More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2098 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2098  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 343 aa  702    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0603168  normal  0.126386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1624  extracellular solute-binding protein family 3  83.72 
 
 		 344 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.467611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4947  extracellular solute-binding protein family 3  60.69 
 
 		 345 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0229057  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3397  hypothetical protein  48.06 
 
 		 345 aa  332  5e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.167886  normal  0.231083 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0715  extracellular solute-binding protein family 3  42.15 
 
 		 362 aa  269  5.9999999999999995e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.337122 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1108  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.42 
 
 		 341 aa  258  8e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1113  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.06 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4667  extracellular solute-binding protein family 3  41.4 
 
 		 364 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.144935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2062  extracellular solute-binding protein family 3  40.25 
 
 		 363 aa  253  3e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2086  extracellular solute-binding protein family 3  40.25 
 
 		 363 aa  253  3e-66  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.256894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3988  extracellular solute-binding protein family 3  42.17 
 
 		 350 aa  250  3e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6377  extracellular solute-binding protein family 3  39.34 
 
 		 337 aa  249  3e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0973  extracellular solute-binding protein  39.13 
 
 		 343 aa  249  5e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.846042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0740  extracellular solute-binding protein  39.56 
 
 		 356 aa  249  6e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4179  extracellular solute-binding protein family 3  42.17 
 
 		 350 aa  248  7e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1998  extracellular solute-binding protein  39.43 
 
 		 343 aa  248  1e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1602  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.1 
 
 		 336 aa  247  2e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.499841  normal  0.998345 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5870  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.58 
 
 		 340 aa  248  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.297557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3560  extracellular solute-binding protein  38.73 
 
 		 342 aa  246  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.801082 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1072  extracellular solute-binding protein  37.03 
 
 		 342 aa  245  9e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1297  general amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.51 
 
 		 342 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0904  extracellular solute-binding protein  39.51 
 
 		 342 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.700259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2946  extracellular solute-binding protein family 3  42.41 
 
 		 344 aa  245  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116907  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0338  extracellular solute-binding protein family 3  40.31 
 
 		 389 aa  245  9.999999999999999e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000810551  normal  0.021176 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1255  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.03 
 
 		 342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4094  extracellular solute-binding protein  40.71 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0267267 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4428  extracellular solute-binding protein  39.51 
 
 		 342 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.78571 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0149  extracellular solute-binding protein  40.25 
 
 		 343 aa  243  3.9999999999999997e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0394116  decreased coverage  0.0000000197566 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0847  extracellular solute-binding protein  39.64 
 
 		 367 aa  243  3.9999999999999997e-63  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3587  extracellular solute-binding protein  40.38 
 
 		 345 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0949603 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12151  ABC transporter for amino acids, substrate binding protein  37.97 
 
 		 349 aa  243  3.9999999999999997e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4546  extracellular solute-binding protein  37.43 
 
 		 336 aa  243  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.922143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2324  extracellular solute-binding protein  42.15 
 
 		 344 aa  241  9e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0975  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.56 
 
 		 342 aa  241  1e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0561977  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4393  extracellular solute-binding protein  41.77 
 
 		 341 aa  240  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4552  extracellular solute-binding protein  39.2 
 
 		 342 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02361  hypothetical protein  38.04 
 
 		 350 aa  239  4e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2522  family 1 extracellular solute-binding protein  39.06 
 
 		 355 aa  239  5e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2557  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40 
 
 		 343 aa  239  6.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.584097  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2818  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  38.36 
 
 		 337 aa  239  6.999999999999999e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003418  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  38.04 
 
 		 342 aa  239  6.999999999999999e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.49248  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2822  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  38.05 
 
 		 337 aa  238  8e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148614  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1760  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.23 
 
 		 341 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1420  extracellular solute-binding protein  39.01 
 
 		 415 aa  236  3e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000217844  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14271  extracellular solute-binding protein  36.06 
 
 		 353 aa  236  4e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0614  extracellular solute-binding protein  36.06 
 
 		 353 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.11305  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2136  extracellular solute-binding protein  43.49 
 
