More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0247 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 258 aa  539  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  58.33 
 
 		 259 aa  307  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.27 
 
 		 243 aa  97.8  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 		 270 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 270 aa  85.1  9e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 262 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  28.46 
 
 		 257 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  25.58 
 
 		 261 aa  83.6  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  27.82 
 
 		 268 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  29.29 
 
 		 248 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  26.88 
 
 		 264 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 252 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 280 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  26.15 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0802  hypothetical protein  24.55 
 
 		 285 aa  75.9  0.0000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0526  hypothetical protein  22.13 
 
 		 268 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  24.81 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  24.81 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  24.81 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  24.83 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  24.81 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  28.64 
 
 		 288 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  24.9 
 
 		 254 aa  70.1  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  24.8 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  26.27 
 
 		 242 aa  69.7  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  21.34 
 
 		 257 aa  68.9  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  24.8 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.05 
 
 		 255 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  25 
 
 		 264 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  23.85 
 
 		 830 aa  67.8  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  29.47 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  22.96 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1179  extracellular solute-binding protein family 3  21.95 
 
 		 385 aa  66.2  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.87 
 
 		 268 aa  65.9  0.0000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.57 
 
 		 710 aa  65.9  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  23.51 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.43 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  28.29 
 
 		 298 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  25.42 
 
 		 260 aa  65.1  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  27.43 
 
 		 245 aa  63.9  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  23.86 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3976  hypothetical protein  25 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.834147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  27.32 
 
 		 272 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  27.32 
 
 		 272 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  29.27 
 
 		 270 aa  63.5  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 1410 aa  63.2  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  27.38 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  27.53 
 
 		 272 aa  62.8  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 268 aa  62.8  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 245 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 261 aa  62.8  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.56 
 
 		 265 aa  62.4  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  25.11 
 
 		 264 aa  62  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 457 aa  62  0.000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  24 
 
 		 262 aa  62  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  20.55 
 
 		 255 aa  61.6  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 258 aa  61.6  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  25.1 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0290  ABC transporter, substrate-binding protein  25 
 
 		 270 aa  61.2  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 257 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  25.5 
 
 		 251 aa  60.8  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.22 
 
 		 253 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 246 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  23.65 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  21.19 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 262 aa  60.5  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  26.2 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  22.27 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  18.94 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  22.27 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  25.68 
 
 		 252 aa  59.7  0.00000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  22.27 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1594  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.13 
 
 		 780 aa  60.1  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.111266  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  24.36 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 		 265 aa  59.7  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  24.89 
 
 		 303 aa  59.3  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1787  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 281 aa  58.9  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.571059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 274 aa  58.9  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21840  hypothetical protein  22.18 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223447  hitchhiker  0.00300338 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  29.53 
 
 		 274 aa  58.9  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  25.99 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  26.34 
 
 		 572 aa  58.5  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  22.92 
 
 		 247 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  23.83 
 
 		 321 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0776  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.616971 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0716  extracellular solute-binding protein  22.73 
 
 		 272 aa  57.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  25.99 
 
 		 257 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>