94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2283 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  100 
 
 		 250 aa  519  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  94.76 
 
 		 250 aa  494  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  92.53 
 
 		 243 aa  471  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  75.81 
 
 		 248 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  75.81 
 
 		 248 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  75.81 
 
 		 248 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  74.19 
 
 		 248 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1973  ABC transporter  81.25 
 
 		 235 aa  362  4e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  59.92 
 
 		 259 aa  276  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  57.21 
 
 		 235 aa  275  4e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  54.43 
 
 		 263 aa  274  9e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2149  ABC transporter  54.66 
 
 		 286 aa  263  1e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  53.88 
 
 		 241 aa  263  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2954  hypothetical protein  53.65 
 
 		 244 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2148  hypothetical protein  53.65 
 
 		 258 aa  257  1e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.8287  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  51.25 
 
 		 247 aa  235  6e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.19 
 
 		 247 aa  115  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  33.33 
 
 		 251 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  33.76 
 
 		 254 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  35.05 
 
 		 297 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  30.32 
 
 		 288 aa  87  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 251 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  34.02 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  27.62 
 
 		 264 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  27.2 
 
 		 264 aa  77  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  30.77 
 
 		 264 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3432  hypothetical protein  26.62 
 
 		 162 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  30.39 
 
 		 264 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  27.04 
 
 		 274 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  30.39 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  30.39 
 
 		 264 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  30.39 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  30.3 
 
 		 264 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  25.56 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  23.67 
 
 		 245 aa  64.7  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  31.82 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.51 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  24.9 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  30.81 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.97 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  22.62 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  28.14 
 
 		 262 aa  58.9  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  23.04 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.31 
 
 		 251 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  22.28 
 
 		 270 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 232 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 262 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.42 
 
 		 262 aa  53.5  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.11 
 
 		 265 aa  53.5  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.27 
 
 		 253 aa  52.8  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 245 aa  52  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 265 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  27.17 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  27.67 
 
 		 252 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  26.53 
 
 		 303 aa  50.8  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 274 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.2 
 
 		 265 aa  49.7  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  22.48 
 
 		 264 aa  50.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  27.21 
 
 		 274 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 251 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  24.09 
 
 		 272 aa  49.3  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  31.25 
 
 		 265 aa  49.7  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 265 aa  49.7  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 274 aa  49.3  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 274 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 		 272 aa  48.9  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 		 272 aa  48.9  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 275 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 245 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  24.29 
 
 		 273 aa  47.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1179  extracellular solute-binding protein family 3  28.8 
 
 		 385 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  21.46 
 
 		 270 aa  47.8  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 		 248 aa  47.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  22.62 
 
 		 258 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  24.75 
 
 		 247 aa  47  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  23 
 
 		 269 aa  47  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  24.75 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  24.88 
 
 		 247 aa  46.2  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  25 
 
 		 250 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  24.48 
 
 		 250 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 262 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  23.35 
 
 		 247 aa  43.9  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 		 260 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 262 aa  43.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  22.61 
 
 		 259 aa  42.7  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 		 271 aa  42.7  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  26.53 
 
 		 260 aa  42.4  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  28.68 
 
 		 248 aa  42  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.72 
 
 		 235 aa  42  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  28.68 
 
 		 248 aa  42  0.009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>