More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2136 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2136  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 339 aa  688    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204406 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2324  extracellular solute-binding protein  74.04 
 
 		 344 aa  531  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2946  extracellular solute-binding protein family 3  67.3 
 
 		 344 aa  447  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116907  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3606  extracellular solute-binding protein  59.94 
 
 		 345 aa  391  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020858 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1760  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  54.71 
 
 		 341 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1108  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  54.73 
 
 		 341 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1563  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  54.55 
 
 		 341 aa  378  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.519908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1113  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  55.56 
 
 		 340 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3923  putative amino-acid ABC transporter, substrate-binding protein  54.71 
 
 		 338 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1004  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  54.74 
 
 		 340 aa  372  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.670148  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0793  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  55.97 
 
 		 341 aa  372  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4393  extracellular solute-binding protein  58.68 
 
 		 341 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5870  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  57.19 
 
 		 340 aa  365  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.297557 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6377  extracellular solute-binding protein family 3  55.59 
 
 		 337 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0741  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.77 
 
 		 343 aa  362  4e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0736  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.77 
 
 		 343 aa  362  4e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1072  extracellular solute-binding protein  52.48 
 
 		 342 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2557  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  51.9 
 
 		 343 aa  360  2e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.584097  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2071  extracellular solute-binding protein  54.11 
 
 		 344 aa  359  4e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0757625  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4546  extracellular solute-binding protein  52.06 
 
 		 336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.922143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2551  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  55.03 
 
 		 341 aa  356  3.9999999999999996e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3707  extracellular solute-binding protein  51.18 
 
 		 341 aa  355  6.999999999999999e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.371845 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1747  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, periplasmic substrate-binding protein  55.38 
 
 		 338 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.913718  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2549  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  52.33 
 
 		 350 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.216585  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3652  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.34 
 
 		 341 aa  355  7.999999999999999e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3462  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.02 
 
 		 341 aa  354  1e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.117773  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2558  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  50.88 
 
 		 338 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3754  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.34 
 
 		 341 aa  354  1e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.248765  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4587  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.34 
 
 		 341 aa  354  1e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0438  extracellular solute-binding protein  52.02 
 
 		 341 aa  354  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3563  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.02 
 
 		 341 aa  354  1e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0393  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  55.06 
 
 		 338 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0323019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3560  extracellular solute-binding protein  51.6 
 
 		 342 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.801082 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1255  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.6 
 
 		 342 aa  352  4e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4552  extracellular solute-binding protein  53.89 
 
 		 342 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2057  general L-amino acid-binding periplasmic protein precursor  54.57 
 
 		 342 aa  352  5.9999999999999994e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1297  general amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  53.58 
 
 		 342 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2832  extracellular solute-binding protein family 3  53.48 
 
 		 353 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2818  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  51.72 
 
 		 337 aa  351  1e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0973  extracellular solute-binding protein  52.33 
 
 		 343 aa  350  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.846042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14100  putative amino acid-binding protein  51.82 
 
 		 341 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.111954  normal  0.0628834 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1705  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  53.17 
 
 		 340 aa  350  2e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.402619 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1602  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  52.58 
 
 		 336 aa  349  3e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.499841  normal  0.998345 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2503  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  52.96 
 
 		 338 aa  350  3e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2822  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  51.08 
 
 		 337 aa  350  3e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4428  extracellular solute-binding protein  53.58 
 
 		 342 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.78571 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3701  extracellular solute-binding protein family 3  51.17 
 
 		 343 aa  349  4e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2912  extracellular solute-binding protein  51.92 
 
 		 337 aa  349  4e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.392971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3857  extracellular solute-binding protein family 3  50.59 
 
 		 343 aa  348  5e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.164094  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0904  extracellular solute-binding protein  52.96 
 
 		 342 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.700259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0229  extracellular solute-binding protein family 3  51.17 
 
 		 341 aa  348  5e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0233  extracellular solute-binding protein family 3  51.46 
 
 		 341 aa  347  1e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1406  extracellular solute-binding protein  50.6 
 
 		 339 aa  346  4e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1529  extracellular solute-binding protein  49.14 
 
 		 346 aa  345  6e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.202985 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0948  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.9 
 
