More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4005 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_1454  extracellular solute-binding protein  95.12 
 
 
389 aa  701    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.758875  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4005  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
389 aa  793    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431376  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0338  extracellular solute-binding protein family 3  62.5 
 
 
389 aa  410  1e-113  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000810551  normal  0.021176 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0715  extracellular solute-binding protein family 3  55.99 
 
 
362 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.337122 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1998  extracellular solute-binding protein  57.28 
 
 
343 aa  387  1e-106  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3923  putative amino-acid ABC transporter, substrate-binding protein  54.14 
 
 
338 aa  376  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1760  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  55.22 
 
 
341 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186199  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1563  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  56.47 
 
 
341 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.519908  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0740  extracellular solute-binding protein  53.87 
 
 
356 aa  372  1e-102  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2086  extracellular solute-binding protein family 3  55.03 
 
 
363 aa  373  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.256894  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2062  extracellular solute-binding protein family 3  55.03 
 
 
363 aa  373  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2522  family 1 extracellular solute-binding protein  54.38 
 
 
355 aa  370  1e-101  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1113  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  54.22 
 
 
340 aa  368  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1108  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  53.63 
 
 
341 aa  363  2e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417319  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1602  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  54.89 
 
 
336 aa  363  3e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.499841  normal  0.998345 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2071  extracellular solute-binding protein  50.45 
 
 
344 aa  360  2e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0757625  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1705  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  54.74 
 
 
340 aa  360  2e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.402619 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0246  extracellular solute-binding protein  53.46 
 
 
359 aa  358  9.999999999999999e-98  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2551  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  52.52 
 
 
341 aa  356  5e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2324  extracellular solute-binding protein  52.45 
 
 
344 aa  352  5e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6377  extracellular solute-binding protein family 3  53 
 
 
337 aa  351  1e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2558  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  49.7 
 
 
338 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4393  extracellular solute-binding protein  52.52 
 
 
341 aa  350  2e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3560  extracellular solute-binding protein  49.53 
 
 
342 aa  350  3e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.801082 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4667  extracellular solute-binding protein family 3  52.85 
 
 
364 aa  350  3e-95  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.144935  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1529  extracellular solute-binding protein  49.11 
 
 
346 aa  349  4e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.202985 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2832  extracellular solute-binding protein family 3  48.39 
 
 
353 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2549  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  50.15 
 
 
350 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.216585  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2912  extracellular solute-binding protein  50.94 
 
 
337 aa  345  6e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.392971  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0741  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.19 
 
 
343 aa  345  7e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0736  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.19 
 
 
343 aa  345  7e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5870  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  52.23 
 
 
340 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.297557 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2557  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  50.45 
 
 
343 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.584097  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12151  ABC transporter for amino acids, substrate binding protein  51.53 
 
 
349 aa  343  4e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0120  extracellular solute-binding protein  51.79 
 
 
342 aa  342  8e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1004  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  49.84 
 
 
340 aa  341  1e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.670148  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3988  extracellular solute-binding protein family 3  52.42 
 
 
350 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4179  extracellular solute-binding protein family 3  52.42 
 
 
350 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3397  hypothetical protein  52.81 
 
 
345 aa  331  1e-89  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.167886  normal  0.231083 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2946  extracellular solute-binding protein family 3  50.62 
 
 
344 aa  332  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116907  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0229  extracellular solute-binding protein family 3  45.33 
 
 
341 aa  330  2e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0793  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  49.22 
 
 
341 aa  331  2e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4428  extracellular solute-binding protein  48.9 
 
 
342 aa  328  7e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.78571 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02361  hypothetical protein  50 
 
 
350 aa  328  8e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0904  extracellular solute-binding protein  48.59 
 
 
342 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.700259  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1297  general amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  48.59 
 
 
342 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4552  extracellular solute-binding protein  48.59 
 
 
342 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003418  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  50.31 
 
 
342 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.49248  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2818  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  47.32 
 
 
337 aa  327  3e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3652  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.34 
 
 
341 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0233  extracellular solute-binding protein family 3  44.76 
 
 
341 aa  326  5e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1072  extracellular solute-binding protein  48.14 
 
 
342 aa  325  6e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3707  extracellular solute-binding protein  46.79 
 
