62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1924 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1924  hypothetical protein  100 
 
 		 248 aa  518  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  33.18 
 
 		 263 aa  151  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  32.07 
 
 		 258 aa  145  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  31.65 
 
 		 257 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  31.65 
 
 		 257 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3858  hypothetical protein  31.22 
 
 		 257 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3796  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 283 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.814508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0117  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.02 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1802  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 261 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.202097  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  32.26 
 
 		 256 aa  70.1  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.56 
 
 		 2654 aa  68.2  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 265 aa  66.2  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  24.9 
 
 		 265 aa  60.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  22.94 
 
 		 265 aa  59.7  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  25 
 
 		 262 aa  58.5  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 262 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.18 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  28.21 
 
 		 245 aa  55.5  0.0000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 		 241 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  24 
 
 		 258 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 270 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.5 
 
 		 263 aa  53.5  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 		 262 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  23.56 
 
 		 258 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  23.77 
 
 		 264 aa  53.1  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 		 260 aa  52  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  23.93 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 258 aa  51.6  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  20 
 
 		 255 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.17 
 
 		 264 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  23.67 
 
 		 253 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.14 
 
 		 243 aa  49.3  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  21.56 
 
 		 258 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1345  CjaC  21.32 
 
 		 259 aa  49.3  0.00005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000213382  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 262 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  21.5 
 
 		 253 aa  48.9  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  25.99 
 
 		 242 aa  48.9  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 258 aa  48.5  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  20.89 
 
 		 260 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1508  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 257 aa  48.1  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118262  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.09 
 
 		 1322 aa  47.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  25.85 
 
 		 935 aa  47.4  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4645  hypothetical protein  24.76 
 
 		 246 aa  46.2  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.57 
 
 		 860 aa  46.2  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 457 aa  46.2  0.0005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 		 251 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0556  hypothetical protein  22.41 
 
 		 247 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0567  hypothetical protein  20.83 
 
 		 247 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.230648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 		 246 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  24.87 
 
 		 245 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  25 
 
 		 274 aa  44.7  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.09 
 
 		 1055 aa  44.3  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.31 
 
 		 262 aa  43.5  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  22.31 
 
 		 251 aa  43.5  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.47 
 
 		 1279 aa  43.5  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1277  hypothetical protein  19.85 
 
 		 272 aa  43.5  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  24.06 
 
 		 297 aa  43.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 245 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 252 aa  42.7  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  23.26 
 
 		 259 aa  42.4  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>