More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2960 on replicon NC_008741
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 262 aa  530  1e-150  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  36.15 
 
 		 265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  32.86 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3796  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 		 283 aa  93.6  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.814508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 		 256 aa  92.8  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1508  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 257 aa  89  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118262  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 291 aa  85.9  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0117  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.29 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 285 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 285 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  26.2 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1802  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.202097  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1094  hypothetical protein  24.8 
 
 		 244 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.396494 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.92 
 
 		 265 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2054  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 		 258 aa  72  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.179486 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  34.06 
 
 		 246 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.2 
 
 		 2654 aa  70.5  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  23.14 
 
 		 263 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  27.73 
 
 		 259 aa  68.6  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 		 281 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 262 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 		 584 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  25.97 
 
 		 935 aa  65.9  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2732  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 284 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  24.69 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2548  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.163495  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.39 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.9 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  21.22 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 		 254 aa  63.5  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0186  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0860  extracellular solute-binding protein family 3  21.12 
 
 		 246 aa  62.4  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.92 
 
 		 490 aa  62  0.000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.86 
 
 		 1165 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 		 270 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1803  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 288 aa  61.6  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.363702  normal  0.037594 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  38.1 
 
 		 596 aa  61.6  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  21.22 
 
 		 257 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  21.22 
 
 		 257 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1047  hypothetical protein  25.12 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1459  cytidine deaminase  29.46 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  33.85 
 
 		 598 aa  60.5  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1758  extracellular solute-binding protein family 3  30.28 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.809792  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7504  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  25.14 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.59 
 
 		 860 aa  60.5  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2306  extracellular solute-binding protein  21.63 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000079937  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 		 252 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  29.45 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1345  extracellular solute-binding protein family 3  23.14 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.706269 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  29.3 
 
 		 596 aa  58.9  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 261 aa  58.9  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.88 
 
 		 1247 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1093  extracellular solute-binding protein family 3  22.05 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.019092 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  27.51 
 
 		 265 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  24.34 
 
 		 2035 aa  58.9  0.00000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2184  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0092646 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.71 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0949  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.32 
 
 		 276 aa  58.5  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.2503  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  23.11 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  28.93 
 
 		 597 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 		 246 aa  58.5  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0544  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  23.26 
 
 		 501 aa  58.2  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0576109  unclonable  7.662799999999999e-28 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1594  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.53 
 
 		 780 aa  58.2  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.111266  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  32.64 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0123  hypothetical protein  26.07 
 
 		 263 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.289179 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.6 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  23.53 
 
 		 736 aa  58.2  0.0000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.76 
 
 		 244 aa  57  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  28.67 
 
 		 599 aa  56.6  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  29.23 
 
 		 244 aa  56.6  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  28.1 
 
 		 243 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  23.96 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  25.12 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.99 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3858  hypothetical protein  20.82 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  25.12 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  25.12 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3347  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.67 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0179055 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1324  amino acid ABC transporter (binding protein)  26.11 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216539  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  25.12 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0357  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  25.12 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0805  extracellular solute-binding protein family 3  27.73 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.789569  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 262 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.5 
 
 		 282 aa  55.5  0.0000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  26.9 
 
 		 937 aa  55.5  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>