More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0281 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0281  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
281 aa  558  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.575026  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5236  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  72.14 
 
 
282 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.897169  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5515  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  76.68 
 
 
282 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  hitchhiker  0.00100925 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3699  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  76.38 
 
 
283 aa  402  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3171  hypothetical protein  74.81 
 
 
272 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0065  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  67.98 
 
 
280 aa  358  7e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302085 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1745  extracellular solute-binding protein  42.8 
 
 
297 aa  211  2e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00227146  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0746  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  41.32 
 
 
295 aa  185  6e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000227589  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4428  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.55 
 
 
284 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29430  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  38.68 
 
 
297 aa  180  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3866  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  37.04 
 
 
284 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0303  extracellular solute-binding  38.17 
 
 
296 aa  169  4e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4374  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  35.61 
 
 
284 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2153  extracellular solute-binding protein  37.17 
 
 
281 aa  165  5.9999999999999996e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.878333  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2326  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  35.96 
 
 
282 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.129152  normal  0.475007 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2962  extracellular solute-binding protein  34.85 
 
 
290 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204632  normal  0.397835 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5215  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  33.07 
 
 
306 aa  151  8.999999999999999e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.30873 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3465  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  32.84 
 
 
287 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.955005  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21690  amino acid-binding protein  33.84 
 
 
327 aa  135  8e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0982947  normal  0.0830184 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2325  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  33.61 
 
 
299 aa  133  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29490  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  32.95 
 
 
264 aa  132  5e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.203368  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0443  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter solute-binding protein  35.1 
 
 
291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000249554  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0666  extracellular solute-binding protein family 3  31.82 
 
 
354 aa  129  5.0000000000000004e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0179646 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0635  extracellular solute-binding protein  29.7 
 
 
282 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07260  amino acid-binding protein  31.98 
 
 
298 aa  119  6e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0877303  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2580  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 
334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000261921 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5252  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
255 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103563  normal  0.182762 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0819  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.81 
 
 
253 aa  99.4  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.735222  normal  0.456534 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4481  ABC chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.47 
 
 
243 aa  99  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6426  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
245 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5554  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
245 aa  95.9  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5919  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
245 aa  95.9  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4600  extracellular solute-binding protein family 3  29.2 
 
 
304 aa  92  9e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.100956 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 
276 aa  89  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
261 aa  79.3  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 
253 aa  77.4  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.09 
 
 
243 aa  77.4  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.72 
 
 
258 aa  76.6  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 
257 aa  76.3  0.0000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 
253 aa  76.3  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
276 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  25.55 
 
 
260 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  29.81 
 
 
255 aa  73.6  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0714  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.22 
 
 
755 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 
270 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.72 
 
 
257 aa  72.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.55 
 
 
267 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  29.17 
 
 
255 aa  72.8  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3587  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 
255 aa  72.4  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 
266 aa  72.4  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  27.52 
 
 
267 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.64 
 
 
260 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.81 
 
 
266 aa  72  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2392  extracellular solute-binding protein family 3  26.41 
 
 
255 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 
260 aa  72  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.07 
 
 
243 aa  71.6  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 
222 aa  71.6  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.34 
 
 
243 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
253 aa  71.2  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.34 
 
 
245 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.34 
 
 
243 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.34 
 
 
243 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
292 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.34 
 
 
245 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.22 
 
 
253 aa  70.9  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.22 
 
 
253 aa  70.9  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.54 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  30.54 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  30.54 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  30.54 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.34 
 
 
257 aa  70.9  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  30.54 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  27.2 
 
 
268 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 
266 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  29.01 
 
 
278 aa  69.3  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 
271 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.15 
 
 
243 aa  68.9  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  26.15 
 
 
243 aa  68.9  0.00000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  26.15 
 
 
243 aa  68.9  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 
253 aa  68.9  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  26.72 
 
 
268 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  26.77 
 
 
266 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  26.77 
 
 
266 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.99 
 
 
271 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 
271 aa  68.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 
266 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 
266 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  27.38 
 
 
257 aa  68.9  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  26.77 
 
 
266 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
271 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.02 
 
 
272 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
271 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5578  extracellular solute-binding protein family 3  28.23 
 
 
294 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  27.91 
 
 
295 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
271 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  28.24 
 
 
278 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  27.91 
 
 
295 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  25.19 
 
 
265 aa  67  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5552  ABC transporter substrate binding protein (glutamine)  26.01 
 
 
250 aa  67  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>