More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5205 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5205  ABC transporter substrate binding protein  100 
 
 		 312 aa  624  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0107  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.01 
 
 		 313 aa  374  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5565  extracellular solute-binding protein family 3  63.3 
 
 		 314 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4349  extracellular solute-binding protein  59.32 
 
 		 309 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.17246  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4350  extracellular solute-binding protein  61 
 
 		 314 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.771986  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5566  extracellular solute-binding protein family 3  62.54 
 
 		 311 aa  363  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.306318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3860  extracellular solute-binding protein  59.43 
 
 		 317 aa  358  8e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4320  extracellular solute-binding protein  59.43 
 
 		 317 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4428  extracellular solute-binding protein  58.51 
 
 		 317 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.629466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1534  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  59.07 
 
 		 315 aa  354  1e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.12119 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3938  extracellular solute-binding protein  58.16 
 
 		 317 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.138287  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5877  extracellular solute-binding protein  58.72 
 
 		 317 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.280922  normal  0.140755 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5206  ABC transporter substrate binding protein  58.89 
 
 		 311 aa  352  5.9999999999999994e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5512  extracellular solute-binding protein  59.22 
 
 		 313 aa  351  7e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.913196  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5876  extracellular solute-binding protein  59.22 
 
 		 313 aa  351  7e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.266759 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0388  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  55.34 
 
 		 313 aa  351  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226989  normal  0.56756 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6385  extracellular solute-binding protein  58.51 
 
 		 313 aa  349  4e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344294  normal  0.411432 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2408  cystine-binding periplasmic protein FliY  57.45 
 
 		 328 aa  345  4e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0740  cystine-binding periplasmic protein FliY  57.45 
 
 		 328 aa  345  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2269  cystine-binding periplasmic protein FliY  57.45 
 
 		 328 aa  345  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0485236  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1691  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.45 
 
 		 328 aa  345  5e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.401745  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4191  extracellular solute-binding protein  59.43 
 
 		 347 aa  345  5e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1888  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.45 
 
 		 328 aa  345  5e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0560  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.45 
 
 		 328 aa  345  5e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1680  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.45 
 
 		 328 aa  345  5e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1894  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.5 
 
 		 397 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2401  amino acid ABC transporter periplasmic protein  59.5 
 
 		 311 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22921  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1686  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.5 
 
 		 311 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0734  cystine-binding periplasmic protein FliY  59.5 
 
 		 406 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0566  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.5 
 
 		 311 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2264  cystine-binding periplasmic protein FliY  59.5 
 
 		 311 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1687  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.5 
 
 		 311 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129998  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1530  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  58.78 
 
 		 311 aa  340  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.127687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2504  ABC transporter substrate-binding protein  58.28 
 
 		 313 aa  341  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3934  twin-arginine translocation pathway signal  58.78 
 
 		 310 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0254446  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5873  extracellular solute-binding protein  58.78 
 
 		 310 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0885292 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4432  extracellular solute-binding protein  58.78 
 
 		 310 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0397  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  57.91 
 
 		 314 aa  335  5e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4324  extracellular solute-binding protein  58.63 
 
 		 313 aa  335  5e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3864  extracellular solute-binding protein  58.27 
 
 		 313 aa  335  7e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.384517  normal  0.625543 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2889  extracellular solute-binding protein  53.97 
 
 		 309 aa  322  5e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00285086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4187  extracellular solute-binding protein  62.5 
 
 		 312 aa  322  6e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3008  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.79 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.324637  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3684  extracellular solute-binding protein family 3  52.32 
 
 		 326 aa  310  2e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1701  extracellular solute-binding protein family 3  55.73 
 
 		 324 aa  308  5.9999999999999995e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0407  extracellular solute-binding protein family 3  55.35 
 
 		 315 aa  306  3e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0524  extracellular solute-binding protein family 3  54.98 
 
 		 315 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2491  extracellular solute-binding protein family 3  54.24 
 
 		 327 aa  297  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2151  extracellular solute-binding protein family 3  54.24 
 
 		 326 aa  297  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2089  extracellular solute-binding protein  52.96 
 
 		 310 aa  294  1e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3901  extracellular solute-binding protein  53.12 
 
 		 326 aa  289  5.0000000000000004e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2490  extracellular solute-binding protein family 3  53.33 
 
 		 311 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2150  extracellular solute-binding protein family 3  50.17 
 
 		 311 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1919  extracellular solute-binding protein  48.49 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.659618  hitchhiker  0.00000571338 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2412  extracellular solute-binding protein  50.92 
 
 		 308 aa  273  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.455037  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0525  extracellular solute-binding protein family 3  50.37 
 
 		 305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34650  amino acid-binding protein  48.47 
 
 		 335 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2085  extracellular solute-binding protein  47.55 
 
 		 295 aa  245  6.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0926  extracellular solute-binding protein family 3  50.42 
 
 		 341 aa  241  1e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00101537  normal  0.0381381 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2931  extracellular solute-binding protein  45.58 
 
 		 332 aa  236  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.681734  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3708  extracellular solute-binding protein family 3  42.7 
 
 		 354 aa  213  3.9999999999999995e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4344  extracellular solute-binding protein family 3  42.05 
 
 		 339 aa  209  5e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3765  extracellular solute-binding protein family 3  38.66 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.588267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3907  luciferase family protein  42.68 
 
 		 734 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.139361  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2050  extracellular solute-binding protein family 3  41.13 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02250  amino acid-binding protein  36.86 
 
 		 348 aa  168  8e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.856046  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  34.15 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1068  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.343066 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3769  extracellular solute-binding protein family 3  32.27 
 
 		 323 aa  112  7.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1986  extracellular solute-binding protein family 3  31.36 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0936  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  27.97 
 
 		 313 aa  99.4  6e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.019687  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1775  extracellular solute-binding protein family 3  27.44 
 
 		 312 aa  90.9  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.848081  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0937  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  29.39 
 
 		 313 aa  89.4  7e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.122592  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5578  extracellular solute-binding protein family 3  26.94 
 
 		 294 aa  86.3  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  30.08 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0388  extracellular solute-binding protein family 3  30.13 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.312775  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  27.45 
 
 		 337 aa  81.6  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3686  extracellular solute-binding protein family 3  29.27 
 
 		 310 aa  81.6  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3515  extracellular solute-binding protein family 3  27.69 
 
 		 275 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.821579  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5223  extracellular solute-binding protein family 3  30.6 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.170331 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0041  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.347701  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2363  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2855  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 		 274 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5408  extracellular solute-binding protein family 3  29.92 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6504  ABC transporter substrate-binding protein  29.96 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5150  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109685  normal  0.942381 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  33.53 
 
 		 285 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  33.53 
 
 		 285 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  33.53 
 
 		 266 aa  73.2  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  33.53 
 
 		 266 aa  73.6  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2099  ABC transporter substrate-binding protein  28.1 
 
 		 273 aa  73.2  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  27.9 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1803  extracellular solute-binding protein  37.8 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.363702  normal  0.037594 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  30.13 
 
 		 323 aa  72.4  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  32.93 
 
 		 266 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  32.93 
 
 		 266 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  32.93 
 
 		 266 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4595  amino acid ABC transporter  26.18 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0391985 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2096  ABC transporter substrate-binding protein  28.46 
 
 		 273 aa  70.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  30.06 
 
 		 264 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>