More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3293 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 263 aa  543  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.79 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.48 
 
 		 265 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  23.76 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  24.55 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  22.61 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  32.78 
 
 		 290 aa  73.2  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  32.22 
 
 		 256 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  25 
 
 		 245 aa  72  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  31.67 
 
 		 256 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  22.11 
 
 		 255 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  23.67 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1802  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.202097  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  22.94 
 
 		 270 aa  69.7  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  26.37 
 
 		 288 aa  69.7  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.64 
 
 		 262 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  23.83 
 
 		 270 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 270 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 266 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  23.98 
 
 		 250 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 270 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  26.82 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 266 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 274 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 		 247 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0949  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.11 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.2503  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.25 
 
 		 266 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  24.02 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 266 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  24.37 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 266 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.6 
 
 		 277 aa  61.6  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  62  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 266 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.6 
 
 		 266 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  19.62 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  26.03 
 
 		 257 aa  60.1  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  27.23 
 
 		 260 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 262 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1619  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.67 
 
 		 276 aa  59.7  0.00000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000231456  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  25.32 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.59 
 
 		 284 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.59 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.75 
 
 		 283 aa  59.3  0.00000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 		 251 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  27.09 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4714  hypothetical protein  25.63 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  22.78 
 
 		 266 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.78 
 
 		 266 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.09 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 253 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  22.78 
 
 		 315 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.91 
 
 		 1047 aa  58.2  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.37 
 
 		 604 aa  58.5  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  22.78 
 
 		 320 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.81 
 
 		 1047 aa  58.2  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  24.87 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  28.24 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.06 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.06 
 
 		 259 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1047  hypothetical protein  26.73 
 
 		 258 aa  57  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 		 262 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0517  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 		 283 aa  57  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  22.5 
 
 		 258 aa  57  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  24.91 
 
 		 244 aa  57  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  22.08 
 
 		 251 aa  57  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  24.05 
 
 		 598 aa  56.6  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 253 aa  56.6  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  24.52 
 
 		 830 aa  56.6  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2454  extracellular solute-binding protein family 3  26.38 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  23.04 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>