More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1255 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1255  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  100 
 
 
342 aa  698    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1072  extracellular solute-binding protein  94.15 
 
 
342 aa  663    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0973  extracellular solute-binding protein  85.42 
 
 
343 aa  597  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.846042  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4552  extracellular solute-binding protein  86.55 
 
 
342 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1297  general amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  86.26 
 
 
342 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0904  extracellular solute-binding protein  85.96 
 
 
342 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.700259  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4428  extracellular solute-binding protein  86.26 
 
 
342 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.78571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3560  extracellular solute-binding protein  78.95 
 
 
342 aa  567  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.801082 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3701  extracellular solute-binding protein family 3  72.14 
 
 
343 aa  517  1.0000000000000001e-145  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3857  extracellular solute-binding protein family 3  70.97 
 
 
343 aa  512  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.164094  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0233  extracellular solute-binding protein family 3  69.67 
 
 
341 aa  506  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0229  extracellular solute-binding protein family 3  69.37 
 
 
341 aa  506  9.999999999999999e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3707  extracellular solute-binding protein  69.73 
 
 
341 aa  503  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.371845 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3652  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.88 
 
 
341 aa  498  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3754  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.88 
 
 
341 aa  498  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.248765  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4587  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.88 
 
 
341 aa  498  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3462  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.56 
 
 
341 aa  497  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.117773  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3563  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.56 
 
 
341 aa  497  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0438  extracellular solute-binding protein  71.56 
 
 
341 aa  497  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14100  putative amino acid-binding protein  64.04 
 
 
341 aa  485  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.111954  normal  0.0628834 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03126  predicted amino-acid transporter subunit  70.82 
 
 
305 aa  471  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03077  hypothetical protein  70.82 
 
 
305 aa  471  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1253  putative amino acid-binding protein  65 
 
 
341 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1004  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  66.25 
 
 
340 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.670148  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2549  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  62.87 
 
 
350 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.216585  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02361  hypothetical protein  60.82 
 
 
350 aa  436  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6377  extracellular solute-binding protein family 3  60.48 
 
 
337 aa  433  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5870  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  63.46 
 
 
340 aa  429  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.297557 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2071  extracellular solute-binding protein  60.29 
 
 
344 aa  431  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0757625  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003418  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  60.23 
 
 
342 aa  431  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.49248  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1705  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  59.17 
 
 
340 aa  429  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.402619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2832  extracellular solute-binding protein family 3  63.04 
 
 
353 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2558  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  61.29 
 
 
338 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0975  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  63.61 
 
 
342 aa  425  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0561977  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1602  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  59.24 
 
 
336 aa  424  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.499841  normal  0.998345 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2057  general L-amino acid-binding periplasmic protein precursor  60 
 
 
342 aa  422  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3923  putative amino-acid ABC transporter, substrate-binding protein  60.88 
 
 
338 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2822  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  61.64 
 
 
337 aa  422  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148614  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1108  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  57.31 
 
 
341 aa  419  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417319  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1529  extracellular solute-binding protein  61.06 
 
 
346 aa  419  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.202985 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2912  extracellular solute-binding protein  62.81 
 
 
337 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.392971  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1563  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  57.89 
 
 
341 aa  418  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.519908  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2818  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  61.32 
 
 
337 aa  419  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1760  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  57.6 
 
 
341 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186199  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0741  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.26 
 
 
343 aa  411  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0736  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.26 
 
 
343 aa  411  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1113  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  57.99 
 
 
340 aa  411  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4546  extracellular solute-binding protein  58.68 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.922143  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2551  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  59.62 
 
 
341 aa  406  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2557  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  57.97 
 
 
343 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.584097  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0948  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.46 
 
 
339 aa  401  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0890  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.86 
 
 
339 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0120  extracellular solute-binding protein  55.56 
 
 
342 aa  395  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4393  extracellular solute-binding protein  58.86 
 
 
341 aa  395  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1406  extracellular solute-binding protein  55.36 
 
 
339 aa  393  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0705  general L-amino acid-binding periplasmic protein  56.19 
 
