119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1260 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  100 
 
 		 273 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  75.56 
 
 		 272 aa  417  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  75.93 
 
 		 272 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  75.56 
 
 		 272 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  70.22 
 
 		 274 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  70.22 
 
 		 274 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  70.59 
 
 		 274 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  69.85 
 
 		 274 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  65.65 
 
 		 271 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  55.14 
 
 		 270 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  54.75 
 
 		 303 aa  280  2e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  52.27 
 
 		 250 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  50 
 
 		 259 aa  223  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  49.77 
 
 		 269 aa  217  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3338  amino acid ABC transporter  52.51 
 
 		 260 aa  214  9e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  39.6 
 
 		 259 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  29.63 
 
 		 293 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  26.85 
 
 		 255 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  23.35 
 
 		 252 aa  88.2  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.46 
 
 		 243 aa  82.8  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 269 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 270 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  24.22 
 
 		 243 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  28.35 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.79 
 
 		 265 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.67 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  21.83 
 
 		 268 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  24.55 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.91 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  24.08 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 262 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  25.33 
 
 		 297 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.32 
 
 		 263 aa  59.7  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  26.01 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.09 
 
 		 253 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4859  putative cation efflux protein  21.72 
 
 		 292 aa  58.9  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 232 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.78 
 
 		 1047 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.61 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.52 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  20.61 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  25.14 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  24.2 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.5 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 258 aa  55.5  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.76 
 
 		 259 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  24.83 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 262 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1295  hypothetical protein  25.56 
 
 		 239 aa  54.7  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.634955  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 		 483 aa  52.8  0.000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 270 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  24.89 
 
 		 298 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.23 
 
 		 675 aa  50.8  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  22.61 
 
 		 255 aa  50.4  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  25.41 
 
 		 251 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0388  hypothetical protein  25.34 
 
 		 274 aa  50.8  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  24.89 
 
 		 263 aa  50.8  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.57 
 
 		 1322 aa  50.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  24.29 
 
 		 250 aa  48.9  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  24.29 
 
 		 250 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0551  hypothetical protein  21.7 
 
 		 257 aa  48.5  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.831394  decreased coverage  0.00317207 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 275 aa  48.5  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4360  hypothetical protein  23.28 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  hitchhiker  0.0094359 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  24.09 
 
 		 265 aa  48.9  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.91 
 
 		 1047 aa  47.4  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 		 245 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  20.98 
 
 		 263 aa  47.8  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  23.68 
 
 		 243 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0556  hypothetical protein  21.65 
 
 		 247 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  20.76 
 
 		 457 aa  48.1  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0574  hypothetical protein  21.26 
 
 		 247 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  23.5 
 
 		 251 aa  47  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 256 aa  47  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  20.95 
 
 		 312 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 257 aa  46.6  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  22.39 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0567  hypothetical protein  22.39 
 
 		 247 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.230648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  24.91 
 
 		 261 aa  45.8  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  23.02 
 
 		 265 aa  45.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 244 aa  45.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  22.37 
 
 		 254 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  24 
 
 		 264 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  23.46 
 
 		 288 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  19.74 
 
 		 247 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  19.74 
 
 		 247 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0521  hypothetical protein  20.46 
 
 		 247 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.282401  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  25.55 
 
 		 264 aa  44.7  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  21.74 
 
 		 252 aa  44.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.81 
 
 		 258 aa  43.9  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0802  hypothetical protein  22.09 
 
 		 285 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  23.77 
 
 		 271 aa  43.5  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>