More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6460 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6167  extracellular solute-binding protein  99.16 
 
 
277 aa  493  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6460  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
237 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.112663  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1982  extracellular solute-binding protein  64.1 
 
 
276 aa  320  9.000000000000001e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3515  extracellular solute-binding protein family 3  57.69 
 
 
275 aa  291  7e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.821579  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2855  extracellular solute-binding protein  55.13 
 
 
274 aa  278  8e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2099  ABC transporter substrate-binding protein  55.13 
 
 
273 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4984  extracellular solute-binding protein  52.99 
 
 
276 aa  259  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0182902 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2096  ABC transporter substrate-binding protein  45.02 
 
 
273 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  30.84 
 
 
323 aa  112  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4595  amino acid ABC transporter  31.9 
 
 
317 aa  109  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0391985 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2071  extracellular solute-binding protein family 3  33.78 
 
 
262 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.012684 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.31 
 
 
243 aa  106  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.21 
 
 
243 aa  105  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  34.21 
 
 
243 aa  105  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  34.21 
 
 
243 aa  105  5e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1775  extracellular solute-binding protein family 3  30.17 
 
 
312 aa  103  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.848081  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.3 
 
 
243 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.6 
 
 
244 aa  102  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5578  extracellular solute-binding protein family 3  32.22 
 
 
294 aa  102  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26240  periplasmic histidine-binding protein HisJ  30.17 
 
 
261 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279452  normal  0.75514 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  32.02 
 
 
307 aa  99.8  4e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.53 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.53 
 
 
245 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.53 
 
 
245 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.53 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  32.3 
 
 
259 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.53 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3034  extracellular solute-binding protein  29.31 
 
 
311 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.181787  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3093  extracellular solute-binding protein  29.31 
 
 
311 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.635892  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3050  extracellular solute-binding protein  29.31 
 
 
311 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.247578 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5139  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
260 aa  97.1  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.900284 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  27.31 
 
 
320 aa  96.7  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4297  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  33.63 
 
 
264 aa  96.7  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.173151 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1783  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.19 
 
 
264 aa  96.7  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.57 
 
 
243 aa  95.9  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2417  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.74 
 
 
264 aa  95.9  4e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.131702  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.74 
 
 
264 aa  95.9  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2777  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  32.74 
 
 
264 aa  95.9  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.262545  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2839  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.74 
 
 
264 aa  95.9  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2873  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.74 
 
 
264 aa  95.9  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.223269  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1729  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.74 
 
 
264 aa  95.9  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.133589  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  28.03 
 
 
337 aa  96.3  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3583  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 
306 aa  95.9  5e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.0200078 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1163  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 
264 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.516909  normal  0.0605845 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.84 
 
 
258 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31 
 
 
243 aa  95.9  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0708  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 
264 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.956063  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1187  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 
264 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.708736  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2719  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  32.74 
 
 
264 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1224  extracellular solute-binding protein family 3  32.19 
 
 
322 aa  95.5  7e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.324397  decreased coverage  0.00201805 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1566  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.63 
 
 
264 aa  95.5  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2118  extracellular solute-binding protein  33.63 
 
 
264 aa  95.1  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  30.22 
 
 
259 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7494  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 
255 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0124491  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6682  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.39 
 
 
257 aa  94.7  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1067  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 
264 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358006  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 
266 aa  93.6  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1067  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 
264 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.7 
 
 
243 aa  94  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0778  protein kinase  30.9 
 
 
604 aa  93.2  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.778386 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  29.78 
 
 
259 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0891  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  29.65 
 
 
243 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437353  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1240  amino acid binding protein  29.07 
 
 
263 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3939  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.3 
 
 
259 aa  93.6  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.564885  hitchhiker  0.00393875 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2597  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.96 
 
 
262 aa  93.2  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144936  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0797  protein kinase  30.9 
 
 
604 aa  93.2  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0854575 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0782  serine/threonine protein kinase  30.9 
 
 
604 aa  93.2  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.14 
 
 
243 aa  92.8  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.84 
 
 
243 aa  92.8  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4082  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 
280 aa  92.8  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2538  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 
259 aa  92.8  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.527572  normal  0.516137 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00868  arginine transporter subunit  29.65 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.208844  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2779  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.65 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0936  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  29.65 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.570643  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5237  protein kinase  28.02 
 
 
583 aa  92.4  5e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.307839  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0967  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  29.65 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2468  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  29.65 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381979  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00874  hypothetical protein  29.65 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.183806  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4454  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
280 aa  92.8  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160323  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5463  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.53 
 
 
257 aa  92.4  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2733  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.65 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0727882  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1033  protein kinase  28.88 
 
 
586 aa  92.4  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.431531 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  31.72 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.72 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  31.72 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4765  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.65 
 
 
260 aa  92.4  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458937  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2378  lysine/arginine/ornithine ABC transporter periplasmic-binding protein  30.53 
 
 
257 aa  92  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.669572  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  31.53 
 
 
253 aa  92  7e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13990  putative amino acid ABC transporter  29.07 
 
 
263 aa  92  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.258104  normal  0.0183711 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6320  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
264 aa  91.7  8e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0695145  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3432  extracellular solute-binding protein  32 
 
 
259 aa  91.7  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  30.67 
 
 
243 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3739  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.76 
 
 
260 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.40213  normal  0.421075 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5953  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.09 
 
 
260 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203121  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1376  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.56 
 
 
243 aa  91.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2917  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.86 
 
 
264 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.831114 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.4 
 
 
243 aa  90.9  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4696  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 
296 aa  91.3  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.871044  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3990  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 
280 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601585  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5565  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.76 
 
 
260 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.857563  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>