181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3063 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 264 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  36.21 
 
 		 251 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  34.39 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  30.91 
 
 		 288 aa  98.6  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  39.08 
 
 		 262 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  31.67 
 
 		 298 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.73 
 
 		 247 aa  93.2  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 		 262 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  37.93 
 
 		 262 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  31.22 
 
 		 297 aa  92  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  25.66 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  37.91 
 
 		 262 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  23.51 
 
 		 247 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  23.51 
 
 		 247 aa  86.7  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 272 aa  85.9  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 		 270 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 262 aa  85.5  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  26.58 
 
 		 262 aa  85.1  9e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  23.11 
 
 		 247 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.2 
 
 		 265 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.25 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.85 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  29.02 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  26.75 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  25.81 
 
 		 251 aa  80.5  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  26.67 
 
 		 247 aa  79.3  0.00000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.3 
 
 		 265 aa  78.6  0.00000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  26.45 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 252 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 245 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  22.37 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  28.64 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 232 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.91 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 270 aa  73.6  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.44 
 
 		 253 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  24.66 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 286 aa  72  0.000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  25.51 
 
 		 254 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 		 260 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.84 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 245 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  26.47 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  27.64 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 241 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  22.13 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2148  hypothetical protein  27.06 
 
 		 258 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.8287  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  24.3 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  24.3 
 
 		 264 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 258 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 483 aa  65.1  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  27.46 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  22.6 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  26.67 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  26.94 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  25.15 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2149  ABC transporter  23.77 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  23.93 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  25.68 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  25.68 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  25.68 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2954  hypothetical protein  23.77 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 272 aa  62.8  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 272 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  23.21 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  24.41 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  25.83 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  25.83 
 
 		 264 aa  62  0.000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  23.21 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 274 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  20.91 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 258 aa  61.6  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  22.84 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  25.59 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  26.41 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  25.27 
 
 		 250 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  23.38 
 
 		 263 aa  57  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0802  hypothetical protein  27.33 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  22.41 
 
 		 273 aa  56.2  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  27.27 
 
 		 261 aa  55.5  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 258 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  24.86 
 
 		 243 aa  55.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 		 245 aa  54.3  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  22.65 
 
 		 250 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  23.17 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  23.18 
 
 		 270 aa  53.5  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  22.84 
 
 		 277 aa  53.5  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0526  hypothetical protein  21.3 
 
 		 268 aa  52.8  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  23.01 
 
 		 271 aa  52.8  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.59 
 
 		 263 aa  52.8  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  22.48 
 
 		 247 aa  52.4  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  26.57 
 
 		 258 aa  52.4  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0909  Hpt sensor hybrid histidine kinase  24.09 
 
 		 1333 aa  52.4  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257325  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>