More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2580 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2580  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
334 aa  661    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000261921 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0443  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  42.49 
 
 
291 aa  160  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000249554  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2325  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  45.13 
 
 
299 aa  160  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3866  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  40.72 
 
 
284 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4374  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  41.18 
 
 
284 aa  156  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4428  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.45 
 
 
284 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0635  extracellular solute-binding protein  37.82 
 
 
282 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2153  extracellular solute-binding protein  37.87 
 
 
281 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.878333  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0746  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  34.62 
 
 
295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000227589  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2326  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  32.08 
 
 
282 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129152  normal  0.475007 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1745  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 
297 aa  116  6e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00227146  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5215  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  32.91 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.30873 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0281  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 
281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.575026  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0303  extracellular solute-binding  34.91 
 
 
296 aa  114  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2962  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 
290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204632  normal  0.397835 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21690  amino acid-binding protein  30.89 
 
 
327 aa  105  1e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0982947  normal  0.0830184 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0666  extracellular solute-binding protein family 3  32.08 
 
 
354 aa  103  3e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0179646 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3465  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  27.09 
 
 
287 aa  102  9e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.955005  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0065  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.7 
 
 
280 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302085 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5236  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  28.82 
 
 
282 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.897169  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5515  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  28.38 
 
 
282 aa  99  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  hitchhiker  0.00100925 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3171  hypothetical protein  29.18 
 
 
272 aa  99  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29430  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  29.46 
 
 
297 aa  98.6  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29490  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  34.87 
 
 
264 aa  97.8  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.203368  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3699  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  27.04 
 
 
283 aa  96.7  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6426  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
245 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5554  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
245 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5919  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
245 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4600  extracellular solute-binding protein family 3  29.71 
 
 
304 aa  89.7  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.100956 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4481  ABC chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.85 
 
 
243 aa  87  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0819  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.29 
 
 
253 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.735222  normal  0.456534 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07260  amino acid-binding protein  28.76 
 
 
298 aa  85.1  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0877303  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5252  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 
255 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103563  normal  0.182762 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1594  arginine-binding protein  27.98 
 
 
269 aa  66.6  0.0000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.621127  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0928  extracellular solute-binding protein family 3  27.46 
 
 
254 aa  66.2  0.0000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1983  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 
288 aa  64.7  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.100881  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.66 
 
 
755 aa  64.3  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 
276 aa  62  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1395  amino acid ABC transporter, permease/amino acid-binding protein, putative  23.85 
 
 
485 aa  61.6  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.33 
 
 
244 aa  61.6  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2482  extracellular solute-binding protein family 3  26.4 
 
 
311 aa  61.6  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000146817 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.2 
 
 
258 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  30.3 
 
 
242 aa  62  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0125  extracellular solute-binding protein family 3  44.12 
 
 
270 aa  60.8  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2542  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  27.15 
 
 
260 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.579681  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2589  extracellular solute-binding protein family 3  22.71 
 
 
268 aa  60.5  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2584  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  27.15 
 
 
260 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.176074 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2705  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  27.15 
 
 
260 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2496  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  27.15 
 
 
260 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2596  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  27.15 
 
 
260 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  32.65 
 
 
247 aa  60.1  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0591  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  26.94 
 
 
269 aa  59.3  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0748117  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  25.62 
 
 
297 aa  59.7  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  31.29 
 
 
247 aa  59.3  0.00000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 
273 aa  59.3  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0232  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 
248 aa  59.3  0.00000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2022  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.5 
 
 
748 aa  59.3  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
277 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1566  extracellular solute-binding protein family 3  21.7 
 
 
253 aa  59.3  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3991  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.6 
 
 
261 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1429  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.6 
 
 
261 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0594365  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4546  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 
280 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322856  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02235  lysine/arginine/ornithine transporter subunit  28.93 
 
 
260 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1346  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.93 
 
 
260 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00101458  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0834  CjaC  23.67 
 
 
251 aa  57.8  0.0000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  32 
 
 
243 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  27.5 
 
 
278 aa  57.8  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3775  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.6 
 
 
261 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.361266  hitchhiker  0.000380628 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7508  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  25.94 
 
 
272 aa  58.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0757  cjaC protein  23.67 
 
 
251 aa  58.2  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.943565  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02195  hypothetical protein  28.93 
 
 
260 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  32 
 
 
243 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2460  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  28.93 
 
 
260 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1342  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.93 
 
 
260 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.232393  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2604  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  28.93 
 
 
260 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5552  ABC transporter substrate binding protein (glutamine)  26.97 
 
 
250 aa  57.4  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32 
 
 
243 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5946  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 
313 aa  57  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310402  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  24.8 
 
 
260 aa  57.4  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2859  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.29 
 
 
260 aa  57.4  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.582103  normal  0.224606 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  23.38 
 
 
241 aa  57.4  0.0000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 
264 aa  57  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0936  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  29.48 
 
 
313 aa  56.6  0.0000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.019687  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
264 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 
250 aa  56.6  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0723  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 
276 aa  56.6  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1277  cjaC protein  23.98 
 
 
251 aa  56.2  0.0000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.953147  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3587  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
255 aa  56.2  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1098  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 
254 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.041078  normal  0.0345837 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0716  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
272 aa  56.2  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4454  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 
280 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160323  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
246 aa  55.5  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0869  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 
241 aa  55.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.97 
 
 
243 aa  55.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5146  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 
285 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36869  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
290 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  31.02 
 
 
932 aa  55.5  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 
260 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 
263 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  29.36 
 
 
243 aa  54.7  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>