294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3070 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 286 aa  589  1e-167  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  46.67 
 
 		 264 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  46.67 
 
 		 264 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  46.67 
 
 		 264 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  46.22 
 
 		 264 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  45.29 
 
 		 264 aa  212  7e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  45.41 
 
 		 262 aa  212  7e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  44.25 
 
 		 264 aa  207  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  44 
 
 		 264 aa  205  6e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  44 
 
 		 264 aa  205  9e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  44.2 
 
 		 248 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  30.73 
 
 		 247 aa  113  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  29.57 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 245 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.7 
 
 		 245 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  30.73 
 
 		 245 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  29.82 
 
 		 245 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 232 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.43 
 
 		 243 aa  97.8  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.7 
 
 		 251 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 		 251 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 270 aa  94.7  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 258 aa  88.2  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  28.57 
 
 		 243 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.11 
 
 		 253 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 251 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  27.43 
 
 		 251 aa  84  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 269 aa  82  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  24.43 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  26.82 
 
 		 254 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  25.84 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  24.43 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.73 
 
 		 265 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.78 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  33.13 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 272 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 245 aa  68.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  26.7 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  26.18 
 
 		 248 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  26.18 
 
 		 248 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  26.18 
 
 		 248 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  26.07 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.63 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  27.84 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  27.27 
 
 		 250 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  25.62 
 
 		 248 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4742  hypothetical protein  25.96 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177685  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  27.27 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  28 
 
 		 241 aa  63.5  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  22.65 
 
 		 228 aa  63.2  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 262 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  25.81 
 
 		 262 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.45 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 270 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  24.12 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  22.82 
 
 		 295 aa  62.4  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.75 
 
 		 235 aa  61.6  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2149  ABC transporter  25.34 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.79 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 262 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 		 264 aa  58.9  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2148  hypothetical protein  28.82 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.8287  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1973  ABC transporter  28.81 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  23.29 
 
 		 265 aa  57.4  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  25.51 
 
 		 288 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  26.09 
 
 		 259 aa  57  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  25.09 
 
 		 264 aa  57  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 275 aa  56.6  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  21.52 
 
 		 303 aa  56.6  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  24.16 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2954  hypothetical protein  25 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  26.71 
 
 		 251 aa  55.8  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 		 274 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 		 291 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  24.26 
 
 		 255 aa  55.1  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  22.48 
 
 		 247 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.78 
 
 		 609 aa  54.3  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  23.48 
 
 		 251 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.69 
 
 		 675 aa  54.3  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  22.32 
 
 		 254 aa  54.3  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 269 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.56 
 
 		 490 aa  53.9  0.000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  26.64 
 
 		 267 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  25 
 
 		 251 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 258 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.8 
 
 		 274 aa  53.9  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1539  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 		 307 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0341  hypothetical protein  26.81 
 
 		 357 aa  53.9  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  26.22 
 
 		 608 aa  53.9  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>