More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_1009 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_1009  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 
282 aa  573  1.0000000000000001e-162  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00886439  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1619  amino acid ABC transporter periplasmic protein  44.32 
 
 
276 aa  217  2e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000231456  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0290  ABC transporter, substrate-binding protein  42.05 
 
 
270 aa  206  4e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1642  ABC transporter, substrate-binding protein  36.16 
 
 
277 aa  170  3e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.275268  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0339  amino acid ABC transporter periplasmic protein  34.49 
 
 
282 aa  159  4e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0333  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.8 
 
 
282 aa  157  1e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0209533  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2344  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.86 
 
 
280 aa  153  2e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  32 
 
 
502 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  32 
 
 
502 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03610  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  28.32 
 
 
273 aa  119  7e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1126  extracellular solute-binding protein family 3  31.17 
 
 
271 aa  110  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.390537  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  32.36 
 
 
265 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0687  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 
265 aa  104  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0413327  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  29.52 
 
 
265 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.52 
 
 
265 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  29.52 
 
 
265 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.52 
 
 
265 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.26 
 
 
265 aa  102  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.15 
 
 
265 aa  102  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.78 
 
 
265 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.78 
 
 
265 aa  101  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.78 
 
 
265 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.57 
 
 
503 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4150  extracellular solute-binding protein family 3  30.83 
 
 
268 aa  98.6  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 
260 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.18 
 
 
262 aa  94.4  2e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.82 
 
 
503 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 
253 aa  94.4  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 
259 aa  93.6  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 
259 aa  93.6  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.47 
 
 
489 aa  92.8  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.47 
 
 
489 aa  92.8  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  27.47 
 
 
489 aa  92.8  5e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2686  extracellular solute-binding protein family 3  30.58 
 
 
260 aa  92  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 
263 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3995  extracellular solute-binding protein family 3  28.1 
 
 
263 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0932187  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.56 
 
 
260 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3233  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 
263 aa  90.9  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.228634  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  32.13 
 
 
255 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  28.21 
 
 
265 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3545  solute-binding family 3 protein  30.6 
 
 
263 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  28.34 
 
 
285 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  28.34 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28.34 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  28.34 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  28.34 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0781  amino-acid ABC transporter extracellular-binding protein yckK  29.71 
 
 
252 aa  87.4  2e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0112  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  29.92 
 
 
271 aa  87  3e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3156  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
260 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3140  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 
260 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 
266 aa  86.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2509  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.22 
 
 
248 aa  86.7  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000936361  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2527  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 
260 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0136  ABC-type amino acid transport systems, periplasmic component  26.35 
 
 
286 aa  86.3  5e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  27.84 
 
 
256 aa  86.3  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4186  extracellular solute-binding protein family 3  27.01 
 
 
263 aa  86.3  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1432  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.93 
 
 
260 aa  85.9  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.897061 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 
257 aa  85.9  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  27.13 
 
 
266 aa  85.9  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  32.64 
 
 
255 aa  85.5  8e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3835  extracellular solute-binding protein family 3  29.88 
 
 
257 aa  85.5  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  27.94 
 
 
285 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 
257 aa  85.5  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  28.06 
 
 
265 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  26.74 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.87 
 
 
266 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002010  amino acid ABC transporter amino acid-binding portion  27.8 
 
 
248 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000538879  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0671  extracellular solute-binding protein family 3  26.57 
 
 
274 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.306356 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 
264 aa  83.2  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  26.22 
 
 
264 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  27.53 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
266 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1758  hook assembly protein, flagella  26.14 
 
 
250 aa  82.8  0.000000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000345404  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  27.53 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  25.35 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  27.94 
 
 
265 aa  82.4  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  27.53 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  25.35 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  27.53 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  27.53 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  25.35 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  28.67 
 
 
268 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  28.29 
 
 
266 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  28.63 
 
 
256 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  27.16 
 
 
264 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  26.86 
 
 
264 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2962  extracellular solute-binding protein  24.59 
 
 
290 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204632  normal  0.397835 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4550  extracellular solute-binding protein family 3  27.62 
 
 
274 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000001355  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2345  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 
273 aa  80.5  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.949438  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7224  ABC transporter substrate binding protein (nopaline)  28.4 
 
 
257 aa  80.1  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  26.75 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00441  ABC amino acid transporter periplasmic component  26.56 
 
 
248 aa  80.1  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4924  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 
261 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00263703 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0008  putative amino acid ABC transporter,substrate-binding protein  25.94 
 
 
250 aa  79.7  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00216943  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 
305 aa  79.3  0.00000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  28.01 
 
 
259 aa  79.3  0.00000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
264 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  25.36 
 
 
271 aa  79  0.00000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1602  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 
258 aa  78.2  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.986261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>