More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0716 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0716  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
272 aa  553  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1295  extracellular solute-binding protein  52 
 
 
292 aa  258  6e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.914061  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1819  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  48.35 
 
 
275 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309777  normal  0.651618 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4844  extracellular solute-binding protein family 3  47.06 
 
 
275 aa  248  6e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  0.095648 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5110  extracellular solute-binding protein  49.19 
 
 
279 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539737  hitchhiker  0.00536253 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5967  ABC-type amino acid transport/signal transduction periplasmic protein  45.2 
 
 
275 aa  223  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.594037  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6445  extracellular solute-binding protein family 3  43.28 
 
 
275 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0216332 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4637  extracellular solute-binding protein family 3  42.01 
 
 
275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350827  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6090  extracellular solute-binding protein  40.86 
 
 
285 aa  192  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4558  extracellular solute-binding protein  36.8 
 
 
289 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.776949 
 
 
-
 
NC_004310  BR1953  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.97 
 
 
281 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450219  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.4 
 
 
289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1879  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.84 
 
 
281 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1147  extracellular solute-binding protein  35.96 
 
 
280 aa  143  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.421653 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.47 
 
 
266 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0415  ABC transporter extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 
276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.162998 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 
266 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.8 
 
 
320 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  35.8 
 
 
266 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.97 
 
 
266 aa  125  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.8 
 
 
315 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  33.6 
 
 
266 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.8 
 
 
313 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.8 
 
 
264 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.8 
 
 
313 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.8 
 
 
313 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02131  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.72 
 
 
283 aa  119  6e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  30.12 
 
 
257 aa  118  9e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  32.82 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0156  extracellular solute-binding protein  31.64 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 
270 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
266 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  32.06 
 
 
285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  32.44 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.84 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  32.06 
 
 
266 aa  113  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.93 
 
 
266 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  32.06 
 
 
285 aa  112  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  32.06 
 
 
266 aa  112  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  32.06 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  31.09 
 
 
265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4024  extracellular solute-binding protein  31.02 
 
 
270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.400278  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 
264 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.3 
 
 
264 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.22 
 
 
267 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  30.53 
 
 
264 aa  106  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 
270 aa  106  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  28.94 
 
 
502 aa  105  6e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  28.94 
 
 
502 aa  105  7e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 
264 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  30.53 
 
 
266 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  29 
 
 
266 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.28 
 
 
284 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  29 
 
 
266 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  30.53 
 
 
266 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  29 
 
 
266 aa  104  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 
264 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  30.53 
 
 
266 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  30.2 
 
 
256 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  29.8 
 
 
256 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  30.53 
 
 
266 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  30.53 
 
 
266 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 
290 aa  103  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.44 
 
 
264 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
266 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  29.39 
 
 
266 aa  102  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  31.2 
 
 
265 aa  102  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  31.06 
 
 
246 aa  102  7e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  30.04 
 
 
247 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1803  extracellular solute-binding protein  32.1 
 
 
288 aa  99.8  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.363702  normal  0.037594 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2184  extracellular solute-binding protein  31.65 
 
 
295 aa  99  7e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092646 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  31.2 
 
 
253 aa  99  7e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.19 
 
 
250 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.19 
 
 
250 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.19 
 
 
250 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.63 
 
 
250 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 
253 aa  97.4  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.63 
 
 
250 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 
281 aa  97.4  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.51 
 
 
250 aa  97.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.88 
 
 
250 aa  97.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.98 
 
 
248 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.98 
 
 
248 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  31.08 
 
 
254 aa  96.3  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.98 
 
 
248 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>