108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3223 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 268 aa  543  1e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.46 
 
 		 243 aa  95.9  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 270 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  25.79 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.4 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 232 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 245 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.33 
 
 		 253 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  26.82 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  25.45 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 274 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  23.96 
 
 		 247 aa  63.9  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  22.13 
 
 		 270 aa  63.5  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  23.77 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  21.74 
 
 		 273 aa  62.4  0.000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  22.62 
 
 		 272 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  21.46 
 
 		 245 aa  62  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 272 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 272 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  27.88 
 
 		 274 aa  62  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  22.77 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  21.29 
 
 		 250 aa  58.2  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.18 
 
 		 262 aa  57  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0567  hypothetical protein  24.17 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.230648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  22.62 
 
 		 303 aa  55.8  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  25.56 
 
 		 259 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 286 aa  54.7  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 246 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  25.11 
 
 		 247 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  20.94 
 
 		 251 aa  54.7  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0129  hypothetical protein  25.32 
 
 		 261 aa  54.3  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0235502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.07 
 
 		 251 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  24.89 
 
 		 295 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 		 258 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0556  hypothetical protein  23.71 
 
 		 247 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  25.11 
 
 		 247 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  24.88 
 
 		 247 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0129  hypothetical protein  26.63 
 
 		 243 aa  53.5  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00774335  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  23.04 
 
 		 264 aa  53.1  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0521  hypothetical protein  23.71 
 
 		 247 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.282401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  24.55 
 
 		 259 aa  51.6  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  22.32 
 
 		 248 aa  51.6  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  22.52 
 
 		 264 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.99 
 
 		 265 aa  51.6  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.19 
 
 		 1047 aa  52  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.4 
 
 		 235 aa  51.2  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0526  hypothetical protein  22.99 
 
 		 268 aa  51.2  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  21.62 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0909  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.73 
 
 		 1333 aa  50.8  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  22.52 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  22.52 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3602  hypothetical protein  29.14 
 
 		 268 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0308  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.34 
 
 		 280 aa  50.4  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  19.2 
 
 		 245 aa  50.4  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0295  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.41 
 
 		 280 aa  50.1  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.19 
 
 		 1047 aa  50.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  24.6 
 
 		 255 aa  49.7  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  21.4 
 
 		 271 aa  49.7  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  23.95 
 
 		 264 aa  49.3  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  24 
 
 		 288 aa  48.9  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  25.23 
 
 		 254 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  25.77 
 
 		 257 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  25 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  20.09 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  23.58 
 
 		 259 aa  47.4  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 262 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  28.57 
 
 		 241 aa  47.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0574  hypothetical protein  23.81 
 
 		 247 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  25.41 
 
 		 245 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.95 
 
 		 264 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  24.59 
 
 		 262 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1295  hypothetical protein  24.15 
 
 		 239 aa  46.2  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.634955  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 		 253 aa  46.2  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5012  hypothetical protein  23.91 
 
 		 241 aa  45.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.414864 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  21.36 
 
 		 255 aa  45.4  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  23.81 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  21.67 
 
 		 241 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 		 253 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  23.85 
 
 		 253 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3742  extracellular solute-binding protein  21.63 
 
 		 261 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1162  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.62 
 
 		 304 aa  44.3  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0158774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  20.09 
 
 		 263 aa  44.3  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0087  hypothetical protein  19.68 
 
 		 246 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.621841  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 		 457 aa  44.7  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 		 322 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 270 aa  43.9  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  27.14 
 
 		 251 aa  43.9  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  22.49 
 
 		 285 aa  43.9  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  25.67 
 
 		 264 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4257  hypothetical protein  20.21 
 
 		 246 aa  43.9  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.216759  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  23.03 
 
 		 262 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  21.15 
 
 		 255 aa  43.5  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  19.83 
 
 		 262 aa  43.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0850  hypothetical protein  27.17 
 
 		 275 aa  42.7  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000173614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3850  hypothetical protein  32.81 
 
 		 256 aa  42.7  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.388139  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>