More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4546 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4546  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
280 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322856  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5258  extracellular solute-binding protein family 3  87.81 
 
 
279 aa  507  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.677856  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5536  extracellular solute-binding protein family 3  87.81 
 
 
279 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.901177  normal  0.273691 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0965  extracellular solute-binding protein  79.53 
 
 
280 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000439884  n/a   
 
 
 
NC_007492  Pfl01_3092  extracellular solute-binding protein  68.52 
 
 
282 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.559619  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2775  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  67.51 
 
 
283 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.550613  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2503  extracellular solute-binding protein  67.63 
 
 
283 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3379  extracellular solute-binding protein  34.81 
 
 
278 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  28.8 
 
 
281 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  29.05 
 
 
286 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.09 
 
 
276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3508  extracellular solute-binding protein family 3  30.62 
 
 
319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 
276 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.72 
 
 
276 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  24.72 
 
 
276 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.72 
 
 
276 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.72 
 
 
276 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.72 
 
 
276 aa  109  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  24.72 
 
 
276 aa  109  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  29.76 
 
 
297 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.72 
 
 
276 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.72 
 
 
276 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
250 aa  105  8e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 
246 aa  103  4e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 
277 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  27.51 
 
 
271 aa  102  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0529  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.69 
 
 
277 aa  102  7e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.488243  hitchhiker  0.00197621 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6294  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 
305 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102459  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 
246 aa  100  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  29 
 
 
268 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3766  extracellular solute-binding protein family 3  27.82 
 
 
300 aa  99.8  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 
271 aa  99.8  5e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1430  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 
294 aa  99.4  6e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0320804 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  28.84 
 
 
257 aa  99  8e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1224  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 
323 aa  98.2  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  26.69 
 
 
286 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0999  bifunctional adhesin/ABC transporter aspartate/glutamate-binding protein  27.05 
 
 
259 aa  98.2  1e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  26.69 
 
 
286 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2669  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 
287 aa  97.4  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00514827  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 
265 aa  97.4  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0928  bifunctional adhesin/ABC transporter aspartate/glutamate-binding protein  27.46 
 
 
259 aa  97.1  3e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0467601  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
268 aa  96.7  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 
270 aa  96.3  5e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1624  extracellular solute-binding protein family 3  33.5 
 
 
344 aa  95.9  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.467611  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0893  bifunctional adhesin/ABC transporter aspartate/glutamate-binding protein  27.05 
 
 
259 aa  95.5  7e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.144905  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  31.67 
 
 
278 aa  94.7  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37210  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  28.36 
 
 
324 aa  95.5  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.734714  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3082  glutamine/glutamate ABC transporter, periplasmic glutamine/glutamate-binding protein  31.11 
 
 
290 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.171544  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0527  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.1 
 
 
273 aa  94.4  2e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000799284  normal  0.37581 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1164  bifunctional adhesin/ABC transporter aspartate/glutamate-binding protein  24.35 
 
 
264 aa  94  2e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00378552  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 
290 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.44 
 
 
247 aa  93.6  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2941  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 
290 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.343687  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.19 
 
 
284 aa  94  3e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
276 aa  93.6  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0691  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 
277 aa  93.2  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344886  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0228  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
292 aa  92  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.946575  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 
247 aa  92  9e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.07 
 
 
300 aa  91.7  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1043  extracellular solute-binding protein family 3  27.78 
 
 
278 aa  92  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0806  CjaA protein  25.91 
 
 
279 aa  90.9  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.834  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1001  CjaA protein  26.28 
 
 
279 aa  90.9  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2098  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 
343 aa  90.1  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0603168  normal  0.126386 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  26.28 
 
 
268 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1064  surface antigen, CjaA  25.91 
 
 
279 aa  90.1  4e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433625  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2029  extracellular solute-binding protein family 3  25.82 
 
 
275 aa  89.7  5e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00497658  hitchhiker  0.00148627 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 
273 aa  89.7  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  26.28 
 
 
268 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  26.8 
 
 
283 aa  89.4  6e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1394  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 
294 aa  88.6  9e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.041771 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4769  arginine-binding periplasmic protein 2  26.36 
 
 
246 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.129317  normal  0.0665997 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4712  arginine-binding periplasmic protein 2  26.36 
 
 
246 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00168872  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1276  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 
260 aa  88.2  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.581317 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4748  arginine-binding periplasmic protein 2  26.36 
 
 
246 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00354956  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  27.55 
 
 
266 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4629  arginine-binding periplasmic protein 2  26.36 
 
 
246 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336124  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.57 
 
 
248 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.57 
 
 
248 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0779  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 
350 aa  87.4  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4620  arginine-binding periplasmic protein 2  26.36 
 
 
246 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  26.12 
 
 
284 aa  87.4  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.57 
 
 
248 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.57 
 
 
248 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.57 
 
 
248 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29 
 
 
248 aa  87  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29 
 
 
248 aa  87  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29 
 
 
248 aa  87  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29 
 
 
248 aa  87  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29 
 
 
248 aa  87  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  29 
 
 
248 aa  87  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.34 
 
 
253 aa  87  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29 
 
 
248 aa  87  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29 
 
 
248 aa  87  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3520  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 
296 aa  86.7  4e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0548658  normal  0.231474 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
268 aa  86.7  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 
271 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 
271 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 
271 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 
271 aa  85.9  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>