 		 339 aa  345  7e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02361  hypothetical protein  52.44 
 
 		 350 aa  345  7e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0890  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.9 
 
 		 339 aa  345  7e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1253  putative amino acid-binding protein  52.02 
 
 		 341 aa  345  8e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003418  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  52.13 
 
 		 342 aa  344  2e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.49248  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03126  predicted amino-acid transporter subunit  52.96 
 
 		 305 aa  342  7e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03077  hypothetical protein  52.96 
 
 		 305 aa  342  7e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4673  extracellular solute-binding protein  52.68 
 
 		 341 aa  342  7e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0627  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  51.48 
 
 		 338 aa  340  2.9999999999999998e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.452411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7860  extracellular solute-binding protein family 3  47.83 
 
 		 341 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4484  extracellular solute-binding protein  52.22 
 
 		 335 aa  339  5e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0294  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  53.8 
 
 		 338 aa  335  5e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0975  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.85 
 
 		 342 aa  333  3e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0561977  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0120  extracellular solute-binding protein  49.09 
 
 		 342 aa  333  3e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4382  extracellular solute-binding protein  52.05 
 
 		 341 aa  332  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.98504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2579  extracellular solute-binding protein  51.58 
 
 		 336 aa  332  6e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.171917  normal  0.200935 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2984  extracellular solute-binding protein  53.61 
 
 		 367 aa  330  2e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47136 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4179  extracellular solute-binding protein family 3  52.47 
 
 		 350 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1454  extracellular solute-binding protein  51.88 
 
 		 389 aa  327  2.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.758875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4005  extracellular solute-binding protein  51.88 
 
 		 389 aa  325  6e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0318  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transporter  51.91 
 
 		 338 aa  325  8.000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.762797 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3988  extracellular solute-binding protein family 3  52.16 
 
 		 350 aa  325  8.000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5283  extracellular solute-binding protein family 3  49.84 
 
 		 344 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19279  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1998  extracellular solute-binding protein  49.84 
 
 		 343 aa  323  4e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0705  general L-amino acid-binding periplasmic protein  48.91 
 
 		 345 aa  322  6e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1640  extracellular solute-binding protein  50.48 
 
 		 337 aa  322  8e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.521048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3587  extracellular solute-binding protein  49.22 
 
 		 345 aa  315  5e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0949603 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2892  extracellular solute-binding protein  46.56 
 
 		 345 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0042428 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4667  extracellular solute-binding protein family 3  48.25 
 
 		 364 aa  312  6.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.144935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0740  extracellular solute-binding protein  50.64 
 
 		 356 aa  310  2e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4094  extracellular solute-binding protein  47.8 
 
 		 339 aa  310  2.9999999999999997e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0267267 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3679  extracellular solute-binding protein  45.62 
 
 		 345 aa  309  4e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.520079  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0149  extracellular solute-binding protein  48.43 
 
 		 343 aa  308  6.999999999999999e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0394116  decreased coverage  0.0000000197566 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2062  extracellular solute-binding protein family 3  49.38 
 
 		 363 aa  306  3e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2086  extracellular solute-binding protein family 3  49.38 
 
 		 363 aa  306  3e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.256894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0779  extracellular solute-binding protein  48.15 
 
 		 350 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2522  family 1 extracellular solute-binding protein  47.92 
 
 		 355 aa  305  1.0000000000000001e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0715  extracellular solute-binding protein family 3  48.73 
 
 		 362 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.337122 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5881  extracellular solute-binding protein  47.08 
 
 		 345 aa  301  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1809  extracellular solute-binding protein  46.74 
 
 		 353 aa  294  1e-78  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0246  extracellular solute-binding protein  47.95 
 
 		 359 aa  293  2e-78  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0338  extracellular solute-binding protein family 3  46.25 
 
 		 389 aa  293  3e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000810551  normal  0.021176 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2415  extracellular solute-binding protein  46.86 
 
 		 365 aa  291  8e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.19296 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14271  extracellular solute-binding protein  42.53 
 
 		 353 aa  290  3e-77  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0614  extracellular solute-binding protein  42.24 
 
 		 353 aa  288  1e-76  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.11305  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0847  extracellular solute-binding protein  47.19 
 
 		 367 aa  284  1.0000000000000001e-75  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>