More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0429 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0429  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
283 aa  573  1.0000000000000001e-163  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0237  extracellular solute-binding protein family 3  48.02 
 
 
267 aa  222  4.9999999999999996e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.640745  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  37.08 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38840  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  38.31 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.621896 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  35.84 
 
 
281 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11360  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  36.09 
 
 
290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.144563  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24310  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  35.66 
 
 
264 aa  135  8e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268105  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 
247 aa  132  6e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3010  extracellular solute-binding protein  34.98 
 
 
294 aa  132  6.999999999999999e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  36.28 
 
 
257 aa  132  7.999999999999999e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  33.77 
 
 
266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  31.68 
 
 
285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  31.68 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  31.68 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  31.68 
 
 
266 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  31.68 
 
 
266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  31.68 
 
 
285 aa  129  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2979  extracellular solute-binding protein  37.17 
 
 
265 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0329  extracellular solute-binding protein family 3  32.17 
 
 
282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  32.46 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0125  extracellular solute-binding protein family 3  29.18 
 
 
270 aa  126  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2962  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 
287 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209955  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 
243 aa  125  7e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  36.04 
 
 
254 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  36.89 
 
 
246 aa  123  3e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  36.04 
 
 
254 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  38.12 
 
 
251 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 
264 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  36.44 
 
 
246 aa  123  4e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  30.53 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  30.53 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  30.53 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  30.53 
 
 
266 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  30.53 
 
 
266 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  33.7 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  34.07 
 
 
268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.5 
 
 
251 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.63 
 
 
248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  33.09 
 
 
260 aa  119  7e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6986  extracellular solute-binding protein family 3  33.47 
 
 
271 aa  119  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  34.09 
 
 
249 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  31.72 
 
 
265 aa  117  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2829  extracellular solute-binding protein family 3  31.66 
 
 
266 aa  118  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.479003 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  30.7 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  31.14 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  30.7 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  35.94 
 
 
244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  31.14 
 
 
265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  33.64 
 
 
246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  30.7 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 
264 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  32.73 
 
 
260 aa  117  3e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 
277 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 
252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  34.98 
 
 
254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  33.2 
 
 
263 aa  116  3.9999999999999997e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.18 
 
 
248 aa  116  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.86 
 
 
490 aa  116  5e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.18 
 
 
247 aa  115  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.18 
 
 
247 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 
271 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.18 
 
 
247 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.74 
 
 
248 aa  115  8.999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.64 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  33.78 
 
 
247 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  31.73 
 
 
284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.74 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.74 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.74 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.74 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  33.64 
 
 
243 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.64 
 
 
243 aa  113  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.64 
 
 
243 aa  114  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2488  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.16 
 
 
248 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  33.64 
 
 
243 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.64 
 
 
243 aa  114  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.03 
 
 
260 aa  114  3e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  34.93 
 
 
260 aa  113  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.64 
 
 
243 aa  114  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  33.94 
 
 
247 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.29 
 
 
248 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.87 
 
 
264 aa  112  8.000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0961  extracellular solute-binding protein family 3  30.29 
 
 
258 aa  112  8.000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.611577  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.18 
 
 
243 aa  112  9e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.84 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.84 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  31.84 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  32.72 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.84 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.84 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.84 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.84 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  30.52 
 
 
272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.84 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  31.46 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.29 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.39 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.07 
 
 
276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.39 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  31.46 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>