64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0567 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0567  hypothetical protein  100 
 
 		 247 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.230648  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0521  hypothetical protein  91.9 
 
 		 247 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.282401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0556  hypothetical protein  91.5 
 
 		 247 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0574  hypothetical protein  88.26 
 
 		 247 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5012  hypothetical protein  59.15 
 
 		 241 aa  292  4e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.414864 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3850  hypothetical protein  54.32 
 
 		 256 aa  277  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.388139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06790  hypothetical protein  52.11 
 
 		 248 aa  233  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.725182  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11480  hypothetical protein  45.53 
 
 		 248 aa  217  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1052  hypothetical protein  47.77 
 
 		 247 aa  208  6e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72220  hypothetical protein  24 
 
 		 266 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.410335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6269  hypothetical protein  25.71 
 
 		 264 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0092  hypothetical protein  24.54 
 
 		 226 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00199645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0129  hypothetical protein  23.61 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0235502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  26.19 
 
 		 250 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4072  hypothetical protein  26.98 
 
 		 241 aa  72  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00123999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3678  hypothetical protein  23.28 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.33972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3869  hypothetical protein  23.98 
 
 		 241 aa  67  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.013789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3962  hypothetical protein  23.98 
 
 		 241 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0087  hypothetical protein  23.66 
 
 		 246 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.621841  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4714  hypothetical protein  23.58 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0129  hypothetical protein  23.73 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00774335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  25.68 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0639  hypothetical protein  22.94 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2828  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 258 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4312  hypothetical protein  23.21 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0406875  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4257  hypothetical protein  23.21 
 
 		 246 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.216759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  24.19 
 
 		 243 aa  61.2  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.59 
 
 		 258 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3874  hypothetical protein  25.12 
 
 		 244 aa  60.8  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.175398  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4452  hypothetical protein  24.24 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  25.31 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 258 aa  58.5  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.78 
 
 		 258 aa  57  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  21.79 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4859  putative cation efflux protein  24.48 
 
 		 292 aa  52  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.41 
 
 		 263 aa  52  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  22.27 
 
 		 251 aa  50.4  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  21.96 
 
 		 253 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  21.96 
 
 		 253 aa  49.3  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  21.1 
 
 		 253 aa  49.3  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.89 
 
 		 243 aa  49.3  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  21.96 
 
 		 322 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  25.2 
 
 		 263 aa  46.6  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  21.94 
 
 		 274 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  21.94 
 
 		 274 aa  45.8  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3699  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  26.86 
 
 		 283 aa  44.7  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1924  hypothetical protein  20.19 
 
 		 248 aa  45.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 		 274 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  22.36 
 
 		 272 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  21.37 
 
 		 262 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 274 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  21.97 
 
 		 253 aa  43.9  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  22.08 
 
 		 272 aa  43.5  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  22.36 
 
 		 272 aa  43.1  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  19.16 
 
 		 303 aa  43.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  21.59 
 
 		 273 aa  43.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3870  hypothetical protein  25 
 
 		 278 aa  42.7  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5236  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  26.64 
 
 		 282 aa  42.4  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.897169  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  23.24 
 
 		 259 aa  42  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3338  amino acid ABC transporter  23.01 
 
 		 260 aa  42.4  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3171  hypothetical protein  26.53 
 
 		 272 aa  42  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 251 aa  42.4  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>