More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1004 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1004  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  100 
 
 		 340 aa  696    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.670148  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3560  extracellular solute-binding protein  68.42 
 
 		 342 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.801082 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02361  hypothetical protein  66.37 
 
 		 350 aa  484  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003418  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  66.37 
 
 		 342 aa  483  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.49248  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1072  extracellular solute-binding protein  65.1 
 
 		 342 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2057  general L-amino acid-binding periplasmic protein precursor  66.17 
 
 		 342 aa  474  1e-132  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1255  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  65.09 
 
 		 342 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2822  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  66.88 
 
 		 337 aa  465  9.999999999999999e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0975  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.52 
 
 		 342 aa  467  9.999999999999999e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0561977  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2818  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  66.88 
 
 		 337 aa  464  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3923  putative amino-acid ABC transporter, substrate-binding protein  65.59 
 
 		 338 aa  463  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1297  general amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  66.04 
 
 		 342 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0904  extracellular solute-binding protein  66.04 
 
 		 342 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.700259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4428  extracellular solute-binding protein  65.73 
 
 		 342 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.78571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4552  extracellular solute-binding protein  66.04 
 
 		 342 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3701  extracellular solute-binding protein family 3  62.46 
 
 		 343 aa  455  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2549  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  64.12 
 
 		 350 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.216585  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2071  extracellular solute-binding protein  61.63 
 
 		 344 aa  456  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0757625  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0229  extracellular solute-binding protein family 3  61.29 
 
 		 341 aa  456  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5870  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  63.93 
 
 		 340 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.297557 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0233  extracellular solute-binding protein family 3  61 
 
 		 341 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0973  extracellular solute-binding protein  63.56 
 
 		 343 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.846042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2832  extracellular solute-binding protein family 3  64.91 
 
 		 353 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3707  extracellular solute-binding protein  62.35 
 
 		 341 aa  451  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.371845 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2558  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  63.31 
 
 		 338 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6377  extracellular solute-binding protein family 3  62.72 
 
 		 337 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1760  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  63.47 
 
 		 341 aa  450  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3652  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.58 
 
 		 341 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4587  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.58 
 
 		 341 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1529  extracellular solute-binding protein  63.12 
 
 		 346 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.202985 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0438  extracellular solute-binding protein  61.88 
 
 		 341 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3563  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.88 
 
 		 341 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2912  extracellular solute-binding protein  64.24 
 
 		 337 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.392971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1705  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  61.76 
 
 		 340 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.402619 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3754  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.58 
 
 		 341 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.248765  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3857  extracellular solute-binding protein family 3  60.7 
 
 		 343 aa  445  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.164094  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1563  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  63.17 
 
 		 341 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.519908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3462  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.88 
 
 		 341 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.117773  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1108  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  62.5 
 
 		 341 aa  442  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1406  extracellular solute-binding protein  60.12 
 
 		 339 aa  439  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4393  extracellular solute-binding protein  63.92 
 
 		 341 aa  439  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2551  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  62.97 
 
 		 341 aa  436  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1602  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  59.94 
 
 		 336 aa  435  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.499841  normal  0.998345 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0120  extracellular solute-binding protein  63.64 
 
 		 342 aa  433  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03126  predicted amino-acid transporter subunit  64.59 
 
 		 305 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0741  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.88 
 
 		 343 aa  430  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0948  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61 
 
 		 339 aa  428  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4546  extracellular solute-binding protein  59.24 
 
 		 336 aa  430  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.922143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2557  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  59.3 
 
 		 343 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.584097  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03077  hypothetical protein  64.59 
 
 		 305 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0890  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61 
 
 		 339 aa  428  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0736  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.88 
 
 		 343 aa  430  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14100  putative amino acid-binding protein  61.11 
 
 		 341 aa  427  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.111954  normal  0.0628834 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1113  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  57.31 
 
 		 340 aa  423  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1253  putative amino acid-binding protein  59.81 
 
 		 341 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2579  extracellular solute-binding protein  59.81 
 
 		 336 aa  415  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.171917  normal  0.200935 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4484  extracellular solute-binding protein  59.87 
 
