More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C1162 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1162  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
304 aa  615  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0158774  normal 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4696  extracellular solute-binding protein  39.72 
 
 
296 aa  199  6e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.871044  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3683  extracellular solute-binding protein family 3  30.41 
 
 
301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  33.98 
 
 
320 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1775  extracellular solute-binding protein family 3  33.59 
 
 
312 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.848081  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2363  extracellular solute-binding protein  32.38 
 
 
304 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4595  amino acid ABC transporter  29.06 
 
 
317 aa  115  8.999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0391985 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2855  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
274 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  31.33 
 
 
302 aa  109  7.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  29.62 
 
 
337 aa  108  9.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3686  extracellular solute-binding protein family 3  29.32 
 
 
310 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0388  extracellular solute-binding protein family 3  28.19 
 
 
296 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.312775  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  31.93 
 
 
307 aa  102  5e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1068  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
302 aa  101  1e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.343066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2096  ABC transporter substrate-binding protein  27.89 
 
 
273 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  30.4 
 
 
323 aa  99.8  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1803  extracellular solute-binding protein  32.35 
 
 
288 aa  99  9e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.363702  normal  0.037594 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3034  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 
311 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.181787  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3093  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 
311 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.635892  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3050  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 
311 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.247578 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3583  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 
306 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.0200078 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0937  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  27.27 
 
 
313 aa  95.5  1e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.122592  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3515  extracellular solute-binding protein family 3  29.34 
 
 
275 aa  94.7  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.821579  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0778  protein kinase  28.29 
 
 
604 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.778386 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5578  extracellular solute-binding protein family 3  31.85 
 
 
294 aa  93.2  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0936  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  26.52 
 
 
313 aa  92.8  6e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.019687  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2184  extracellular solute-binding protein  31.93 
 
 
295 aa  92.8  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092646 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0782  serine/threonine protein kinase  27.91 
 
 
604 aa  92.4  7e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5408  extracellular solute-binding protein family 3  27.3 
 
 
296 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0797  protein kinase  27.91 
 
 
604 aa  92.4  7e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0854575 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0041  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
296 aa  92.4  9e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.347701  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2832  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 
306 aa  92.4  9e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1224  extracellular solute-binding protein family 3  28.98 
 
 
322 aa  91.3  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.324397  decreased coverage  0.00201805 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1316  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.9 
 
 
296 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1023  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.6 
 
 
243 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.916151 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.6 
 
 
243 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.6 
 
 
245 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.6 
 
 
245 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.76 
 
 
243 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.6 
 
 
243 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.6 
 
 
243 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2733  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.6 
 
 
243 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0727882  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0891  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.6 
 
 
243 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437353  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00868  arginine transporter subunit  30.6 
 
 
243 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.208844  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2779  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.6 
 
 
243 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0149314  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00874  hypothetical protein  30.6 
 
 
243 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.183806  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0936  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.6 
 
 
243 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.570643  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0967  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.6 
 
 
243 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2468  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  30.6 
 
 
243 aa  89.7  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381979  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.6 
 
 
243 aa  89.4  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5223  extracellular solute-binding protein family 3  26.67 
 
 
296 aa  89  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.170331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1379  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.01 
 
 
307 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539122  normal  0.578964 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  32.31 
 
 
254 aa  86.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  30.64 
 
 
252 aa  85.5  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7606  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.14 
 
 
329 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  31.44 
 
 
254 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4349  extracellular solute-binding protein  27 
 
 
309 aa  83.6  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.17246  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 
272 aa  83.6  0.000000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5128  extracellular solute-binding protein family 3  27.76 
 
 
310 aa  82.8  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212164  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1982  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
276 aa  82.8  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  28.63 
 
 
256 aa  82.8  0.000000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
252 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3312  extracellular solute-binding protein family 3  25.43 
 
 
273 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.159428  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27190  amino acid-binding protein  26.46 
 
 
310 aa  81.6  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5237  protein kinase  26.37 
 
 
583 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.307839  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.38 
 
 
243 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  28.38 
 
 
243 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  28.38 
 
 
243 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6504  ABC transporter substrate-binding protein  26.05 
 
 
296 aa  80.5  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.72 
 
 
251 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0439  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 
280 aa  79.3  0.00000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.501254  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6460  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
237 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.112663  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5376  extracellular solute-binding protein family 3  27.17 
 
 
310 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.64943  normal  0.50897 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  28.33 
 
 
242 aa  78.6  0.0000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  25.54 
 
 
255 aa  78.2  0.0000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0360  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
256 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  28.87 
 
 
243 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.59 
 
 
243 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6167  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
277 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  28.87 
 
 
243 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.87 
 
 
243 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  42.86 
 
 
273 aa  77.8  0.0000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1033  protein kinase  26.36 
 
 
586 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.431531 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.58 
 
 
490 aa  78.2  0.0000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.94 
 
 
247 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.59 
 
 
243 aa  77  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001573  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  25.33 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.74719  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
250 aa  77  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5566  extracellular solute-binding protein family 3  27.16 
 
 
311 aa  77.4  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.306318  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.94 
 
 
247 aa  76.6  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.94 
 
 
247 aa  76.6  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4324  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 
313 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3864  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 
313 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.384517  normal  0.625543 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1530  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.54 
 
 
311 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.127687 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  31 
 
 
251 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
257 aa  76.3  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.02 
 
 
249 aa  76.3  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  27.43 
 
 
271 aa  75.5  0.0000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.59 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  26.29 
 
 
252 aa  75.9  0.0000000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>