More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5590 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5590  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 277 aa  567  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.332068  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1255  hypothetical protein  43.82 
 
 		 273 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0214745 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3631  extracellular solute-binding protein  44.67 
 
 		 282 aa  230  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.867063  normal  0.017598 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0792  extracellular solute-binding protein  40.8 
 
 		 294 aa  208  7e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4078  extracellular solute-binding protein  34.66 
 
 		 277 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5243  extracellular solute-binding protein family 3  31.47 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.517304  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2694  extracellular solute-binding protein family 3  32.73 
 
 		 277 aa  135  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3969  extracellular solute-binding protein family 3  26.47 
 
 		 280 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  26.69 
 
 		 272 aa  92.8  5e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5260  extracellular solute-binding protein  30.15 
 
 		 277 aa  92.4  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 260 aa  87.4  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 266 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 266 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  26.23 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3891  Arogenate dehydratase  26.94 
 
 		 265 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002034  cyclohexadienyl dehydratase  26.23 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.87 
 
 		 266 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3233  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 		 277 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.638648 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 266 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6259  extracellular solute-binding protein family 3  29.15 
 
 		 270 aa  83.2  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000314466  normal  0.29457 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 266 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 266 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0043  cyclohexadienyl dehydratase  26.48 
 
 		 265 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 266 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4837  extracellular solute-binding protein family 3  27.8 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.630065  normal  0.0224847 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0100  prephenate dehydratase  26.15 
 
 		 270 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688966  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  23.02 
 
 		 266 aa  78.6  0.00000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4588  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 275 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0319028  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0109  arogenate dehydratase  26.15 
 
 		 270 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.224766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  24.8 
 
 		 273 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0125  arogenate dehydratase  26.15 
 
 		 270 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  23.53 
 
 		 273 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3021  cyclohexadienyl dehydratase  26.17 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329674  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1581  cyclohexadienyl dehydratase  26.17 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3350  cyclohexadienyl dehydratase  26.17 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4037  cyclohexadienyl dehydratase  26.17 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0172  cyclohexadienyl dehydratase  26.17 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3964  cyclohexadienyl dehydratase  26.17 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 268 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2961  cyclohexadienyl dehydratase  26.17 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2945  prephenate dehydratase  25.69 
 
 		 270 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0273907  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0110  prephenate dehydratase  25.69 
 
 		 270 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3291  cyclohexadienyl dehydratase  26.15 
 
 		 266 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.87694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 271 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0111  prephenate dehydratase  24.31 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.669855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0614  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.32 
 
 		 256 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  24.9 
 
 		 263 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 277 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  26.72 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.53 
 
 		 755 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.81 
 
 		 267 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  24.9 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  29.13 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  28.76 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  28.14 
 
 		 263 aa  72  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0706  Prephenate dehydratase  26.32 
 
 		 255 aa  72  0.000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0738  Prephenate dehydratase  26.29 
 
 		 255 aa  71.6  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0691  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 277 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 		 268 aa  71.2  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.02 
 
 		 276 aa  71.2  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4447  arogenate dehydratase  28.15 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.393788 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.58 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  26.59 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4214  cyclohexadienyl dehydratase  26.09 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.36 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3305  cyclohexadienyl dehydratase  24.81 
 
 		 264 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  29.6 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  29.6 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  25.86 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  25.1 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  23.65 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.1 
 
 		 2213 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 261 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  27.27 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  27.27 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  27.27 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 		 246 aa  67.8  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  27.27 
 
 		 267 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3166  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 		 279 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.07 
 
 		 259 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 252 aa  67  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 270 aa  67  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  28.38 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.29 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.29 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.29 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.97 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.08 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  25.68 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  25.1 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 259 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.29 
 
 		 259 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  27.95 
 
 		 264 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0286  prephenate dehydratase  22.98 
 
 		 256 aa  65.1  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.936099 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3163  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  28.19 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>