189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1503 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  100 
 
 		 258 aa  535  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2828  extracellular solute-binding protein  74.81 
 
 		 258 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  74.42 
 
 		 258 aa  401  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  74.42 
 
 		 258 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  66.67 
 
 		 253 aa  347  7e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  65.87 
 
 		 253 aa  346  3e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  65.87 
 
 		 253 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  65.87 
 
 		 322 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  67.74 
 
 		 253 aa  340  9e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.98 
 
 		 262 aa  86.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 		 270 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  28.86 
 
 		 270 aa  72.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.31 
 
 		 243 aa  67  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0521  hypothetical protein  25.71 
 
 		 247 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.282401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  22.54 
 
 		 312 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0556  hypothetical protein  25.31 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4072  hypothetical protein  25.37 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00123999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 262 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  24.15 
 
 		 262 aa  62  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0567  hypothetical protein  25.31 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.230648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  21.7 
 
 		 262 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  22.97 
 
 		 570 aa  59.7  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  22.66 
 
 		 285 aa  59.3  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  26.29 
 
 		 727 aa  58.2  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5012  hypothetical protein  23.73 
 
 		 241 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.414864 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 281 aa  57  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0574  hypothetical protein  23.58 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3869  hypothetical protein  23.4 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.013789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3962  hypothetical protein  23.4 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  21.82 
 
 		 263 aa  55.8  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.76 
 
 		 263 aa  55.5  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 946 aa  55.5  0.0000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2694  extracellular solute-binding protein family 3  27.63 
 
 		 277 aa  54.3  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 		 285 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3874  hypothetical protein  23.76 
 
 		 244 aa  54.3  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.175398  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.85 
 
 		 1410 aa  53.5  0.000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 		 292 aa  53.5  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  26.75 
 
 		 714 aa  53.5  0.000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6269  hypothetical protein  21.93 
 
 		 264 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3850  hypothetical protein  23.53 
 
 		 256 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.388139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0639  hypothetical protein  21.48 
 
 		 249 aa  53.5  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0087  hypothetical protein  22.27 
 
 		 246 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.621841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.86 
 
 		 251 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4312  hypothetical protein  22.27 
 
 		 246 aa  52.8  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0406875  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  24.8 
 
 		 736 aa  52.8  0.000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 		 252 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4257  hypothetical protein  22.27 
 
 		 246 aa  52  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.216759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4452  hypothetical protein  22.17 
 
 		 245 aa  52.4  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  24.4 
 
 		 274 aa  52  0.000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 272 aa  52  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  23.89 
 
 		 257 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  22.92 
 
 		 257 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  29.9 
 
 		 251 aa  51.2  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 272 aa  52  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  23.38 
 
 		 245 aa  50.8  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  31.68 
 
 		 251 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  22.92 
 
 		 257 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0092  hypothetical protein  25.12 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00199645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  22.13 
 
 		 258 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 269 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  24.86 
 
 		 934 aa  50.8  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  22.16 
 
 		 259 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  20.1 
 
 		 275 aa  50.4  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 262 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  23.08 
 
 		 262 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2353  extracellular solute-binding protein family 3  23.36 
 
 		 286 aa  49.7  0.00005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.09811e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1806  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  32.69 
 
 		 468 aa  49.3  0.00006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000163155  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0331  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.16 
 
 		 843 aa  49.3  0.00006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.36 
 
 		 860 aa  49.3  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  22.38 
 
 		 292 aa  48.9  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6445  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 275 aa  48.9  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0216332 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3270  histidine kinase  30.1 
 
 		 565 aa  48.9  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0526  hypothetical protein  22.22 
 
 		 268 aa  48.5  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  26.98 
 
 		 267 aa  48.5  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4859  putative cation efflux protein  23.6 
 
 		 292 aa  48.5  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.52 
 
 		 255 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  22.73 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  23.76 
 
 		 260 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4637  extracellular solute-binding protein family 3  32.14 
 
 		 275 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  26 
 
 		 295 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 265 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  22.47 
 
 		 262 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0226  metal dependent phosphohydrolase  26.8 
 
 		 770 aa  48.1  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  23.12 
 
 		 245 aa  48.5  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 277 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  23.76 
 
 		 260 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5243  extracellular solute-binding protein family 3  23.08 
 
 		 283 aa  47.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.517304  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  26.14 
 
 		 303 aa  47.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  19.22 
 
 		 253 aa  47.4  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2120  multisensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 682 aa  47.4  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 		 258 aa  47.8  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06790  hypothetical protein  25.56 
 
 		 248 aa  47.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.725182  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72220  hypothetical protein  20.61 
 
 		 266 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.410335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  22.34 
 
 		 274 aa  47  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>