  30.27 
 
 		 604 aa  90.5  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0797  protein kinase  30.27 
 
 		 604 aa  90.5  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0854575 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2597  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.38 
 
 		 262 aa  89.7  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144936  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3990  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 		 280 aa  89.7  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  27.91 
 
 		 273 aa  89.7  4e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.13 
 
 		 243 aa  89.7  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 266 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0778  protein kinase  30.27 
 
 		 604 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.778386 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 260 aa  89.4  6e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5139  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 		 260 aa  89.4  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.900284 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4454  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 280 aa  89.4  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 246 aa  89.4  6e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 		 245 aa  89  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  28.81 
 
 		 284 aa  88.2  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 247 aa  88.2  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2392  extracellular solute-binding protein family 3  30.12 
 
 		 255 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5408  extracellular solute-binding protein family 3  25.6 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6020  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 264 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.2 
 
 		 243 aa  87  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7606  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.7 
 
 		 329 aa  87  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 270 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.13 
 
 		 243 aa  86.7  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  29.5 
 
 		 271 aa  86.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0723  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 276 aa  86.3  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4082  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 280 aa  85.9  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.1 
 
 		 266 aa  85.9  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  25.88 
 
 		 266 aa  86.3  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 		 260 aa  85.9  6e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 266 aa  85.9  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1379  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.78 
 
 		 307 aa  85.5  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539122  normal  0.578964 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  28.35 
 
 		 257 aa  85.5  9e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.79 
 
 		 243 aa  85.5  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 		 264 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2800  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 		 286 aa  85.1  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  26.67 
 
 		 264 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3686  extracellular solute-binding protein family 3  26.74 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2790  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.6 
 
 		 259 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.239509  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26240  periplasmic histidine-binding protein HisJ  30.4 
 
 		 261 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279452  normal  0.75514 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.3 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2793  extracellular solute-binding protein  30.87 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0041  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.347701  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6320  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 		 264 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0695145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0937  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  25.4 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.122592  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  29.3 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1473  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.22 
 
 		 259 aa  83.6  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0255  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 257 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.367372 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.46 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0869  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.69 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  29.69 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>