More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_5215 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014211  Ndas_5215  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  100 
 
 
306 aa  618  1e-176  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.30873 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0303  extracellular solute-binding  53.82 
 
 
296 aa  320  3e-86  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29490  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  42.26 
 
 
264 aa  196  6e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.203368  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2326  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  37.93 
 
 
282 aa  195  9e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129152  normal  0.475007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4374  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  36.9 
 
 
284 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0746  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  35.19 
 
 
295 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000227589  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3866  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  34.48 
 
 
284 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21690  amino acid-binding protein  38.97 
 
 
327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0982947  normal  0.0830184 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07260  amino acid-binding protein  37.37 
 
 
298 aa  179  4e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0877303  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4428  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.07 
 
 
284 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1745  extracellular solute-binding protein  36.7 
 
 
297 aa  175  9e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00227146  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0666  extracellular solute-binding protein family 3  38.02 
 
 
354 aa  171  2e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0179646 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3171  hypothetical protein  36.72 
 
 
272 aa  169  7e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0065  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.55 
 
 
280 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302085 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5236  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  35.29 
 
 
282 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.897169  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2153  extracellular solute-binding protein  32.29 
 
 
281 aa  162  8.000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.878333  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5515  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  34.9 
 
 
282 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  hitchhiker  0.00100925 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3699  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  35.41 
 
 
283 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29430  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  33.11 
 
 
297 aa  158  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0443  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  35.38 
 
 
291 aa  157  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000249554  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0281  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 
281 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.575026  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3465  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  30.53 
 
 
287 aa  149  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.955005  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4600  extracellular solute-binding protein family 3  32.25 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.100956 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2962  extracellular solute-binding protein  31.91 
 
 
290 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204632  normal  0.397835 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2325  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  31.38 
 
 
299 aa  132  6e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2580  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 
334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000261921 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0635  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 
282 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  30.57 
 
 
263 aa  95.5  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 
246 aa  94  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 
246 aa  89.7  5e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5252  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 
255 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103563  normal  0.182762 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0819  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.3 
 
 
253 aa  89  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.735222  normal  0.456534 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.71 
 
 
256 aa  88.2  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 
277 aa  88.6  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  29.86 
 
 
281 aa  88.2  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 
277 aa  87.8  2e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2075  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 
280 aa  87.4  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 
260 aa  87  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4481  ABC chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.81 
 
 
243 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.27 
 
 
250 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  26.89 
 
 
266 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  26.89 
 
 
266 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  26.89 
 
 
266 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0578  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.64 
 
 
284 aa  84.7  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  29.65 
 
 
258 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  26.89 
 
 
266 aa  83.6  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 
257 aa  83.6  0.000000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  26.89 
 
 
266 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  26.89 
 
 
285 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  26.89 
 
 
266 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.7 
 
 
282 aa  83.2  0.000000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 
285 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28 
 
 
258 aa  82.8  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  26.52 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  26.52 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3959  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
276 aa  80.9  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 
250 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  26.59 
 
 
266 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 
250 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  25.56 
 
 
265 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  27.08 
 
 
266 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  24.9 
 
 
265 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  24.05 
 
 
265 aa  79.7  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2056  extracellular solute-binding protein family 3  31.56 
 
 
257 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00137642  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  25.83 
 
 
264 aa  79.7  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  32 
 
 
257 aa  79.3  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
273 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2076  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 
264 aa  79  0.00000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  28.27 
 
 
270 aa  79  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  26.4 
 
 
257 aa  78.6  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 
260 aa  79  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5554  extracellular solute-binding protein  22.03 
 
 
245 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5919  extracellular solute-binding protein  22.03 
 
 
245 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6426  extracellular solute-binding protein  22.69 
 
 
245 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  23.85 
 
 
264 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  25.28 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 
247 aa  77.8  0.0000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.11 
 
 
265 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.74 
 
 
265 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.11 
 
 
265 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  32.73 
 
 
248 aa  77  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.11 
 
 
265 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.11 
 
 
265 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6320  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 
264 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0695145  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  25.82 
 
 
268 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4550  extracellular solute-binding protein family 3  27.8 
 
 
274 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000001355  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0212  amino acid ABC transporter, substrate-binding  27.53 
 
 
260 aa  76.3  0.0000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2378  lysine/arginine/ornithine ABC transporter periplasmic-binding protein  28.72 
 
 
257 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.669572  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  27.86 
 
 
275 aa  75.9  0.0000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6445  extracellular solute-binding protein family 3  27.65 
 
 
275 aa  75.9  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0216332 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 
305 aa  75.5  0.0000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0687  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 
265 aa  75.9  0.0000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0413327  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.37 
 
 
265 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.37 
 
 
265 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4150  extracellular solute-binding protein family 3  26.82 
 
 
268 aa  75.1  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6020  extracellular solute-binding protein  31.02 
 
 
264 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  26.12 
 
 
257 aa  75.1  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4637  extracellular solute-binding protein family 3  26.22 
 
 
275 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350827  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  24.05 
 
 
266 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  27.15 
 
 
250 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>