More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2694 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2694  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
277 aa  570  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5243  extracellular solute-binding protein family 3  55.65 
 
 
283 aa  303  3.0000000000000004e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.517304  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4078  extracellular solute-binding protein  36.44 
 
 
277 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3631  extracellular solute-binding protein  36.53 
 
 
282 aa  145  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.867063  normal  0.017598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1255  hypothetical protein  32.24 
 
 
273 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0214745 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5590  extracellular solute-binding protein family 3  32.73 
 
 
277 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.332068  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0792  extracellular solute-binding protein  31.85 
 
 
294 aa  127  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3969  extracellular solute-binding protein family 3  28.19 
 
 
280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  29.62 
 
 
273 aa  100  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
271 aa  95.5  9e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5260  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
277 aa  92.4  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 
272 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  28.86 
 
 
272 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
268 aa  89.4  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3233  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 
277 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.638648 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  26.69 
 
 
273 aa  87  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4837  extracellular solute-binding protein family 3  30.91 
 
 
276 aa  86.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.630065  normal  0.0224847 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 
271 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.92 
 
 
276 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6259  extracellular solute-binding protein family 3  29.17 
 
 
270 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000314466  normal  0.29457 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 
271 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 
290 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  30.74 
 
 
286 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4588  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
275 aa  83.2  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0319028  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
271 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.53 
 
 
276 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  30.33 
 
 
286 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  28.57 
 
 
271 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
271 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
271 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.53 
 
 
276 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
271 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
271 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  29.83 
 
 
286 aa  82  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.79 
 
 
276 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  31.16 
 
 
276 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  31.16 
 
 
276 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  28.79 
 
 
276 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.16 
 
 
276 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  31.16 
 
 
276 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  33.17 
 
 
275 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  26.19 
 
 
266 aa  80.9  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 
276 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  30.25 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.54 
 
 
264 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
292 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  28.81 
 
 
278 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.09 
 
 
267 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
271 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
271 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
271 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
266 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
271 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.69 
 
 
266 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2589  extracellular solute-binding protein family 3  26.52 
 
 
268 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.91 
 
 
271 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
266 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  28.45 
 
 
297 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2646  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 
266 aa  78.2  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.997273  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.53 
 
 
272 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.75 
 
 
281 aa  78.6  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  26.32 
 
 
266 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  33.16 
 
 
263 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
267 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  29.41 
 
 
281 aa  77  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  29.81 
 
 
295 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  29.81 
 
 
295 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.85 
 
 
264 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 
264 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 
264 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.79 
 
 
264 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 
276 aa  75.5  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4313  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 
278 aa  75.5  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.438014  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2877  extracellular solute-binding protein family 3  35.75 
 
 
276 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  26.32 
 
 
283 aa  74.7  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
264 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
264 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  25.94 
 
 
266 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
264 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  28.44 
 
 
288 aa  73.9  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.58 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  29.45 
 
 
264 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2326  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  29.44 
 
 
282 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129152  normal  0.475007 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.08 
 
 
485 aa  73.9  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  25.1 
 
 
270 aa  73.6  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5170  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.03 
 
 
278 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.08 
 
 
485 aa  73.9  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3959  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 
276 aa  73.6  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
250 aa  73.2  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 
266 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 
270 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 
266 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.5 
 
 
266 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  30.9 
 
 
268 aa  72  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.16 
 
 
755 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 
266 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 
266 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>