More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7606 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7606  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  100 
 
 		 329 aa  660    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5128  extracellular solute-binding protein family 3  75.97 
 
 		 310 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5376  extracellular solute-binding protein family 3  73.87 
 
 		 310 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.64943  normal  0.50897 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1775  extracellular solute-binding protein family 3  32.32 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.848081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5578  extracellular solute-binding protein family 3  33.47 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  32.41 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2855  extracellular solute-binding protein  32.57 
 
 		 274 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0041  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.347701  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  32.4 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5223  extracellular solute-binding protein family 3  28.72 
 
 		 296 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.170331 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4595  amino acid ABC transporter  29.39 
 
 		 317 aa  108  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0391985 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1316  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.53 
 
 		 296 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2096  ABC transporter substrate-binding protein  30.86 
 
 		 273 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4320  extracellular solute-binding protein family 3  33.08 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5408  extracellular solute-binding protein family 3  28.83 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0388  extracellular solute-binding protein family 3  28.92 
 
 		 296 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.312775  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0087  extracellular solute-binding protein family 3  30.29 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27190  amino acid-binding protein  29.62 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 		 247 aa  100  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  32 
 
 		 254 aa  99.8  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  32.3 
 
 		 246 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 		 249 aa  98.2  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  32.74 
 
 		 254 aa  97.4  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0088  extracellular solute-binding protein family 3  29.96 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 		 252 aa  95.9  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  32.44 
 
 		 251 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  30.22 
 
 		 246 aa  94.4  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0937  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  31.56 
 
 		 313 aa  94.4  3e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.122592  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 275 aa  93.6  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  31.25 
 
 		 275 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3583  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278608  normal  0.0200078 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1068  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.343066 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  26.96 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3515  extracellular solute-binding protein family 3  29.32 
 
 		 275 aa  90.5  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.821579  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4696  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 296 aa  89  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.871044  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1135  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 		 274 aa  88.6  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.56 
 
 		 251 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2832  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  27.68 
 
 		 271 aa  87.8  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2363  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4984  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 276 aa  87  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0182902 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1224  extracellular solute-binding protein family 3  27.67 
 
 		 322 aa  86.3  6e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.324397  decreased coverage  0.00201805 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 		 260 aa  85.9  8e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1379  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.09 
 
 		 307 aa  85.9  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539122  normal  0.578964 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.25 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.25 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3683  extracellular solute-binding protein family 3  27.88 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.25 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.25 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34650  amino acid-binding protein  31.8 
 
 		 335 aa  84.3  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  31.25 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1162  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.14 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0158774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.25 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.25 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5457  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00912634  normal  0.471467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2099  ABC transporter substrate-binding protein  26.98 
 
 		 273 aa  82.8  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  31.11 
 
 		 263 aa  82.8  0.000000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0936  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  27.24 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.019687  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.44 
 
 		 248 aa  82  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 		 275 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4924  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 261 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263703 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3034  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.181787  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3050  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.247578 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3093  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.635892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.04 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.04 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.04 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.04 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.04 
 
 		 248 aa  78.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 		 284 aa  78.6  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0746  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  27.27 
 
 		 295 aa  79  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000227589  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.22 
 
 		 248 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4344  extracellular solute-binding protein family 3  27.1 
 
 		 339 aa  78.2  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1982  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 276 aa  77.8  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  27.97 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6504  ABC transporter substrate-binding protein  29.15 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 260 aa  77.4  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0875  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 285 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3686  extracellular solute-binding protein family 3  25.09 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1033  protein kinase  28.24 
 
 		 586 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.431531 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0869  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0886  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 285 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  30.43 
 
 		 273 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.15 
 
 		 247 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  28.7 
 
 		 272 aa  74.3  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  25.82 
 
 		 256 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 264 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  30.59 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  30.59 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3684  extracellular solute-binding protein family 3  27.3 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  28.21 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  30.59 
 
 		 266 aa  73.9  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>