 		 335 aa  410  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0705  general L-amino acid-binding periplasmic protein  57.96 
 
 		 345 aa  398  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1747  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, periplasmic substrate-binding protein  58.1 
 
 		 338 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.913718  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1640  extracellular solute-binding protein  57.88 
 
 		 337 aa  392  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.521048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4673  extracellular solute-binding protein  57.96 
 
 		 341 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0393  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  57.78 
 
 		 338 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0323019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2946  extracellular solute-binding protein family 3  57.91 
 
 		 344 aa  386  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116907  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2984  extracellular solute-binding protein  57.01 
 
 		 367 aa  386  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47136 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2324  extracellular solute-binding protein  54.68 
 
 		 344 aa  387  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4382  extracellular solute-binding protein  57.01 
 
 		 341 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.98504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2503  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  56.29 
 
 		 338 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2892  extracellular solute-binding protein  55.41 
 
 		 345 aa  384  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0042428 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3679  extracellular solute-binding protein  55.1 
 
 		 345 aa  382  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.520079  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5283  extracellular solute-binding protein family 3  56.69 
 
 		 344 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19279  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0793  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  58.1 
 
 		 341 aa  384  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0627  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  56.14 
 
 		 338 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.452411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3606  extracellular solute-binding protein  56.83 
 
 		 345 aa  377  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020858 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7860  extracellular solute-binding protein family 3  52.17 
 
 		 341 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2136  extracellular solute-binding protein  55.7 
 
 		 339 aa  366  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204406 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0318  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transporter  58.47 
 
 		 338 aa  363  2e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.762797 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0294  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  57.78 
 
 		 338 aa  363  2e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4094  extracellular solute-binding protein  50.29 
 
 		 339 aa  353  2e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0267267 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0715  extracellular solute-binding protein family 3  49.13 
 
 		 362 aa  349  5e-95  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.337122 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0740  extracellular solute-binding protein  49.69 
 
 		 356 aa  343  2.9999999999999997e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1998  extracellular solute-binding protein  46.06 
 
 		 343 aa  342  7e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4005  extracellular solute-binding protein  49.84 
 
 		 389 aa  340  2.9999999999999998e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1454  extracellular solute-binding protein  49.53 
 
 		 389 aa  339  4e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.758875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0338  extracellular solute-binding protein family 3  50.48 
 
 		 389 aa  338  9.999999999999999e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000810551  normal  0.021176 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0246  extracellular solute-binding protein  49.21 
 
 		 359 aa  337  1.9999999999999998e-91  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2062  extracellular solute-binding protein family 3  49.85 
 
 		 363 aa  336  3.9999999999999995e-91  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2086  extracellular solute-binding protein family 3  49.85 
 
 		 363 aa  336  3.9999999999999995e-91  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.256894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3587  extracellular solute-binding protein  49.38 
 
 		 345 aa  335  5e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0949603 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2522  family 1 extracellular solute-binding protein  51.13 
 
 		 355 aa  334  1e-90  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4667  extracellular solute-binding protein family 3  48.88 
 
 		 364 aa  333  4e-90  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.144935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4179  extracellular solute-binding protein family 3  48.57 
 
 		 350 aa  330  3e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0149  extracellular solute-binding protein  48.4 
 
 		 343 aa  329  5.0000000000000004e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0394116  decreased coverage  0.0000000197566 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3988  extracellular solute-binding protein family 3  47.94 
 
 		 350 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0779  extracellular solute-binding protein  46.89 
 
 		 350 aa  324  1e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5881  extracellular solute-binding protein  47.69 
 
 		 345 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14271  extracellular solute-binding protein  42.07 
 
 		 353 aa  306  3e-82  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2625  extracellular solute-binding protein  48.41 
 
 		 347 aa  305  6e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0614  extracellular solute-binding protein  41.79 
 
 		 353 aa  305  9.000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.11305  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1809  extracellular solute-binding protein  46.2 
 
 		 353 aa  300  2e-80  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2899  extracellular solute-binding protein family 3  47.13 
 
 		 340 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.507436  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>