87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1973 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1973  ABC transporter  100 
 
 		 235 aa  486  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  81.7 
 
 		 250 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  81.25 
 
 		 250 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  83.96 
 
 		 243 aa  381  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  72.44 
 
 		 248 aa  347  7e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  72.44 
 
 		 248 aa  347  7e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  72.44 
 
 		 248 aa  347  7e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  72 
 
 		 248 aa  345  3e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  60 
 
 		 259 aa  254  7e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  52.02 
 
 		 263 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  55.29 
 
 		 235 aa  250  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2149  ABC transporter  55.05 
 
 		 286 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  52.94 
 
 		 241 aa  239  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2954  hypothetical protein  53.88 
 
 		 244 aa  237  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2148  hypothetical protein  50.45 
 
 		 258 aa  229  2e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.8287  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  47.09 
 
 		 247 aa  209  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.33 
 
 		 247 aa  113  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  32.64 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  34.91 
 
 		 254 aa  109  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  29.65 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  31.28 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  30.77 
 
 		 298 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  29.26 
 
 		 264 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  31.72 
 
 		 264 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  30.81 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  31.72 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  28.19 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  28.19 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  30.81 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3432  hypothetical protein  30 
 
 		 162 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  28.25 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  28.48 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 286 aa  63.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  28.14 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.8 
 
 		 253 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.21 
 
 		 264 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 252 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  27.65 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.35 
 
 		 245 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  28.72 
 
 		 262 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 245 aa  54.7  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  22.96 
 
 		 264 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  23.81 
 
 		 245 aa  54.7  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  30.54 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.63 
 
 		 243 aa  53.9  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  27.89 
 
 		 303 aa  53.5  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  27.89 
 
 		 262 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 262 aa  52  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.78 
 
 		 251 aa  52  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  26.06 
 
 		 245 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 232 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  23.63 
 
 		 270 aa  50.4  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  28.49 
 
 		 265 aa  49.7  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.98 
 
 		 262 aa  48.9  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 245 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  23.04 
 
 		 255 aa  47.8  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  24.4 
 
 		 250 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 		 258 aa  47.8  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 245 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  26.75 
 
 		 269 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  25.13 
 
 		 250 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 251 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 		 262 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  21.35 
 
 		 251 aa  46.2  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  30.88 
 
 		 248 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  30.88 
 
 		 248 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  24.6 
 
 		 270 aa  45.4  0.0007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  25.74 
 
 		 247 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  26.24 
 
 		 247 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  36.36 
 
 		 257 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  26.24 
 
 		 247 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  22.94 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 274 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.35 
 
 		 235 aa  44.3  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  25.85 
 
 		 274 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  22.06 
 
 		 270 aa  44.3  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1179  extracellular solute-binding protein family 3  41.82 
 
 		 385 aa  43.5  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 		 274 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 		 274 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  30.91 
 
 		 675 aa  43.5  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.31 
 
 		 265 aa  42.4  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 251 aa  42.4  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 266 aa  42  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 		 272 aa  42  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  21.93 
 
 		 265 aa  41.6  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 		 262 aa  41.6  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>