204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1583 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  100 
 
 		 253 aa  523  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  33.78 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4859  putative cation efflux protein  27.99 
 
 		 292 aa  116  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  29.18 
 
 		 251 aa  109  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.27 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  26.69 
 
 		 250 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4742  hypothetical protein  29.44 
 
 		 250 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177685  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  24.49 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  22.76 
 
 		 263 aa  82  0.000000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  25.71 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  25.2 
 
 		 245 aa  75.9  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 246 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 483 aa  71.6  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  22.73 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.71 
 
 		 265 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 		 270 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.52 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  27.11 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 274 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 274 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  21.81 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  22.42 
 
 		 252 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  23.48 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3862  hypothetical protein  22.27 
 
 		 268 aa  66.6  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0114482 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  28.1 
 
 		 259 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  25.32 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  26.53 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  25.11 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  25.43 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  25.86 
 
 		 245 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  26.67 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 272 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  20.8 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 272 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 272 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.9 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  24.44 
 
 		 270 aa  62.8  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  26.36 
 
 		 303 aa  62.4  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  28.17 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 265 aa  60.5  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  25 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  25 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  25 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  20 
 
 		 253 aa  59.7  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  24.69 
 
 		 297 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  20 
 
 		 322 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  22.97 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  24.58 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  24.27 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  25.64 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  28.18 
 
 		 266 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  20.24 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  28.26 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.6 
 
 		 251 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 		 266 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  18.8 
 
 		 253 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  23.53 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 		 251 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  23.17 
 
 		 288 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  24.29 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 271 aa  55.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 262 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 245 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.75 
 
 		 266 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2954  hypothetical protein  24.21 
 
 		 244 aa  54.3  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  25.19 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  22.99 
 
 		 250 aa  53.9  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  24.69 
 
 		 298 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 247 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  24.24 
 
 		 264 aa  52.8  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  25.27 
 
 		 250 aa  52.8  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  23.2 
 
 		 262 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.62 
 
 		 263 aa  52.4  0.000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  23.31 
 
 		 264 aa  52  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  23.31 
 
 		 264 aa  52  0.000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  23.31 
 
 		 264 aa  52  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  22.62 
 
 		 264 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  25.27 
 
 		 250 aa  51.6  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  28.11 
 
 		 295 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  21.93 
 
 		 264 aa  52  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  24.55 
 
 		 259 aa  51.2  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 		 256 aa  51.2  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 277 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 251 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.12 
 
 		 283 aa  51.2  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 266 aa  50.4  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4452  hypothetical protein  25.57 
 
 		 245 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  22.58 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  21.93 
 
 		 264 aa  49.7  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  25.7 
 
 		 247 aa  49.7  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4312  hypothetical protein  24.58 
 
 		 246 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0406875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0087  hypothetical protein  24.58 
 
 		 246 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.621841  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>