More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3860 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3860  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 317 aa  634    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4320  extracellular solute-binding protein  99.05 
 
 		 317 aa  628  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5877  extracellular solute-binding protein  91.46 
 
 		 317 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.280922  normal  0.140755 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4428  extracellular solute-binding protein  90.82 
 
 		 317 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.629466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3938  extracellular solute-binding protein  90.51 
 
 		 317 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.138287  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1534  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  91.19 
 
 		 315 aa  550  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.12119 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4191  extracellular solute-binding protein  89.64 
 
 		 347 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1691  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  72.19 
 
 		 328 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.401745  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0740  cystine-binding periplasmic protein FliY  73.1 
 
 		 328 aa  471  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1888  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  72.19 
 
 		 328 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2408  cystine-binding periplasmic protein FliY  73.1 
 
 		 328 aa  471  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0560  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  72.19 
 
 		 328 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1680  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  72.19 
 
 		 328 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2269  cystine-binding periplasmic protein FliY  73.1 
 
 		 328 aa  471  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0485236  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6385  extracellular solute-binding protein  70.2 
 
 		 313 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344294  normal  0.411432 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5512  extracellular solute-binding protein  70.53 
 
 		 313 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.913196  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5876  extracellular solute-binding protein  70.53 
 
 		 313 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.266759 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0107  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  67.44 
 
 		 313 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0388  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  65.03 
 
 		 313 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226989  normal  0.56756 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5565  extracellular solute-binding protein family 3  60.13 
 
 		 314 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4350  extracellular solute-binding protein  60.26 
 
 		 314 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.771986  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5205  ABC transporter substrate binding protein  59.43 
 
 		 312 aa  358  8e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2504  ABC transporter substrate-binding protein  57.74 
 
 		 313 aa  356  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5206  ABC transporter substrate binding protein  58.3 
 
 		 311 aa  342  5e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4349  extracellular solute-binding protein  55.56 
 
 		 309 aa  337  9.999999999999999e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.17246  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5566  extracellular solute-binding protein family 3  55.37 
 
 		 311 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.306318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0397  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  57.71 
 
 		 314 aa  334  9e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1530  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  57.28 
 
 		 311 aa  333  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.127687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3934  twin-arginine translocation pathway signal  58.36 
 
 		 310 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0254446  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5873  extracellular solute-binding protein  58.01 
 
 		 310 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0885292 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4432  extracellular solute-binding protein  58.36 
 
 		 310 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4324  extracellular solute-binding protein  58.21 
 
 		 313 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1686  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.51 
 
 		 311 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1894  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.84 
 
 		 397 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2401  amino acid ABC transporter periplasmic protein  58.51 
 
 		 311 aa  330  2e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22921  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1687  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.51 
 
 		 311 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129998  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0566  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.51 
 
 		 311 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2264  cystine-binding periplasmic protein FliY  57.84 
 
 		 311 aa  329  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3864  extracellular solute-binding protein  57.86 
 
 		 313 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.384517  normal  0.625543 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0734  cystine-binding periplasmic protein FliY  57.84 
 
 		 406 aa  328  8e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4187  extracellular solute-binding protein  59.72 
 
 		 312 aa  326  3e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1701  extracellular solute-binding protein family 3  53.51 
 
 		 324 aa  304  1.0000000000000001e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3008  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.51 
 
 		 309 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.324637  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2889  extracellular solute-binding protein  49.68 
 
 		 309 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00285086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3684  extracellular solute-binding protein family 3  47.88 
 
 		 326 aa  300  3e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2151  extracellular solute-binding protein family 3  52.51 
 
 		 326 aa  290  3e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2412  extracellular solute-binding protein  53.28 
 
 		 308 aa  288  7e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.455037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2089  extracellular solute-binding protein  52.71 
 
 		 310 aa  288  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2491  extracellular solute-binding protein family 3  52.51 
 
 		 327 aa  287  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3901  extracellular solute-binding protein  48.78 
 
 		 326 aa  281  1e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2150  extracellular solute-binding protein family 3  47.65 
 
 		 311 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0407  extracellular solute-binding protein family 3  50.58 
 
 		 315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2490  extracellular solute-binding protein family 3  51.94 
 
 		 311 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0524  extracellular solute-binding protein family 3  45.25 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0525  extracellular solute-binding protein family 3  49.22 
 
 		 305 aa  265  8.999999999999999e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1919  extracellular solute-binding protein  44.41 
 
 		 301 aa  264  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.659618  hitchhiker  0.00000571338 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34650  amino acid-binding protein  46.88 
 
 		 335 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2085  extracellular solute-binding protein  43.88 
 
 		 295 aa  246  3e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0926  extracellular solute-binding protein family 3  45.2 
 
 		 341 aa  229  5e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00101537  normal  0.0381381 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2931  extracellular solute-binding protein  43.97 
 
 		 332 aa  226  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.681734  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4344  extracellular solute-binding protein family 3  40.99 
 
 		 339 aa  216  4e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3708  extracellular solute-binding protein family 3  36.96 
 
 		 354 aa  205  8e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02250  amino acid-binding protein  37.78 
 
 		 348 aa  189  5.999999999999999e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.856046  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3765  extracellular solute-binding protein family 3  36.25 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.588267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3907  luciferase family protein  36.78 
 
 		 734 aa  163  3e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.139361  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2050  extracellular solute-binding protein family 3  35.8 
 
 		 331 aa  156  4e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1068  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.343066 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2363  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  30.59 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0937  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  31.05 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.122592  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3769  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 		 323 aa  102  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1986  extracellular solute-binding protein family 3  29.55 
 
 		 312 aa  99.4  7e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0936  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  29.67 
 
 		 313 aa  97.8  2e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.019687  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  30.96 
 
 		 265 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  32.73 
 
 		 266 aa  92.8  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  32.73 
 
 		 266 aa  92.8  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  32.73 
 
 		 266 aa  92.8  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  29.54 
 
 		 285 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  29.54 
 
 		 266 aa  92.8  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  29.54 
 
 		 285 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  29.54 
 
 		 266 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  29.11 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  29.17 
 
 		 266 aa  92.4  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  29.11 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  29.11 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  27.97 
 
 		 264 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  27.97 
 
 		 264 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  28.88 
 
 		 265 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  28.69 
 
 		 266 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  28.69 
 
 		 266 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  28.69 
 
 		 266 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  27.97 
 
 		 264 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  27.97 
 
 		 264 aa  89  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  28.27 
 
 		 266 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  28.27 
 
 		 266 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  28.21 
 
 		 265 aa  87.4  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  28.03 
 
 		 266 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 266 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3686  extracellular solute-binding protein family 3  27.07 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>