 
345 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4673  extracellular solute-binding protein  55.56 
 
 
341 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4382  extracellular solute-binding protein  55.56 
 
 
341 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.98504  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2579  extracellular solute-binding protein  54.94 
 
 
336 aa  368  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.171917  normal  0.200935 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5283  extracellular solute-binding protein family 3  54.29 
 
 
344 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19279  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3679  extracellular solute-binding protein  53.13 
 
 
345 aa  370  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.520079  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2984  extracellular solute-binding protein  56.6 
 
 
367 aa  365  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.47136 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2503  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  52.58 
 
 
338 aa  364  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1640  extracellular solute-binding protein  55.52 
 
 
337 aa  364  1e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.521048  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1747  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, periplasmic substrate-binding protein  53.97 
 
 
338 aa  363  3e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.913718  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0393  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  53.97 
 
 
338 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0323019  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2892  extracellular solute-binding protein  53.33 
 
 
345 aa  362  5.0000000000000005e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0042428 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2324  extracellular solute-binding protein  50.73 
 
 
344 aa  361  9e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2946  extracellular solute-binding protein family 3  54.4 
 
 
344 aa  361  1e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116907  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4484  extracellular solute-binding protein  53.94 
 
 
335 aa  358  9.999999999999999e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0793  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  50.16 
 
 
341 aa  348  9e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2136  extracellular solute-binding protein  52.83 
 
 
339 aa  346  4e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0627  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  51.06 
 
 
338 aa  343  2e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.452411  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3606  extracellular solute-binding protein  51.42 
 
 
345 aa  343  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.020858 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0318  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transporter  53.35 
 
 
338 aa  338  5e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.762797 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7860  extracellular solute-binding protein family 3  51.05 
 
 
341 aa  338  7e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1998  extracellular solute-binding protein  48.42 
 
 
343 aa  334  1e-90  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2062  extracellular solute-binding protein family 3  48.59 
 
 
363 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2086  extracellular solute-binding protein family 3  48.59 
 
 
363 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.256894  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0294  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  53.02 
 
 
338 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0715  extracellular solute-binding protein family 3  45.17 
 
 
362 aa  326  5e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.337122 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0338  extracellular solute-binding protein family 3  46.63 
 
 
389 aa  323  3e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000810551  normal  0.021176 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1454  extracellular solute-binding protein  48.59 
 
 
389 aa  322  4e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.758875  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4005  extracellular solute-binding protein  48.28 
 
 
389 aa  321  9.999999999999999e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431376  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0149  extracellular solute-binding protein  48.3 
 
 
343 aa  319  3e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0394116  decreased coverage  0.0000000197566 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0740  extracellular solute-binding protein  46.93 
 
 
356 aa  316  3e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4667  extracellular solute-binding protein family 3  47.13 
 
 
364 aa  316  4e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.144935  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2522  family 1 extracellular solute-binding protein  47.65 
 
 
355 aa  315  9.999999999999999e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4094  extracellular solute-binding protein  46.43 
 
 
339 aa  309  4e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0267267 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4179  extracellular solute-binding protein family 3  46.73 
 
 
350 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3988  extracellular solute-binding protein family 3  46.42 
 
 
350 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0246  extracellular solute-binding protein  45 
 
 
359 aa  305  5.0000000000000004e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3587  extracellular solute-binding protein  45.48 
 
 
345 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0949603 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0779  extracellular solute-binding protein  44.58 
 
 
350 aa  300  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2051  extracellular solute-binding protein  42.36 
 
 
347 aa  297  2e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3397  hypothetical protein  46.75 
 
 
345 aa  293  4e-78  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.167886  normal  0.231083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2899  extracellular solute-binding protein family 3  47 
 
 
340 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.507436  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5881  extracellular solute-binding protein  44.21 
 
 
345 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0614  extracellular solute-binding protein  40.75 
 
 
353 aa  287  2e-76  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.11305  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14271  extracellular solute-binding protein  40.75 
 
 
353 aa  287  2e-76  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>