More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3734 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 247 aa  494  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  50.95 
 
 		 265 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  32.86 
 
 		 262 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 256 aa  96.3  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0117  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.9 
 
 		 254 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1508  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118262  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  32.12 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31 
 
 		 251 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1802  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.202097  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  27.8 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 241 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.48 
 
 		 860 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 246 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1924  hypothetical protein  29.79 
 
 		 248 aa  70.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  36.63 
 
 		 281 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  28.89 
 
 		 270 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2828  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 258 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  27.88 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  29.82 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 265 aa  68.9  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  29.28 
 
 		 262 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.29 
 
 		 253 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.04 
 
 		 264 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.44 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 262 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.12 
 
 		 1247 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 258 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 		 253 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.04 
 
 		 264 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 		 264 aa  67  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  24.77 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  26.26 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 252 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  22.77 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3796  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.814508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  29.29 
 
 		 263 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.26 
 
 		 264 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 322 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  22.17 
 
 		 264 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  22.17 
 
 		 264 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  22.17 
 
 		 264 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.17 
 
 		 264 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.51 
 
 		 513 aa  65.5  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  22.76 
 
 		 296 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28 
 
 		 235 aa  65.1  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  32.47 
 
 		 1247 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0434  arginine-binding periplasmic protein 1  26.36 
 
 		 246 aa  64.7  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  21.43 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.45 
 
 		 503 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.05 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.82 
 
 		 1247 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.88 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.74 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.16 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.71 
 
 		 1279 aa  63.2  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  25.94 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  30.16 
 
 		 245 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.99 
 
 		 489 aa  62.4  0.000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  27.39 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  28.99 
 
 		 489 aa  62.4  0.000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  29.3 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.99 
 
 		 489 aa  62  0.000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  23.29 
 
 		 256 aa  62  0.000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 		 279 aa  62  0.000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  23.29 
 
 		 255 aa  62  0.000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1688  metal dependent phosphohydrolase  25.54 
 
 		 648 aa  61.2  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.49 
 
 		 255 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0232  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.02 
 
 		 503 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 		 253 aa  61.6  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  26.22 
 
 		 270 aa  61.6  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  33.89 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.57 
 
 		 1165 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 252 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0860  extracellular solute-binding protein family 3  25.81 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  25 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  27.07 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.34 
 
 		 1322 aa  60.5  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0015  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 1248 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1150  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 281 aa  60.1  0.00000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  34.18 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 272 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>