 
341 aa  325  6e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.371845 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3462  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.34 
 
 
341 aa  325  7e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.117773  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0438  extracellular solute-binding protein  47.34 
 
 
341 aa  325  7e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3754  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.34 
 
 
341 aa  325  7e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.248765  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3563  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.34 
 
 
341 aa  325  7e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4587  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.34 
 
 
341 aa  325  7e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4546  extracellular solute-binding protein  49.69 
 
 
336 aa  325  8.000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.922143  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2136  extracellular solute-binding protein  51.88 
 
 
339 aa  325  8.000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204406 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0975  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.37 
 
 
342 aa  325  1e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0561977  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2503  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  48.92 
 
 
338 aa  324  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2984  extracellular solute-binding protein  53.61 
 
 
367 aa  324  1e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.47136 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2822  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  47 
 
 
337 aa  324  1e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148614  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0847  extracellular solute-binding protein  50 
 
 
367 aa  323  3e-87  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3857  extracellular solute-binding protein family 3  47.02 
 
 
343 aa  322  9.000000000000001e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.164094  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0948  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.96 
 
 
339 aa  322  9.999999999999999e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1255  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.14 
 
 
342 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2057  general L-amino acid-binding periplasmic protein precursor  48.82 
 
 
342 aa  321  9.999999999999999e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0890  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.96 
 
 
339 aa  322  9.999999999999999e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3679  extracellular solute-binding protein  48.11 
 
 
345 aa  320  3e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.520079  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1747  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, periplasmic substrate-binding protein  48.58 
 
 
338 aa  319  6e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.913718  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1809  extracellular solute-binding protein  49.38 
 
 
353 aa  319  6e-86  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0705  general L-amino acid-binding periplasmic protein  47.48 
 
 
345 aa  318  7.999999999999999e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0393  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  48.26 
 
 
338 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0323019  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2892  extracellular solute-binding protein  47.8 
 
 
345 aa  318  1e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0042428 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1406  extracellular solute-binding protein  47.48 
 
 
339 aa  318  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3701  extracellular solute-binding protein family 3  43.63 
 
 
343 aa  317  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1420  extracellular solute-binding protein  49.54 
 
 
415 aa  316  5e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000217844  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1695  extracellular solute-binding protein  50.15 
 
 
411 aa  315  6e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0207768  hitchhiker  0.000479364 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2579  extracellular solute-binding protein  49.53 
 
 
336 aa  315  7e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.171917  normal  0.200935 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0614  extracellular solute-binding protein  48.29 
 
 
353 aa  315  8e-85  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.11305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03126  predicted amino-acid transporter subunit  47.23 
 
 
305 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03077  hypothetical protein  47.23 
 
 
305 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4673  extracellular solute-binding protein  47.8 
 
 
341 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14271  extracellular solute-binding protein  47.98 
 
 
353 aa  313  2.9999999999999996e-84  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12321  ABC transporter for amino acids, substrate binding protein  47.35 
 
 
349 aa  313  3.9999999999999997e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0921639  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4484  extracellular solute-binding protein  47.32 
 
 
335 aa  312  7.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0318  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transporter  49.52 
 
 
338 aa  311  9e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.762797 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4382  extracellular solute-binding protein  48.74 
 
 
341 aa  311  9e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.98504  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3587  extracellular solute-binding protein  49.38 
 
 
345 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0949603 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0973  extracellular solute-binding protein  46.55 
 
 
343 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.846042  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1168  extracellular solute-binding protein  47.66 
 
 
349 aa  310  2.9999999999999997e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0779  extracellular solute-binding protein  48.59 
 
 
350 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5283  extracellular solute-binding protein family 3  47.48 
 
 
344 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19279  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1640  extracellular solute-binding protein  46.03 
 
 
337 aa  307  3e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.521048  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3606  extracellular solute-binding protein  47.02 
 
 
345 aa  306  5.0000000000000004e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.020858 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0627  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  48.15 
 
 
338 aa  306  6e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.452411  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14100  putative amino acid-binding protein  44 
 
 
341 aa  305  6e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.111954  normal  0.0628834 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4094  extracellular solute-binding protein  45.72 
 
 
339 aa  302  7.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0267267 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>