More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5252 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_5252  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
255 aa  521  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103563  normal  0.182762 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6426  extracellular solute-binding protein  78.78 
 
 
245 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5554  extracellular solute-binding protein  78.37 
 
 
245 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5919  extracellular solute-binding protein  78.37 
 
 
245 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0819  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  73.09 
 
 
253 aa  363  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.735222  normal  0.456534 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4481  ABC chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  57.96 
 
 
243 aa  279  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4374  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  39.33 
 
 
284 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3866  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  35.34 
 
 
284 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4428  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.47 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2153  extracellular solute-binding protein  34.05 
 
 
281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.878333  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2326  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  29.72 
 
 
282 aa  123  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129152  normal  0.475007 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2325  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  30.25 
 
 
299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0746  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  29.84 
 
 
295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000227589  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0443  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  28.81 
 
 
291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000249554  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0303  extracellular solute-binding  31.09 
 
 
296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3465  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  28.7 
 
 
287 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.955005  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5236  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  32.77 
 
 
282 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.897169  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5515  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  32.77 
 
 
282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  hitchhiker  0.00100925 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0065  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.42 
 
 
280 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302085 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2962  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 
290 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204632  normal  0.397835 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3699  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  32.2 
 
 
283 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0281  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
281 aa  103  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.575026  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0635  extracellular solute-binding protein  29.83 
 
 
282 aa  102  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3171  hypothetical protein  32.08 
 
 
272 aa  99.8  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0666  extracellular solute-binding protein family 3  29.25 
 
 
354 aa  98.2  1e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0179646 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1745  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 
297 aa  97.4  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00227146  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5215  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  26.22 
 
 
306 aa  89.7  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.30873 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29490  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  26.83 
 
 
264 aa  89.7  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.203368  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07260  amino acid-binding protein  27.94 
 
 
298 aa  89.4  6e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0877303  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29430  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  27.5 
 
 
297 aa  83.2  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2580  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 
334 aa  80.9  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000261921 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21690  amino acid-binding protein  24.9 
 
 
327 aa  77.4  0.0000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0982947  normal  0.0830184 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4600  extracellular solute-binding protein family 3  25.31 
 
 
304 aa  75.5  0.0000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.100956 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.32 
 
 
289 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.88 
 
 
264 aa  65.1  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 
260 aa  64.3  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0076  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 
253 aa  62.4  0.000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.717965  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6259  extracellular solute-binding protein family 3  34.17 
 
 
270 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000314466  normal  0.29457 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.29 
 
 
266 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  24 
 
 
276 aa  61.6  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1431  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.85 
 
 
268 aa  60.8  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000284109  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.51 
 
 
755 aa  60.5  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 
266 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 
250 aa  61.2  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 
266 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.35 
 
 
265 aa  60.5  0.00000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  28.21 
 
 
295 aa  59.3  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  29.22 
 
 
298 aa  59.3  0.00000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  28.21 
 
 
295 aa  59.3  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 
270 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5552  ABC transporter substrate binding protein (glutamine)  27.16 
 
 
250 aa  58.9  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  39.76 
 
 
305 aa  58.9  0.00000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  22.79 
 
 
247 aa  58.5  0.00000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 
253 aa  58.5  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
272 aa  58.5  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  25.5 
 
 
241 aa  58.9  0.00000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1983  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 
288 aa  58.2  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.100881  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4558  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 
289 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.776949 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5260  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 
277 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
268 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
246 aa  57.4  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1068  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 
302 aa  57.8  0.0000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.343066 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
246 aa  57  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0534  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 
261 aa  57  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
222 aa  56.6  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1067  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
264 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358006  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1067  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
264 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
604 aa  55.8  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1692  extracellular solute-binding protein family 3  27.11 
 
 
258 aa  55.8  0.0000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.350495 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  30.14 
 
 
255 aa  55.8  0.0000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 
252 aa  55.8  0.0000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1009  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30 
 
 
282 aa  55.8  0.0000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00886439  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3233  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 
277 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.638648 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0859  amino acid ABC transporter permease  32.45 
 
 
990 aa  55.5  0.0000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0204986  normal  0.722319 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1036  amino acid ABC transporter permease  32.45 
 
 
990 aa  55.5  0.0000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.328178 
 
 
-
 
NC_003296  RS00359  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.61 
 
 
255 aa  55.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.580904  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  27.89 
 
 
252 aa  55.1  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  24.69 
 
 
243 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.97 
 
 
243 aa  55.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 
266 aa  54.7  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5419  extracellular solute-binding protein family 3  30.32 
 
 
275 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240079 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.69 
 
 
243 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3990  extracellular solute-binding protein  30.52 
 
 
280 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601585  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  36.78 
 
 
246 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  24.69 
 
 
243 aa  54.7  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  26.03 
 
 
246 aa  55.1  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1376  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.69 
 
 
243 aa  55.1  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2719  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  26.17 
 
 
264 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.72 
 
 
243 aa  54.3  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5146  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 
285 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36869  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 
252 aa  54.3  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 
266 aa  54.3  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  26 
 
 
265 aa  53.9  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.69 
 
 
243 aa  54.7  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 
267 aa  54.7  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1163  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
264 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.516909  normal  0.0605845 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0708  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
264 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.956063  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  30.18 
 
 
255 aa  54.7  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2743  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 
276 aa  54.3  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0284405  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1187  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
264 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.708736  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>