More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3233 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3233  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
277 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.638648 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5260  extracellular solute-binding protein  89.53 
 
 
277 aa  517  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4837  extracellular solute-binding protein family 3  58.33 
 
 
276 aa  319  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.630065  normal  0.0224847 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6259  extracellular solute-binding protein family 3  47.21 
 
 
270 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000314466  normal  0.29457 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4588  extracellular solute-binding protein  45.38 
 
 
275 aa  251  8.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0319028  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4078  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
277 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3631  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 
282 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.867063  normal  0.017598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5243  extracellular solute-binding protein family 3  33.54 
 
 
283 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.517304  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2694  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 
277 aa  89.7  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1255  hypothetical protein  26.46 
 
 
273 aa  84  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0214745 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5590  extracellular solute-binding protein family 3  29.05 
 
 
277 aa  83.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.332068  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  30.28 
 
 
288 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  27.31 
 
 
267 aa  82.4  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2287  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 
261 aa  82  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268829  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2779  Arogenate dehydratase  27.6 
 
 
270 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2375  Arogenate dehydratase  27.6 
 
 
271 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.380609  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0792  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
294 aa  80.5  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  28.69 
 
 
263 aa  79.3  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  31.22 
 
 
270 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  31.4 
 
 
258 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  25.67 
 
 
278 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1651  cyclohexadienyl dehydratase precursor  29.21 
 
 
268 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3969  extracellular solute-binding protein family 3  31.11 
 
 
280 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.15 
 
 
278 aa  75.9  0.0000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002034  cyclohexadienyl dehydratase  31.55 
 
 
258 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4214  cyclohexadienyl dehydratase  30.67 
 
 
273 aa  74.7  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  30.51 
 
 
272 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
268 aa  73.9  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19140  cyclohexadienyl dehydratase precursor  25.21 
 
 
268 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.288191  normal  0.371616 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 
266 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
266 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
266 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.24 
 
 
266 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
276 aa  70.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0736  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
279 aa  70.1  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580874  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  29.94 
 
 
272 aa  70.1  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3866  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  28.49 
 
 
284 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 
266 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 
266 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.83 
 
 
267 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0941  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  31.43 
 
 
254 aa  68.2  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2878  extracellular solute-binding protein family 3  31.1 
 
 
284 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0360  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 
256 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4767  Prephenate dehydratase  30.81 
 
 
266 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.678819  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3959  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 
276 aa  68.2  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1872  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 
306 aa  67.4  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634039  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3279  polar amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.43 
 
 
256 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0443  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  27.32 
 
 
291 aa  67.8  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000249554  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0286  prephenate dehydratase  28.14 
 
 
256 aa  67.4  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.936099 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.77 
 
 
503 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
273 aa  67  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  26.55 
 
 
272 aa  66.6  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
503 aa  66.2  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  26.27 
 
 
270 aa  66.2  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 
272 aa  66.2  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3412  arogenate dehydratase  31.43 
 
 
254 aa  65.9  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
258 aa  65.9  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.61 
 
 
269 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0693  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding lipoprotein  26 
 
 
275 aa  64.7  0.000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1628  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
279 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625521  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  24.03 
 
 
266 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0343  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 
264 aa  63.9  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.92 
 
 
274 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2325  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  27.16 
 
 
299 aa  63.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 
270 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
274 aa  63.2  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
266 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  24.3 
 
 
266 aa  62.4  0.000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  30.36 
 
 
253 aa  62.4  0.000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7508  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.53 
 
 
272 aa  62.4  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1569  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 
264 aa  62  0.000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.313836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
290 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.97 
 
 
266 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3465  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  26.05 
 
 
287 aa  61.6  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.955005  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  26.19 
 
 
257 aa  60.8  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.17 
 
 
264 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  23.26 
 
 
266 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  30.26 
 
 
295 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  30.26 
 
 
295 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 
269 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6426  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 
245 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3566  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 
312 aa  60.1  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5554  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
245 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5919  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
245 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2237  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 
256 aa  60.1  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0917749  hitchhiker  0.00000401987 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2153  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
281 aa  59.7  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.878333  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 
266 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0614  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.69 
 
 
256 aa  59.7  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 
271 aa  59.7  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  25.94 
 
 
256 aa  59.7  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  26.8 
 
 
255 aa  59.3  0.00000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.08 
 
 
264 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  26.8 
 
 
255 aa  59.3  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 
246 aa  59.3  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0714  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.42 
 
 
256 aa  59.3  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0236853 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  23.05 
 
 
273 aa  59.3  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.85 
 
 
256 aa  58.9  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1001  CjaA protein  26.29 
 
 
279 aa  59.3  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  27.62 
 
 
281 aa  58.9  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>