76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2149 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2149  ABC transporter  100 
 
 		 286 aa  592  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  57.71 
 
 		 248 aa  289  3e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  57.71 
 
 		 248 aa  289  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  57.71 
 
 		 248 aa  289  3e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  57.27 
 
 		 248 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  55.31 
 
 		 235 aa  285  7e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  50.83 
 
 		 263 aa  278  6e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  54.66 
 
 		 250 aa  278  8e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  54.7 
 
 		 243 aa  276  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  54.24 
 
 		 250 aa  276  3e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  54.04 
 
 		 241 aa  273  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2148  hypothetical protein  46.37 
 
 		 258 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.8287  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2954  hypothetical protein  49.36 
 
 		 244 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1973  ABC transporter  55.05 
 
 		 235 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  49.4 
 
 		 259 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  47.13 
 
 		 247 aa  226  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.05 
 
 		 247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  31.09 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  29.66 
 
 		 254 aa  104  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  30 
 
 		 288 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  30.26 
 
 		 297 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  30.77 
 
 		 298 aa  92  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 251 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  28.88 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.81 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  26.12 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3432  hypothetical protein  28.57 
 
 		 162 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.35 
 
 		 264 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  22.41 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  22.18 
 
 		 245 aa  65.1  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.06 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  25.84 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  25.28 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.09 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  24.85 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 		 251 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.93 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  27.37 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  25.29 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  19.22 
 
 		 269 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  22.71 
 
 		 248 aa  54.3  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  23.12 
 
 		 264 aa  54.3  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  23.12 
 
 		 264 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  23.12 
 
 		 264 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  23.2 
 
 		 262 aa  53.5  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  25.61 
 
 		 250 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  23.12 
 
 		 264 aa  52.8  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  23.04 
 
 		 252 aa  52  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  24.89 
 
 		 264 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.88 
 
 		 244 aa  52  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  26.44 
 
 		 269 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  24.79 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  24.5 
 
 		 247 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  24.9 
 
 		 247 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  24.9 
 
 		 247 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  21.03 
 
 		 288 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  20.61 
 
 		 251 aa  47  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  25 
 
 		 251 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 		 258 aa  46.6  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  21.82 
 
 		 247 aa  45.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  21.65 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 		 246 aa  45.4  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  21.47 
 
 		 255 aa  45.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.96 
 
 		 255 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  24.26 
 
 		 570 aa  44.7  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 259 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.66 
 
 		 259 aa  44.3  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  21.63 
 
 		 262 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  25.85 
 
 		 248 aa  43.5  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  26.29 
 
 		 265 aa  43.5  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1055 aa  42.4  0.01  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>