 		 339 aa  236  5.0000000000000005e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204406 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1705  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.71 
 
 		 340 aa  236  6e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.402619 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1563  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.94 
 
 		 341 aa  236  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.519908  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0741  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.41 
 
 		 343 aa  235  7e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0736  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.41 
 
 		 343 aa  235  7e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1695  extracellular solute-binding protein  39.01 
 
 		 411 aa  235  9e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0207768  hitchhiker  0.000479364 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2057  general L-amino acid-binding periplasmic protein precursor  38.53 
 
 		 342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1004  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.08 
 
 		 340 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.670148  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1253  putative amino acid-binding protein  39.32 
 
 		 341 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14100  putative amino acid-binding protein  38.71 
 
 		 341 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.111954  normal  0.0628834 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1809  extracellular solute-binding protein  40.49 
 
 		 353 aa  232  8.000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3923  putative amino-acid ABC transporter, substrate-binding protein  37.35 
 
 		 338 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2558  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  37.93 
 
 		 338 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0233  extracellular solute-binding protein family 3  36.26 
 
 		 341 aa  228  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1747  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.64 
 
 		 338 aa  228  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.913718  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2832  extracellular solute-binding protein family 3  36.56 
 
 		 353 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2912  extracellular solute-binding protein  36.99 
 
 		 337 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.392971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0393  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.64 
 
 		 338 aa  227  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0323019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0229  extracellular solute-binding protein family 3  35.96 
 
 		 341 aa  226  4e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3606  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 		 345 aa  225  7e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020858 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0948  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.78 
 
 		 339 aa  225  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0890  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.78 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1406  extracellular solute-binding protein  36.66 
 
 		 339 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3679  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 		 345 aa  224  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.520079  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2071  extracellular solute-binding protein  34.78 
 
 		 344 aa  223  3e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0757625  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2503  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.23 
 
 		 338 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7860  extracellular solute-binding protein family 3  38.82 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4005  extracellular solute-binding protein  37.85 
 
 		 389 aa  223  4e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2551  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  38.29 
 
 		 341 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1454  extracellular solute-binding protein  37.85 
 
 		 389 aa  223  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.758875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4484  extracellular solute-binding protein  37.9 
 
 		 335 aa  222  9e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2549  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  35.48 
 
 		 350 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.216585  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3707  extracellular solute-binding protein  35.88 
 
 		 341 aa  221  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.371845 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2984  extracellular solute-binding protein  37.91 
 
 		 367 aa  220  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47136 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0793  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.51 
 
 		 341 aa  221  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1529  extracellular solute-binding protein  34.72 
 
 		 346 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.202985 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2579  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 		 336 aa  220  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.171917  normal  0.200935 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3701  extracellular solute-binding protein family 3  35.09 
 
 		 343 aa  219  7.999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3857  extracellular solute-binding protein family 3  34.8 
 
 		 343 aa  218  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.164094  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1168  extracellular solute-binding protein  36.5 
 
 		 349 aa  217  2.9999999999999998e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4673  extracellular solute-binding protein  36.86 
 
 		 341 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0246  extracellular solute-binding protein  35.31 
 
 		 359 aa  216  5e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12321  ABC transporter for amino acids, substrate binding protein  36.06 
 
 		 349 aa  216  5.9999999999999996e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0921639  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3652  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.71 
 
 		 341 aa  212  7.999999999999999e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3563  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.71 
 
 		 341 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0438  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 341 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3462  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.71 
 
 		 341 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.117773  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3754  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.71 
 
 		 341 aa  211  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.248765  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4587  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.71 
 
 		 341 aa  211  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0705  general L-amino acid-binding periplasmic protein  35.92 
 
 		 345 aa  209  6e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2892  extracellular solute-binding protein  34.95 
 
 		 345 aa  209  7e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0042428 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2415  extracellular solute-binding protein  38.82 
 
 		 365 aa  209  7e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.19296 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4382  extracellular solute-binding protein  34.97 
 
 		 341 aa  209  8e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.98504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0120  extracellular solute-binding protein  34.06 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>