More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2325 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2325  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  100 
 
 
299 aa  595  1e-169  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0635  extracellular solute-binding protein  42.39 
 
 
282 aa  199  7e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0443  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  40.43 
 
 
291 aa  192  4e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000249554  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3866  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  42.45 
 
 
284 aa  192  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2326  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  41.84 
 
 
282 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129152  normal  0.475007 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0746  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  40.98 
 
 
295 aa  189  4e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000227589  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2153  extracellular solute-binding protein  44.17 
 
 
281 aa  185  7e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.878333  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4374  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  41.74 
 
 
284 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4428  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.15 
 
 
284 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2580  extracellular solute-binding protein  45.13 
 
 
334 aa  159  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000261921 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3465  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  34.05 
 
 
287 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.955005  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0303  extracellular solute-binding  36.93 
 
 
296 aa  142  8e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0281  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 
281 aa  133  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.575026  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5215  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  31.38 
 
 
306 aa  132  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.30873 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0065  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.91 
 
 
280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302085 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29490  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  35.27 
 
 
264 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.203368  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21690  amino acid-binding protein  35.74 
 
 
327 aa  129  7.000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0982947  normal  0.0830184 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07260  amino acid-binding protein  34.85 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0877303  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1745  extracellular solute-binding protein  33.75 
 
 
297 aa  127  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00227146  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6426  extracellular solute-binding protein  32.79 
 
 
245 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0666  extracellular solute-binding protein family 3  37.5 
 
 
354 aa  126  5e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0179646 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5554  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 
245 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5919  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 
245 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0819  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.92 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.735222  normal  0.456534 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5252  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 
255 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103563  normal  0.182762 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5236  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  31.36 
 
 
282 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.897169  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3699  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  31.06 
 
 
283 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5515  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  30.93 
 
 
282 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  hitchhiker  0.00100925 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2962  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 
290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204632  normal  0.397835 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3171  hypothetical protein  32.2 
 
 
272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29430  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  31.42 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4481  ABC chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.61 
 
 
243 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4600  extracellular solute-binding protein family 3  27.76 
 
 
304 aa  99.8  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.100956 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  30.22 
 
 
260 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 
257 aa  69.3  0.00000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 
276 aa  68.2  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2784  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 
279 aa  67.8  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.735869  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5146  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36869  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3959  extracellular solute-binding protein  30.14 
 
 
276 aa  67  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
273 aa  66.6  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0112  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  26.84 
 
 
271 aa  66.2  0.0000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 
222 aa  66.2  0.0000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 
246 aa  65.9  0.0000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  25.46 
 
 
288 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.03 
 
 
272 aa  65.1  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 
246 aa  65.5  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1692  extracellular solute-binding protein family 3  38.54 
 
 
258 aa  65.1  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.350495 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  27.86 
 
 
272 aa  65.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5139  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 
260 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.900284 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6320  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 
264 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0695145  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 
260 aa  64.3  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2597  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  38.46 
 
 
262 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144936  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0210  hypothetical protein  38 
 
 
263 aa  64.7  0.000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0600  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.18 
 
 
285 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0871722 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6020  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
264 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
681 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3233  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
277 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.638648 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3092  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 
282 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.559619  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26240  periplasmic histidine-binding protein HisJ  37.86 
 
 
261 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279452  normal  0.75514 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 
258 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.4 
 
 
755 aa  62.4  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5842  extracellular solute-binding protein family 3  28.37 
 
 
261 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  32.76 
 
 
266 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  39.39 
 
 
276 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.62 
 
 
256 aa  60.5  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  22.77 
 
 
247 aa  60.5  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5260  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 
277 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3207  extracellular solute-binding protein  36.78 
 
 
263 aa  60.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  26.7 
 
 
268 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.36 
 
 
278 aa  59.7  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 
271 aa  59.7  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  26.52 
 
 
273 aa  59.3  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1067  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 
264 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358006  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0708  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 
264 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.956063  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1187  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 
264 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.708736  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5166  extracellular solute-binding protein family 3  27.39 
 
 
294 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1163  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 
264 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.516909  normal  0.0605845 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7393  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  25.09 
 
 
261 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.952149  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  31.21 
 
 
266 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1664  extracellular solute-binding protein family 3  23.96 
 
 
294 aa  58.5  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0778  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  26.24 
 
 
278 aa  58.9  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1067  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 
264 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  31.9 
 
 
266 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  28.66 
 
 
242 aa  58.5  0.0000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6682  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.97 
 
 
257 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3233  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 
263 aa  57.4  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.228634  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.21 
 
 
266 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  26.27 
 
 
259 aa  57  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1712  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 
235 aa  56.6  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  31.21 
 
 
266 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  31.21 
 
 
266 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7494  extracellular solute-binding protein  32.95 
 
 
255 aa  57  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0124491  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2118  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
264 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2076  extracellular solute-binding protein  31.43 
 
 
264 aa  56.6  0.0000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2503  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 
283 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4297  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  27.12 
 
 
264 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.173151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  26.18 
 
 
268 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  30.66 
 
 
250 aa  56.6  0.0000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1512  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 
276 aa  56.2  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
265 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.734058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>