281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4955 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  100 
 
 		 245 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  99.14 
 
 		 232 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  93.47 
 
 		 245 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  83.27 
 
 		 245 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  62.61 
 
 		 245 aa  304  9.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  58.78 
 
 		 251 aa  288  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  59.59 
 
 		 251 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  59.91 
 
 		 243 aa  268  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  57.66 
 
 		 253 aa  259  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  57.01 
 
 		 246 aa  247  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  37.04 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  33.33 
 
 		 245 aa  155  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  34.68 
 
 		 247 aa  148  9e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.13 
 
 		 243 aa  145  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  28.86 
 
 		 269 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  30.74 
 
 		 264 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  30.74 
 
 		 264 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  30.74 
 
 		 264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  30.33 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  29.91 
 
 		 251 aa  108  7.000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  28.22 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  28.69 
 
 		 264 aa  101  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  28.9 
 
 		 297 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  27.78 
 
 		 288 aa  98.6  7e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 286 aa  98.6  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  26.29 
 
 		 254 aa  97.8  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  28.44 
 
 		 298 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  26.97 
 
 		 264 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  27.31 
 
 		 264 aa  95.9  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 		 251 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  30.09 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  26.99 
 
 		 264 aa  93.2  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.88 
 
 		 265 aa  90.9  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 245 aa  86.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.13 
 
 		 247 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  26.05 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 268 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  26.02 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.23 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2149  ABC transporter  28.88 
 
 		 286 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  23.43 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25 
 
 		 266 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  23.01 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.27 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  28.45 
 
 		 259 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.55 
 
 		 264 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  30.54 
 
 		 251 aa  65.5  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 272 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 272 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  22.59 
 
 		 247 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 272 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.86 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  28.65 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  26.98 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.55 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.55 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.55 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.55 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.55 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.55 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25 
 
 		 284 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.54 
 
 		 264 aa  62  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  26.45 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  25 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  25 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  25 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.66 
 
 		 260 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  23.64 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 274 aa  59.7  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  24.9 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  22.63 
 
 		 285 aa  59.3  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  27.6 
 
 		 257 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  26.46 
 
 		 273 aa  58.9  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  24.58 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 266 aa  59.3  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  29.63 
 
 		 1245 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 262 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 256 aa  58.9  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  23.81 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  25.74 
 
 		 263 aa  58.9  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  22.86 
 
 		 258 aa  58.9  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  22.63 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>