More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1068 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1068  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 302 aa  605  9.999999999999999e-173  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.343066 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0936  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  48.5 
 
 		 313 aa  299  4e-80  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.019687  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0937  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  50.69 
 
 		 313 aa  290  3e-77  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.122592  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0088  extracellular solute-binding protein family 3  42.16 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0087  extracellular solute-binding protein family 3  43.15 
 
 		 294 aa  215  8e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27190  amino acid-binding protein  33.1 
 
 		 310 aa  182  6e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3683  extracellular solute-binding protein family 3  36.33 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3034  extracellular solute-binding protein  40.23 
 
 		 311 aa  180  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.181787  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3093  extracellular solute-binding protein  40.23 
 
 		 311 aa  180  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.635892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3050  extracellular solute-binding protein  40.23 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.247578 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1224  extracellular solute-binding protein family 3  37.6 
 
 		 322 aa  179  5.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.324397  decreased coverage  0.00201805 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2832  extracellular solute-binding protein  40.47 
 
 		 306 aa  175  7e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  36.9 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3583  extracellular solute-binding protein  39.46 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.0200078 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3686  extracellular solute-binding protein family 3  33.99 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0782  serine/threonine protein kinase  39.53 
 
 		 604 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0797  protein kinase  39.53 
 
 		 604 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0854575 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0778  protein kinase  39.53 
 
 		 604 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.778386 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5237  protein kinase  39.68 
 
 		 583 aa  165  8e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.307839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1033  protein kinase  38.58 
 
 		 586 aa  165  8e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.431531 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  33.21 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  33.06 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1775  extracellular solute-binding protein family 3  32.21 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.848081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4595  amino acid ABC transporter  32.18 
 
 		 317 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0391985 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5578  extracellular solute-binding protein family 3  34.9 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  36 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  37.45 
 
 		 257 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1316  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.37 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3769  extracellular solute-binding protein family 3  32.09 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3684  extracellular solute-binding protein family 3  29.43 
 
 		 326 aa  115  6e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2050  extracellular solute-binding protein family 3  27.12 
 
 		 331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5565  extracellular solute-binding protein family 3  30.65 
 
 		 314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  32.34 
 
 		 323 aa  113  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5205  ABC transporter substrate binding protein  30.96 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3901  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 326 aa  113  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4428  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.629466  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1986  extracellular solute-binding protein family 3  31.84 
 
 		 312 aa  113  5e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5877  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 317 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.280922  normal  0.140755 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3860  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1534  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.57 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.12119 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4320  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3938  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.138287  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5206  ABC transporter substrate binding protein  28.17 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4191  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 347 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4344  extracellular solute-binding protein family 3  29.28 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0397  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.32 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 		 250 aa  108  1e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  30.21 
 
 		 272 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 247 aa  107  3e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  32.3 
 
 		 254 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0107  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.81 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2412  extracellular solute-binding protein  31.73 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.455037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3708  extracellular solute-binding protein family 3  26.69 
 
 		 354 aa  105  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1379  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.03 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539122  normal  0.578964 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5512  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.913196  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5876  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.266759 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  32.61 
 
 		 269 aa  104  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0525  extracellular solute-binding protein family 3  26.89 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  30.53 
 
 		 254 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6385  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 313 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344294  normal  0.411432 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3765  extracellular solute-binding protein family 3  29.26 
 
 		 337 aa  102  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.588267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0926  extracellular solute-binding protein family 3  28.41 
 
 		 341 aa  102  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00101537  normal  0.0381381 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4454  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 280 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2264  cystine-binding periplasmic protein FliY  27.05 
 
 		 311 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2889  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 309 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00285086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1162  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.8 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0158774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3990  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 280 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02250  amino acid-binding protein  26.48 
 
 		 348 aa  100  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.856046  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0734  cystine-binding periplasmic protein FliY  27.87 
 
 		 406 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1686  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.64 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2855  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 274 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 281 aa  100  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4350  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 314 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.771986  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0566  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.64 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1687  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.64 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129998  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4082  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 		 280 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1894  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.64 
 
 		 397 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2401  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.64 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22921  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  31.49 
 
 		 273 aa  100  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3008  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.22 
 
 		 309 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.324637  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2931  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 		 332 aa  99.8  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.681734  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1530  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.63 
 
 		 311 aa  99.8  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.127687 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 246 aa  99.8  5e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2504  ABC transporter substrate-binding protein  29.03 
 
 		 313 aa  99.4  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 		 246 aa  98.6  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2363  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1135  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 274 aa  98.6  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4349  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.17246  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0237  extracellular solute-binding protein family 3  30.13 
 
 		 267 aa  98.6  1e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.640745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2089  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 310 aa  97.4  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0560  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.52 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1691  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.52 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.401745  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0740  cystine-binding periplasmic protein FliY  26.52 
 
 		 328 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0429  extracellular solute-binding protein family 3  30.87 
 
 		 283 aa  97.8  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3934  twin-arginine translocation pathway signal  28.63 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0254446  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4432  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1680  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.52 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1888  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.52 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2408  cystine-binding periplasmic protein FliY  26.52 
 
 		 328 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2269  cystine-binding periplasmic protein FliY  26.52 
 
 		 328 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0485236  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>