More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3990 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3990  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 280 aa  560  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4454  extracellular solute-binding protein  97.14 
 
 		 280 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4082  extracellular solute-binding protein  88.57 
 
 		 280 aa  478  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1310  extracellular solute-binding protein  62.55 
 
 		 303 aa  285  5.999999999999999e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00817275 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3312  extracellular solute-binding protein family 3  54.62 
 
 		 273 aa  279  3e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.159428  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0439  extracellular solute-binding protein  44.85 
 
 		 280 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.501254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2800  extracellular solute-binding protein  45.2 
 
 		 286 aa  228  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 		 253 aa  112  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4595  amino acid ABC transporter  32.26 
 
 		 317 aa  104  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0391985 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1068  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.343066 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  27.31 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  29.76 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  31.4 
 
 		 265 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.4 
 
 		 265 aa  100  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  29.76 
 
 		 266 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  31.4 
 
 		 265 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  29.76 
 
 		 285 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  29.76 
 
 		 266 aa  100  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.4 
 
 		 265 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  29.37 
 
 		 266 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  29.76 
 
 		 266 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 		 281 aa  99  7e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.99 
 
 		 265 aa  99  8e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.58 
 
 		 265 aa  98.6  9e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.58 
 
 		 265 aa  98.2  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.58 
 
 		 265 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.99 
 
 		 265 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  29.39 
 
 		 266 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  30.15 
 
 		 266 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  29.88 
 
 		 257 aa  96.7  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 272 aa  96.7  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  29.76 
 
 		 266 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5237  protein kinase  29.48 
 
 		 583 aa  96.3  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.307839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0687  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0413327  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  28.97 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  28.97 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  27.88 
 
 		 266 aa  94  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  27.88 
 
 		 266 aa  94  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  27.88 
 
 		 266 aa  94  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  28.97 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 252 aa  93.6  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6167  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 		 277 aa  92.8  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1135  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 274 aa  92.8  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3583  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.0200078 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1473  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.52 
 
 		 259 aa  92  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0937  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  29.1 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.122592  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5463  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.63 
 
 		 257 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6460  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 		 237 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.112663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1641  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.256735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2596  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  26.14 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2584  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  26.14 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.176074 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2790  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.76 
 
 		 259 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.239509  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  28.57 
 
 		 266 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2496  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  26.14 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0724  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 		 259 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.150259  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2542  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  26.14 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.579681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0741  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 		 259 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00790935 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2538  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 		 259 aa  90.5  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.527572  normal  0.516137 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0782  serine/threonine protein kinase  29.55 
 
 		 604 aa  90.5  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0778  protein kinase  29.55 
 
 		 604 aa  90.5  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.778386 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  27.84 
 
 		 337 aa  90.5  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0797  protein kinase  29.55 
 
 		 604 aa  90.5  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0854575 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02235  lysine/arginine/ornithine transporter subunit  26.05 
 
 		 260 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1346  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.05 
 
 		 260 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00101458  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1342  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.05 
 
 		 260 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.232393  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02195  hypothetical protein  26.05 
 
 		 260 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4984  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 		 276 aa  89.7  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0182902 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2460  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  26.05 
 
 		 260 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2604  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  26.05 
 
 		 260 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  28.18 
 
 		 264 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.85 
 
 		 264 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  35 
 
 		 265 aa  89.7  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2466  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  26.82 
 
 		 260 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.64 
 
 		 264 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  28.64 
 
 		 264 aa  89.4  6e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.64 
 
 		 264 aa  89.4  6e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  28.64 
 
 		 264 aa  89.4  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2705  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  26.14 
 
 		 260 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.588251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.64 
 
 		 264 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  28.36 
 
 		 265 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  26.47 
 
 		 320 aa  89.4  7e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 266 aa  89.4  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0936  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  27.42 
 
 		 313 aa  89.4  7e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.019687  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4845  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.92 
 
 		 260 aa  89  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2855  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 274 aa  89  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5438  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  29.92 
 
 		 260 aa  89  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5424  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.92 
 
 		 260 aa  89  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.717172  normal  0.449482 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2378  lysine/arginine/ornithine ABC transporter periplasmic-binding protein  28.24 
 
 		 257 aa  89  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.669572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.76 
 
 		 258 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  28.8 
 
 		 302 aa  88.2  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3326  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.39 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1033  protein kinase  29.07 
 
 		 586 aa  88.6  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.431531 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1224  extracellular solute-binding protein family 3  25.71 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.324397  decreased coverage  0.00201805 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2832  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2131  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.98 
 
 		 262 aa  87.4  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3227  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 261 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.355644 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3432  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 		 259 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  27.54 
 
 		 323 aa  87.8  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>