More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2979 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2979  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
265 aa  536  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4024  extracellular solute-binding protein  44.4 
 
 
270 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.400278  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  38.29 
 
 
257 aa  160  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.04 
 
 
250 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.04 
 
 
250 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.04 
 
 
250 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.04 
 
 
250 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.04 
 
 
250 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.04 
 
 
250 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.65 
 
 
250 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  38.16 
 
 
281 aa  157  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.65 
 
 
253 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.65 
 
 
250 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.22 
 
 
250 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.22 
 
 
250 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1156  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.28 
 
 
248 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 
250 aa  143  2e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3699  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.91 
 
 
248 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0756284  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.78 
 
 
250 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  37.24 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38840  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  35.56 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.621896 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6986  extracellular solute-binding protein family 3  35.24 
 
 
271 aa  139  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1093  extracellular solute-binding protein family 3  35.51 
 
 
247 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.019092 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.66 
 
 
247 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  34.31 
 
 
255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  37.5 
 
 
285 aa  135  8e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0237  extracellular solute-binding protein family 3  35 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.640745  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  35.45 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2141  extracellular solute-binding protein  35.56 
 
 
247 aa  132  6.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0343212 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.92 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.92 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.92 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  34.92 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.92 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.06 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.65 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.92 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  35.29 
 
 
247 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.65 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.92 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.92 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.52 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  34.39 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  33.86 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1706  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.33 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.114527  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.15 
 
 
248 aa  129  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.52 
 
 
248 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.52 
 
 
248 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.52 
 
 
248 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.52 
 
 
248 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.68 
 
 
248 aa  130  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.52 
 
 
248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  35.11 
 
 
283 aa  129  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0429  extracellular solute-binding protein family 3  35.54 
 
 
283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.33 
 
 
248 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3134  extracellular solute-binding protein  34.18 
 
 
267 aa  127  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5123  extracellular solute-binding protein family 3  33.19 
 
 
252 aa  127  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815904  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2488  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.59 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18700  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  32.54 
 
 
273 aa  126  3e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.7204  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  32.49 
 
 
269 aa  126  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  35.39 
 
 
244 aa  126  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.26 
 
 
247 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  36.97 
 
 
249 aa  125  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  33.48 
 
 
273 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0861  extracellular solute-binding protein family 3  32.42 
 
 
257 aa  124  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  32.27 
 
 
285 aa  124  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  33.33 
 
 
501 aa  124  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2829  extracellular solute-binding protein family 3  34.51 
 
 
266 aa  124  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.479003 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  33.48 
 
 
271 aa  124  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  34.35 
 
 
249 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  35.6 
 
 
246 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  34.8 
 
 
246 aa  123  4e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 
260 aa  123  4e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  35 
 
 
246 aa  122  5e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  33.19 
 
 
248 aa  122  6e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.97 
 
 
513 aa  121  9e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.47 
 
 
251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  31.03 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 
264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 
243 aa  119  3.9999999999999996e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0683  extracellular solute-binding protein  31.88 
 
 
279 aa  119  6e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.732102  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3010  extracellular solute-binding protein  34.22 
 
 
294 aa  119  6e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 
247 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  33.98 
 
 
244 aa  117  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  34.69 
 
 
252 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  33.73 
 
 
251 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  34.36 
 
 
254 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  34.36 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 
260 aa  117  3e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0329  extracellular solute-binding protein family 3  33.91 
 
 
282 aa  116  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.32 
 
 
251 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  32.53 
 
 
260 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4629  arginine-binding periplasmic protein 2  28.34 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336124  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4748  arginine-binding periplasmic protein 2  28.34 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00354956  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  34.8 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  34.8 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4712  arginine-binding periplasmic protein 2  28.34 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00168872  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>