More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0421 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 252 aa  511  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  54.69 
 
 		 270 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  48.36 
 
 		 262 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  52.44 
 
 		 262 aa  228  5e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  51.63 
 
 		 262 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  51.63 
 
 		 262 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 483 aa  100  3e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  30.74 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  27.81 
 
 		 259 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  23.21 
 
 		 457 aa  88.6  8e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25 
 
 		 243 aa  86.7  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.28 
 
 		 262 aa  85.9  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 258 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  29.56 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  36.14 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  29.56 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  35.54 
 
 		 297 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.48 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  28.42 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  30 
 
 		 274 aa  79  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 258 aa  78.6  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  27.89 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 		 251 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 258 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.82 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  25.2 
 
 		 263 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  29.05 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  29.76 
 
 		 264 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  29.24 
 
 		 264 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  24.07 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  29.24 
 
 		 264 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  29.24 
 
 		 264 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  28.57 
 
 		 258 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  27.24 
 
 		 259 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  30.25 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 		 265 aa  72.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  32.75 
 
 		 248 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  29.17 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 236 aa  71.6  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.04 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.89 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  27.8 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  23.29 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 256 aa  68.9  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 270 aa  68.9  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  23.86 
 
 		 245 aa  68.2  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  25.76 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25 
 
 		 266 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  22.42 
 
 		 253 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 255 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  25.62 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  28 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  27.92 
 
 		 261 aa  66.2  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  27.95 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  26.29 
 
 		 252 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  25.69 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  25.69 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  25.69 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  24.65 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  26.7 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 241 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  29.17 
 
 		 254 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  26.38 
 
 		 245 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  26.79 
 
 		 247 aa  63.2  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1148  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 		 270 aa  62.8  0.000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.614659 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.61 
 
 		 247 aa  62  0.000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0360  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 256 aa  62  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 266 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  20.99 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  22.41 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  29.24 
 
 		 935 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 275 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.68 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  26.52 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.67 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  19.62 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  22.64 
 
 		 257 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.96 
 
 		 256 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  28.03 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  23.5 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  26.4 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  25 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  22.22 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  22.64 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0357  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 270 aa  58.5  0.00000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  24.06 
 
 		 250 aa  58.5  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0526  hypothetical protein  22.47 
 
 		 268 aa  58.5  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.05 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3870  hypothetical protein  28.12 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  23.74 
 
 		 270 aa  58.5  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  24.75 
 
 		 235 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.76928 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>